A CD Genomics oferece serviços de análise de dados estatísticos e bioinformáticos que ajudam os nossos clientes a interpretar grandes quantidades de dados gerados por sequenciação, genotipagem, e microarray experimentos.
Visão Geral
A sequenciação de próxima geração revolucionou fundamentalmente as ciências biológicas e médicas. Um projeto de análise de dados de sequenciação/microarray requer um planeamento cuidadoso, uma metodologia experiente e relatórios concisos. A CD Genomics é uma empresa especialista que oferece soluções abrangentes em bioinformática em todos os aspectos da sequenciação e microarray. Fornecemos serviços de análise de dados para dados gerados por uma ampla gama de plataformas de sequenciação/microarray. Utilizamos algoritmos e pipelines de bioinformática de ponta, e fornecemos figuras de alta qualidade e prontas para publicação.
A nossa equipa de bioinformática é composta por cientistas com doutoramento, treinados em linguagens de programação, estatística, bioinformática, genética e genómica. A infraestrutura de software para análise é uma combinação de software personalizado e software de código aberto. Os nossos serviços de bioinformática transformam os seus dados brutos de próxima/terceira geração e fornecem-lhe figuras abrangentes personalizadas para os seus objetivos de investigação, bem como apoio personalizado na interpretação de dados. A gama completa de serviços de bioinformática da CD Genomics pode ser a solução ideal para si.
Fluxo de Trabalho em Bioinformática
A tecnologia de sequenciação de alto rendimento pode gerar numerosos dados com qualidade heterogénea, e não existe um pipeline bioinformático ótimo para todos os casos. Estamos especializados em personalizar o pipeline bioinformático para os seus projetos específicos. Apoiamo empresas e grupos de investigação transformando ideias em planos de projeto concretos e implementando-os, aproveitando ao máximo os seus dados.
- Fluxo de trabalho de análise de dados NGS
(Roy et al.. 2016)
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O fluxo de trabalho geral de bioinformática para dados de NGS inclui a chamada de bases (específica da plataforma), demultiplexação (opcional), alinhamento de sequências e chamada de variantes. |
- Fluxo de trabalho para análise de dados de microarranjos
(Afshari et al.. 2010)
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O fluxo de trabalho geral de bioinformática para dados de microarray inclui correção de dados para fundo, normalização, agrupamento de padrões de expressão génica, previsão de classes e previsão de mecanismos biológicos. |
Intervalo de Serviços
Os serviços de bioinformática da CD Genomics abrangem uma ampla gama de aplicações genómicas, incluindo, mas não se limitando a genómica, transcriptómica, epigenómica, e microarranjo.
| Análise de Dados Genómicos (sequenciação direcionada, exoma e genoma completo) |
Metagenómica |
Análise de Dados Transcriptómicos |
Análise de Dados Epigenómicos |
Análise de Dados de Sequenciação de Longa Leitura |
Análise de Dados de Microarranjos |
| 1. Desenho in silico de painel genético |
Sequenciação de RNA16S |
1. Verificações de qualidade da sequência |
1. Análise de dados de ChIP-Seq (fatores de transcrição, histonas) |
1. Controlo de Qualidade e Correção de Erros |
1. Controlo de qualidade de dados de microarray |
| 2. Verificações de qualidade da sequência |
2. Identificação da composição das comunidades microbianas |
2. Montagem de transcriptoma de novo |
2. Análise de dados de sequenciação de bisulfito (Methyl-Seq) |
2. Expressão de Gene/Isoforma de Gene |
2. Análise de expressão diferencial |
| 3. Montagem de genoma de novo |
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3. Análise de expressão diferencial de genes, isoformas e exões |
3. Análise de metilação diferencial em regiões CpG e não CpG |
3. Descoberta de Novos Genes e Identificação de Isoformas de Comprimento Completo |
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| 4. Alinhamento de sequências versus genomas de referência |
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4. Análise de genes de fusão, RNAs circularizadas e eventos de trans-splicing |
Análise HiC |
4. Detecção de Genes de Fusão De Novo e Perfis de Expressão de Isoformas de Fusão |
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| 5. Chamada de variantes, anotação e priorização (amostras únicas, pares normais-tumor correspondentes, trios familiares) |
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5. Detecção de RNAs longos não codificantes |
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5. Expressão Específica de Alelos e Haplotipagem |
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| 6. Análise de enriquecimento de ontologia genética e de vias |
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6. Análise de enriquecimento de ontologia genética e vias |
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6. Montagem de Genoma De Novo |
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| 7. Análise de CNV e grandes rearranjos |
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7. Análise de sobrevivência dependente da expressão génica |
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7. Montagem de Transcriptoma De Novo |
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| 8. Evolução clonal e heterogeneidade no câncer |
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8. Chamada de Metilação, Posicionamento de Nucleossomas e Acessibilidade da Cromatina | |
Temos duas opções para si:
Análise padrão: Os resultados são publicados sem que o serviço forneça qualquer contexto adicional para o experimento (por exemplo, lista de variações com anotações, genes expressos diferencialmente com dados estatísticos, locais de ligação, etc.). Nesta situação, prevê-se que o custo de sequenciação aumente em relação a um custo típico por amostra.
análise avançada. Aqui, o objetivo é examinar os factos enquanto se lhes dá contexto através de orientação especializada. Na verdade, o serviço trabalha com o desenho do estudo, cria análises ad hoc para o estudo, recomenda a melhor forma de apresentar os dados, etc.
As nossas vantagens
- Bioinformática personalizada
- Compatível com Illumina, Ion Torrent, PacBio SMRT e Nanopore.
- Dados e figuras prontos para publicação
- Serviços de sequenciação precisa e microarrays disponíveis.
- Uma equipa de especialistas profissional e experiente.
- Prazo de entrega rápido
Fala com um cientista.
Deseja mais informações sobre os nossos serviços de bioinformática ou está interessado na análise bioinformática dos seus dados brutos de sequenciação de alto rendimento ou microarray? Sinta-se à vontade para enviar um pedido de serviço. Estamos aqui para ajudar!
Referências:
- Roy, S.; et al.Informática de Sequenciação de Nova Geração: Desafios e Estratégias para Implementação em um Ambiente Clínico. Arquivos de Patologia e Medicina Laboratorial, 2016, 140(9), 958–975.
- Afshari, C. A., Hamadeh, H. K., & Bushel, P. R. A Evolução da Bioinformática em Toxicologia: Avanços em Toxicogenómica. Ciências Toxicológicas, 2010, 120(Suplemento 1), S225–S237. doi:10.1093/toxsci/kfq373
Apenas para fins de investigação, não se destina a diagnóstico clínico, tratamento ou avaliações de saúde individuais.
Diretrizes para Submissão de Amostras
