Análise de Dados Transcriptómicos

GenSeq da CD Genomics^TM A tecnologia oferece serviços de Análise de Dados Transcriptómicos. Temos uma vasta experiência em ajudar a resolver uma ampla variedade de bioinformática problemas.

O que é a Análise de Dados Transcriptómicos

A análise de dados do transcriptoma envolve o processamento, a interpretação e a análise. sequenciação de alto rendimento dados dos produtos transcritos de RNA presentes em organismos biológicos. Esta abordagem abrangente fornece detalhes intrincados sobre os padrões de expressão genética ativos dentro de células ou tecidos, abrangendo várias etapas-chave além da mera coleta de dados.

Pré-processamento de DadosEsta fase inicial inclui controlo de qualidade (CQ), remoção de sequências de adaptadores e alinhamento para garantir a qualidade dos dados de sequenciação, estabelecendo uma base fiável para análises subsequentes.

Construção da Matriz de ExpressãoApós o pré-processamento, uma matriz de contagem enumera as leituras de genes ou quantifica transcritos, formando uma matriz de expressão.

Análise de Expressão DiferencialCentral à análise do transcriptoma, este passo identifica genes diferencialmente expressos (DEGs) ao comparar os níveis de expressão entre amostras, elucidando os genes que impulsionam as diferenças fenotípicas.

Análise Estatística e Anotação Genética: Utilizando técnicas como DESeq2 e edgeR, analise estatisticamente os DEGs e faça a anotação funcional para compreender a sua relevância biológica.

Análise de Enriquecimento FuncionalRealizar análises de enriquecimento (por exemplo, Gene Ontology, Via Metabólica) em DEGs para desvendar características funcionais e vias biológicas.

Visualização e Interpretação de DadosUtilize ferramentas de visualização (por exemplo, mapas de calor, gráficos de dispersão) para representar padrões de expressão, interpretando os resultados em relação ao conhecimento biológico existente para inferir processos biológicos.

Análise da Regulação GenéticaIdentificar e visualizar famílias de fatores de transcrição, prever alvos de miRNA e analisar relações regulatórias entre miRNA-mRNA-lncRNA para compreender os mecanismos regulatórios genéticos.

A análise de dados do transcriptoma exige tanto expertise em bioinformática como um profundo entendimento biológico. Através deste processo, obtém-se uma visão abrangente dos padrões de expressão génica e dos mecanismos regulatórios sob condições fisiológicas específicas.

Por exemplo, o processo de análise dos dados de sequenciação de RNA é o seguinte:

RNA Sequencing Data Analysis Process.

O nosso Serviço de Análise de Dados Transcriptómicos

O transcriptoma é o conjunto completo de transcritos numa célula, tecido ou organismo inteiro, para um estágio de desenvolvimento específico ou condição fisiológica. A Análise de Dados Transcriptómicos envolve a caracterização de toda a atividade transcricional (código e não código), ou um subconjunto selecionado de transcritos de RNA dentro de uma amostra dada. A análise de transcriptomas permite a identificação de genes candidatos e marcadores expressos associados a características de interesse. Oferecemos os seguintes serviços de análise de dados transcriptómicos:

Sequenciação de Nova Geração Transciptómica Análise de Dados
- Sequenciação de próxima geração (NGS) a transcriptómica representa uma abordagem robusta para dissecção exaustiva do transcriptoma. Esta tecnologia de ponta fornece uma granularidade e uma perspetiva sem igual no estudo da expressão génica e das redes regulatórias, encontrando amplas aplicações em diversos domínios científicos, incluindo investigação biomédica, agricultura, ciência ambiental e além. A CD Genomics oferece soluções de próxima geração. sequenciação de transcriptómica análise de dados, que inclui principalmente RNA-Seq Análise de Dados, Sequenciação de RNA pequeno Análise de Dados, Sequenciação de LncRNA Análise de Dados, Ribo-seq Análise de Dados e etc.
  
  Com o nosso serviço de Análise de Dados de Transcriptómica por Sequenciação de Nova Geração, conseguimos fornecer:
  
  QC de dados brutos
  Alinhamento e quantificação baseada em TPM/RPKM/FPKM
  Análise de expressão
  Estatísticas de SNPs/Indels
  Análise de splicing alternativo
  anotação GO e KEGG
  
  Diferentes serviços de sequenciação oferecem opções de análise de dados correspondentes. Você pode explorar o sequenciação de transcriptómica serviços de interesse para encontrar informações mais detalhadas.
Sequenciação de Transcritos de Comprimento Total Análise de Dados
- A splicing alternativo produz isoformas de proteínas diversas. O PacBio Iso-Seq captura transcritos de comprimento total, ajudando na identificação de isoformas e sobreposições transcripcionais novas. Esta tecnologia complementa o RNA-Seq de leituras curtas, permitindo uma análise abrangente da expressão génica e estudos de redes.
  
  Com o nosso Sequenciação de Transcritos de Comprimento Total Serviço de Análise de Dados, conseguimos fornecer:
  
  Transciptoma sem Referência:
  
  Análise de Isoformas de Comprimento Total, incluindo Correção de Isoformas de Comprimento Total, Classificação, Redução de Redundância.
  Anotação do transcriptoma, incluindo Ontologia de Genes, via KEGG, KOG ou COG, Swissport.
  Análise das estruturas genéticas, incluindo splicing alternativo, LncRNA, SSR, CDS.
  Mapa para Referência
  Análise do nível de expressão génica
  Análise de genes diferencialmente expressos
  Análise de enriquecimento KEGG do transcriptoma diferencialmente expresso
  Mapa de calor de genes diferencialmente expressos
  … (mais sob pedido)
  
  Transcritosoma com Referência:
  
  Análise de Isoformas de Comprimento Completo, incluindo mapeamento do Genoma de Referência, correção de Isoformas de Comprimento Completo, Classificação, Redução de Redundância.
  Anotação do transcriptoma, incluindo Ontologia Genética, via KEGG, KOG ou COG, Swissport
  Análise de Estruturas Genéticas, incluindo splicing alternativo, LncRNA, SSR, CDS, previsão de transcriptoma novo, Identificação de gene de fusão.
  … (mais informações disponíveis mediante solicitação)
Sequenciação de Transcritos de Comprimento Total por Nanoporos Análise de Dados
- A sequenciação de terceira geração, exemplificada pelo dispositivo MinION da Oxford Nanopore, produz leituras longas (1–100kb) ao passar DNA de cadeia simples através de nanoporos. Este método de sequenciação em tempo real oferece sequenciação contínua com consumo mínimo de reagentes, superando os desafios da montagem de leituras curtas e revolucionando a investigação em genómica.
  
  Com o nosso Sequenciação de Transcritos de Comprimento Total com Nanoporos Serviço de Análise de Dados, conseguimos fornecer:
  
  Processamento de Leituras Longas da Oxford Nanopore Technologies
  Remover redundante
  Encontrar transcrito de fusão
  Análise de estrutura
  Predição de fatores de transcrição
  análise de lncRNA
  Anotação funcional de genes
  Chamadas de SNP
  Quantificação dos níveis de expressão de genes/transcritos e Análise de expressão diferencial
  Análise de enriquecimento funcional
  PPI (Interacção Proteína-Protetina)
Sequenciação de Transcriptoma Espacial 10x Análise de Dados
- A Sequenciação do Transcriptoma Espacial 10x permite a análise simultânea da expressão génica e da distribuição espacial dentro de tecidos ou células, oferecendo informações sobre a organização celular e as interações.
  
  Com o nosso Sequenciação de Transcriptoma Espacial 10x Serviço de Análise de Dados, somos capazes de fornecer:
  
  Dados de sequência bruta
  Avaliação da qualidade dos dados de sequenciamento e filtragem
  Controlo de qualidade pontual
  Alinhamento de dados
  Padronização de dados
  Agrupamento de pontos
  Análise de subpopulação de pontos
  Análise de marcadores
  Identificação do tipo celular
  Anotação da região anatómica
  Análise da comunicação celular
  Análise diferencial inter-amostral
  Análise diferencial da região de inter-anotação

Vantagens da Análise de Dados Transcriptómicos

A análise de dados transcriptómicos, uma poderosa ferramenta de investigação, fornece insights holísticos sobre os padrões de expressão génica dentro de sistemas biológicos, capacitando assim os investigadores com uma compreensão profunda de mecanismos regulatórios complexos e novas revelações sobre processos celulares.
Profissionais bem versados no domínio da análise de dados transcriptómicos demonstram destreza em diversas áreas analíticas, como design experimental, pré-processamento de dados, análise de expressão diferencial e interpretação funcional. A sua perspicácia garante interpretações precisas e perspicazes dos dados transcriptómicos, sustentando assim a base para conclusões robustas e descobertas inovadoras.
Os serviços oferecidos no âmbito da análise de dados transcriptómicos proporcionam soluções rápidas, precisas e rentáveis para a análise de dados de expressão génica. Consequentemente, os investigadores podem aceder rapidamente a dados transcriptómicos de alta qualidade sem comprometer o tempo de resposta ou as restrições orçamentais.
A adaptabilidade das plataformas de análise de dados transcriptómicos equipa os investigadores para navegar por uma variedade de conjuntos de dados provenientes de diferentes condições experimentais, tipos de amostras e espécies. Esta flexibilidade permite aos investigadores abordar um amplo espectro de questões de investigação e adaptar as suas análises para satisfazer exigências experimentais específicas.
O progresso da investigação biológica é impulsionado pelos insights obtidos da análise de dados transcriptómicos, desbloqueando novas compreensões da regulação da expressão génica e das funções celulares. Esta metodologia analítica desempenha um papel fundamental na promoção do nosso conhecimento sobre os mecanismos da doença, facilitando a descoberta de fármacos e promovendo a evolução de modalidades de medicina personalizada.
Os serviços abrangidos na análise de dados transcriptómicos apresentam uma estrutura analítica personalizável, adaptada às necessidades distintas de cada projeto de investigação. Os investigadores têm a autonomia de selecionar métodos de análise específicos, parâmetros e critérios, alinhando-se assim aos seus objetivos e hipóteses de investigação.
Os profissionais na área da análise de dados transcriptómicos adotam uma abordagem consultiva, envolvendo-se em estreita colaboração com os investigadores para delinear estratégias de análise ótimas. O nosso aconselhamento especializado ajuda os investigadores a navegar por fluxos de trabalho analíticos complexos e a garantir uma interpretação precisa dos resultados.

Aplicação da Análise de Dados Transcriptómicos

Análise da Expressão Génica: A análise de dados transcriptómicos permite a identificação e quantificação precisas dos níveis de expressão génica, revelando padrões de expressão génica distintos em diversos contextos biológicos.
Investigação de Vias Biológicas: Ao aproveitar dados transcriptómicos, os investigadores podem reconstruir vias metabólicas, cascatas de sinalização e intrincadas redes celulares para decifrar os mecanismos que governam a regulação genética.
Agrupamento de Genes Co-expressos: Através de análises de agrupamento avançadas, é possível discernir genes co-expressos, contribuindo para a compreensão dos padrões de co-regulação genética em todo o genoma durante processos biológicos.
Inferência Funcional de Genes: A integração de dados transcriptómicos e ferramentas de bioinformática facilita a previsão das funções dos genes em processos celulares, vias metabólicas e progressão de doenças.
Descoberta de Novos Elementos Genéticos: A exploração de genes inexplorados ou RNAs regulatórios através da mineração de dados transcriptómicos pode revelar processos biológicos previamente desconhecidos ou potenciais alvos terapêuticos.
Mecanismos de Adaptação Ambiental: A análise de dados transcriptómicos investiga redes de regulação genética que orquestram a adaptação biológica a diferentes condições ambientais, elucidando as respostas dos organismos em ambientes distintos.
Avaliação da Resposta a Medicamentos: Ao analisar perfis de expressão génica após a intervenção com medicamentos através de dados transcriptómicos, os mecanismos subjacentes dos fármacos, padrões potenciais de resistência e variações individualizadas nas respostas aos medicamentos podem ser revelados.
Identificação de Biomarcadores de Doenças: Comparar perfis de expressão genética entre pacientes com doenças específicas e coortes saudáveis utilizando dados transcriptómicos ajuda a identificar potenciais biomarcadores para a deteção precoce da doença e intervenção terapêutica.