Diretrizes para Submissão de Amostras
O que é sequenciação de poliA?
A sequenciação de poli(A) oferece uma poderosa visão sobre o ciclo de vida das moléculas de mRNA, medindo precisamente o comprimento e a composição das caudas de poli(A) localizadas na extremidade 3' dos transcritos. Estas caudas desempenham papéis cruciais em:
- Estabilidade do mRNA
Caudas de poli(A) mais longas frequentemente protegem o mRNA da degradação, prolongando a vida útil do transcrito na célula. - Eficiência Traducional
O comprimento da poli(A) influencia a eficácia com que o mRNA é traduzido em proteínas. - Regulação da Expressão Génica
Mudanças no comprimento da cauda poli(A) refletem processos biológicos dinâmicos, como desenvolvimento, respostas ao stress e estados de doença.
Métodos tradicionais como LC-MS ou eletroforese em gel fornecem apenas estimativas médias do comprimento do poli(A). Em contraste, as tecnologias baseadas em sequenciação—incluindo TAIL-seq e sequenciação de RNA direta—fornecer resolução a nível básico e detectar variações específicas de transcritos e modificações na extremidade 3'. Este nível de detalhe capacita os investigadores a descobrir mecanismos regulatórios em pequena escala e a apoiar aplicações como o desenvolvimento de terapias com mRNA e a descoberta de biomarcadores.
Serviços de Sequenciação polyA da CD Genomics
Na CD Genomics, oferecemos serviços abrangentes de sequenciação de polyA, projetados para fornecer informações de alta resolução sobre a biologia do mRNA. Utilizando plataformas avançadas — incluindo TAIL-seq e sequenciação direta de RNA — capacitamos os investigadores a medir com precisão o comprimento da cauda poly(A) e a identificar modificações na extremidade 3' em todo o transcriptoma.
Os nossos serviços de sequenciação de polyA ajudam-no a:
✅ Quantificar Comprimentos de Caudas de Poly(A) com Precisão de Nucleótidos
Obtenha medições precisas para cada transcrito, evitando preconceitos introduzidos pelo enriquecimento com oligo(dT) ou amplificação por PCR.
✅ Detetar Modificações e Variantes da Extremidade 3'
Revelar a uridilação, guanilação e outras adições não-adeninas que influenciam a degradação do mRNA ou a eficiência da tradução.
✅ Perfil de Locais de Poliadenilação Alternativa
Mapear os locais de poli(A) em todo o genoma para compreender a diversidade de isoformas de transcritos e as dinâmicas regulatórias.
✅ Apoiar o Desenvolvimento e Controlo de Qualidade de Terapias com mRNA
Assegure a integridade da cauda poli(A) e a uniformidade do comprimento para produtos de mRNA transcritos in vitro (IVT), críticos para a eficácia terapêutica e conformidade regulatória.
✅ Descobrir Mecanismos Regulatórios na Saúde e na Doença
Explore a dinâmica da cauda poli(A) em diversos contextos biológicos, desde o desenvolvimento embrionário até o câncer e a biologia das plantas.
Fluxo de trabalho
Especificações do Serviço
| Recurso | Detalhes |
|---|---|
| Tipo de Amostra | RNA total (≥1–2 μg), alta integridade (RIN >7 recomendado) |
| Qualidade de Entrada | Tratado com DNase, livre de inibidores e contaminantes |
| Interval de Comprimento da Cauda Poly(A) | Detetável de ~10 nucleotídeos a >250 nucleotídeos |
| Plataformas de Sequenciação | Illumina (TAIL-seq), Sequenciação Direta de RNA Nanopore |
| Capacidades de Detecção | Comprimento da cauda Poly(A), locais alternativos de poliadenilação, modificações na extremidade 3' |
| Saída de Dados | Ficheiros FASTQ, relatórios de comprimento da cauda poli(A), gráficos de visualização |
| Análise Bioinformática | Quantificação do comprimento da cauda, análise diferencial, insights específicos de isoforma |
| Aplicações | estudos de estabilidade de mRNA, eficiência de tradução, QC de terapias com mRNA, perfilagem de poliadenilação alternativa, investigação de doenças |
| Tipo de Serviço | Uso Exclusivo para Pesquisa (UEP) |
Análise de Bioinformática
Destaques Técnicos
A CD Genomics combina tecnologias de sequenciação de ponta com bioinformática rigorosa para fornecer uma análise abrangente da cauda poli-A. A nossa plataforma de sequenciação poli-A oferece forças técnicas únicas:
Medição de Comprimento de Cauda em Alta Resolução
- Alcançar resolução de nucleotídeos únicos para os comprimentos das caudas de poli(A) de transcritos individuais.
- Distinguir diferenças subtis no comprimento da cauda que correlacionam com a estabilidade do mRNA e a eficiência da tradução.
Deteção de Modificações na Extremidade 3'
- Identificar a uridilação, guanilação e adições mistas não-adeninas nas extremidades 3' do mRNA.
- Revele novos sinais regulatórios que afetam a degradação de mRNA ou a repressão da tradução.
Sem viés Oligo(dT)
- Evitar preconceitos introduzidos pelo enriquecimento com oligo(dT), permitindo a deteção precisa de caudas poli(A) curtas.
- Capture caudas poli(A) de comprimento total sem artefatos de sequência.
Resolução a Nível de Transcrição
- Mapear caudas de poli(A) diretamente a transcritos específicos.
- Analise das dinâmicas específicas de isoformas de poli(A) críticas para estudos de poliadenilação alternativa.
Plataformas de Sequenciamento Avançadas
TAIL-seq:
- Abordagem de sequenciação em pares que correlaciona o comprimento da cauda 3' com a identidade do gene.
- Ideal para estudos que requerem um perfilamento preciso do comprimento da cauda poli(A) e deteção de modificações.
Sequenciação de RNA Direta:
- A tecnologia baseada em nanopores lê moléculas de RNA nativas.
- Elimina os vieses da PCR e da transcrição reversa.
- Perfila simultaneamente o comprimento da poli(A) e as modificações de RNA.
Pipeline de Bioinformática Robusto
- Deteção e quantificação automatizadas dos comprimentos das caudas de poli(A).
- Análise diferencial entre condições experimentais.
- Saídas de visualização como histogramas, boxplots e gráficos de dispersão para uma interpretação intuitiva dos dados.
Aplicações da Sequenciação de poliA
Estudos de Estabilidade e Degradação de mRNA
- Meça os comprimentos das caudas de poli(A) para inferir as meias-vidas dos transcritos e a cinética de degradação.
- Identificar transcritos que estão a sofrer uma rápida rotatividade ou que exibem perfis de expressão estáveis.
Análise da Eficiência Translacional
- Correlacione o comprimento da cauda poli(A) com a carga de ribossomas e as taxas de produção de proteínas.
- Descobrir mecanismos que ajustam a expressão génica a nível pós-transcricional.
Perfilagem de Poliadenilação Alternativa
- Mapear locais de poli(A) em todo o genoma para estudar a diversidade de isoformas de transcritos.
- Investigar como as alterações na poliadenilação afetam a regulação genética no desenvolvimento, na resposta ao stress e na doença.
Desenvolvimento Terapêutico de mRNA e Controlo de Qualidade
- Avaliar a distribuição do comprimento da cauda poli(A) em produtos de mRNA transcritos in vitro (IVT).
- Assegurar a conformidade com as expectativas regulamentares para terapêuticas e vacinas baseadas em mRNA.
Investigação de Doenças e Descoberta de Biomarcadores
- Explore as alterações na dinâmica da cauda poli(A) associadas ao câncer, neurodegeneração e outras patologias.
- Identificar assinaturas específicas de poli(A) de transcritos como potenciais biomarcadores diagnósticos ou prognósticos.
Genómica de Plantas e Agricultura
- Analisar padrões de cauda poli(A) específicos de tecido em culturas e plantas modelo.
- Investigar a dinâmica da cauda poli(A) nas respostas ao stress, crescimento e processos de desenvolvimento.
Ao permitir uma análise precisa a nível de transcritos das caudas de poli(A), os nossos serviços ajudam os investigadores a decifrar camadas regulatórias chave da expressão génica e a avançar descobertas em múltiplos campos científicos.
Entregáveis
✅ Dados de Sequenciamento Bruto
- Ficheiros FASTQ contendo leituras de alta qualidade para análise posterior.
- Compatível com pipelines de bioinformática padrão.
✅ Perfis de Comprimento da Cauda Poly(A)
- Relatórios detalhados que quantificam os comprimentos da cauda poli(A) em transcritos.
- Gráficos de distribuição para visualizar a variabilidade do comprimento da cauda e detectar mudanças globais.
✅ Perspetivas sobre a Poliadenação Alternativa
- Identificação de múltiplos locais de poli(A) dentro de genes.
- Análise do comprimento da cauda poli(A) específica de isoforma para estudos de poliadenilação alternativa.
✅ Deteção de Modificações na Extremidade 3'
- Relatórios que destacam adições não-adeninas (por exemplo, uridilação, guanilação) nas extremidades 3' dos transcritos.
- Perspectivas sobre os mecanismos regulatórios que afetam a estabilidade e a tradução do mRNA.
✅ Análise Diferencial Entre Condições
- Comparação estatística das distribuições de comprimento da cauda poli(A) entre grupos experimentais.
- Identificação de alterações significativas relacionadas a processos biológicos ou tratamentos.
✅ Saídas de Visualização de Dados
Gráficos prontos para publicação, incluindo:
- Histograma
- Boxplots
- Gráficos de dispersão
- Ferramentas visuais para apoiar a interpretação e apresentação de dados de poli(A).
✅ Apoio Especializado em Bioinformática
- Assistência com interpretação de dados e análises personalizadas.
- Recomendações personalizadas para experiências de acompanhamento.
Requisitos de Amostra
| Tipo de Amostra | Requisito TAIL Iso-seq |
|---|---|
| RNA total | ≥ 1 μg |
| Tecido animal fresco (peso seco) | ≥ 300 mg |
| Tecido vegetal fresco (peso seco) | ≥ 500 mg |
| Células cultivadas frescas | ≥ 1 × 10⁷ células |
| Sangue total fresco | 4–5 ml |
| Micro-organismos | ≥ 1 × 10⁷ células ou ≥ 500 mg |
Perguntas Frequentes
1. Que tipos de amostras posso usar para sequenciação de polyA?
Qualquer RNA total de alta qualidade (RIN > 7, ≥1–2 µg) de várias espécies—incluindo animais, plantas e micróbios—é adequado. Não é necessária a enriquecimento em poli(A).
2. Consegue medir com precisão caudas curtas de poli(A)?
Sim. Ao contrário dos métodos baseados em oligo(dT), a nossa plataforma de sequenciação de polyA quantifica de forma fiável caudas tão curtas como ~10 nucleotídeos.
3. O que é que a análise de APA (Poliadenilação Alternativa, PAA) me diz?
A APA revela diferentes utilizações de locais de poli(A) dentro de um gene—fundamental para compreender a diversidade de isoformas de transcritos, a regulação do comprimento do 3' UTR e o seu impacto na estabilidade do mRNA ou na produção de proteínas.
4. Podemos identificar modificações na extremidade 3', como uridilação ou guanilação?
Absolutamente. O nosso método deteta adições não-adenina na extremidade 3', oferecendo informações sobre a regulação do mRNA que os métodos LC-MS ou de gel não conseguem fornecer.
5. Está incluída a análise bioinformática de dados de polyA?
Sim. Fornecemos relatórios padrão e personalizados: distribuição do comprimento da cauda, mapeamento de locais APA, análise diferencial de poli(A) e consulta especializada para interpretação.
6. Estes serviços são adequados para diagnósticos clínicos?
Não. O nosso serviço de sequenciação de poliA é para Uso Exclusivo para Pesquisa (UEP) e não destinado a aplicações clínicas ou de diagnóstico.
Título: Nano3P-seq Desbloqueia Insights sobre a Expressão de mRNA e Dinâmicas da Cauda Poly(A) através de Sequenciação por Nanopore com Captura de Extremidade
A poliadenilação—adição de caudas poli(A)—é um processo crucial que molda a maturação, a duração e a estabilidade do RNA. À medida que os organismos se desenvolvem, essas caudas mudam de comprimento, influenciando diretamente a eficiência com que o mRNA é traduzido em proteínas.
Num estudo publicado em Métodos da Natureza (Fator de Impacto 36.1) em janeiro de 2023, os investigadores introduziram Nano3P-sequma técnica de ponta que aproveita a plataforma de sequenciação da Nanopore. Esta abordagem de captura de extremidade não só quantifica a abundância de RNA em todo o transcriptoma, mas também analisa a composição da cauda poli(A) e a dinâmica do comprimento - tudo sem a necessidade de amplificação por PCR ou ligação de adaptadores de RNA.
Ao contrário dos métodos de sequenciação tradicionais, o Nano3P-seq utiliza um mecanismo de troca de template para ler moléculas de RNA a partir das suas extremidades 3'. Este design permite um perfilamento preciso, independentemente de os transcritos possuírem caudas de poli(A). A equipa demonstrou que o Nano3P-seq estima eficazmente os níveis de RNA e os comprimentos das caudas, ao mesmo tempo que captura diversas espécies de RNA, incluindo mRNA e RNAs longos não codificantes.
De forma impressionante, o estudo revelou que as caudas poli(A) aparecem mesmo em regiões inesperadas, como o RNA ribossómico mitocondrial 16S em modelos de rato e zebrafish. Além disso, os dados destacaram a regulação dinâmica do comprimento da cauda poli(A) durante o desenvolvimento embrionário de vertebrados—um fator intimamente ligado à degradação e estabilidade do mRNA.
Uma capacidade notável do Nano3P-seq é a sua habilidade de detectar bases não-adenina incorporadas nas caudas de poli(A) em leituras de sequenciamento único. Estas inserções não-adenina, observadas em vários estágios de desenvolvimento, lançam luz sobre novas camadas regulatórias que influenciam a expressão génica em embriões de vertebrados.
Pesquisadores e desenvolvedores de fármacos interessados na biologia do RNA agora têm uma ferramenta poderosa para explorar não apenas a abundância de transcritos, mas também modificações subtis nas caudas que podem conter pistas sobre mecanismos de doença ou alvos terapêuticos.
Referências
- Begik O, Diensthuber G, Liu H, et al. Nano3P-seq: análise do transcriptoma em larga escala da expressão génica e dinâmicas da cauda utilizando sequenciação de cDNA por nanopore de captura final. Métodos da Natureza, 2023.
- Jia J, Lu W, Liu B, et al. Um atlas de RNA de comprimento total de plantas revela a regulação específica de tecidos e a conservação do comprimento da cauda poli (A) entre monocotiledóneas e dicotiledóneas. Plantas da Natureza, 2022.
