Sequenciação do Exoma Completo

A CD Genomics tem fornecido o serviço de sequenciação do exoma completo, flexível e acessível, durante alguns anos. Utilizamos a plataforma de sequenciação Illumina HiSeq para obter informações sobre variações genéticas de forma mais eficiente.

A Introdução do Sequenciamento do Exoma Completo

O genoma humano compreende aproximadamente 3×10^nove bases, e contém aproximadamente 180.000 regiões codificadoras (exoma), constituindo cerca de 1,7% do genoma humano. Estima-se que 85% das mutações causadoras de doenças ocorram no exoma. Por esta razão, o sequenciamento do exoma completo tem o potencial de revelar um maior número de variantes relevantes a um custo muito mais baixo do que sequenciação do genoma completoO sequenciamento do exoma completo é considerado uma forma eficiente e poderosa de identificar as variantes genéticas que afetam fenótipos herdáveis, incluindo mutações importantes causadoras de doenças e variações naturais que podem ser utilizadas para melhorar culturas e gado.

O Sequenciamento do Exoma Total utiliza tecnologia de captura do exoma para enriquecer os exões e, em seguida, sequencia estas regiões de forma de alto rendimento. Para ser mais específico, as amostras de DNA são primeiro fragmentadas e sondas oligonucleotídicas biotiniladas (iscas) são utilizadas para hibridizar seletivamente ao exoma no genoma. Esferas magnéticas de estreptavidina são então usadas para se ligar às sondas biotiniladas. A porção não-alvo do genoma é lavada, e a PCR é utilizada para enriquecer a amostra com DNA da região alvo. Subsequentemente, a amostra é sequenciada pela plataforma Illumina HiSeq. Esta estratégia pode resultar em até 100 vezes de melhoria na cobertura genética do genoma humano. Os dados de sequenciamento validados são então utilizados para análise de variantes e declarações clínicas.

As Nossas Soluções de Sequenciamento de Exoma

Na CD Genomics, oferecemos soluções personalizadas. Sequenciação do Exoma serviços para Humano/Rato e Animal/Planta genomas, proporcionando deteção precisa de variantes e soluções rentáveis.

Explore o nosso Serviços de Sequenciação do Exoma Humano/Murino ou Opções de Sequenciamento de Exoma de Animais/Plantas encontrar a solução perfeita para a sua pesquisa. Esta solução concisa ajuda-o a selecionar o serviço de sequenciação de exoma apropriado para as suas necessidades de pesquisa.

Vantagens do Sequenciamento do Exoma Completo

• Custo mais baixo e ampla disponibilidade
• Aumento da cobertura de sequência (acima de 120X)
• Deteção de variantes de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) codificantes tão sensíveis quanto sequenciação do genoma completo
• Um conjunto de dados menor para uma análise mais rápida e fácil em comparação com o sequenciamento do genoma completo.
• Aplicações médicas e agrícolas

Fluxo de Trabalho de Sequenciamento do Exoma Completo

A CD Genomics utiliza o sistema Illumina HiSeq para fornecer sequenciação de exoma completo rápida e precisa, bem como análise bioinformática. A nossa equipa de especialistas altamente experientes executa a gestão de qualidade, seguindo cada procedimento para garantir resultados confiáveis e imparciais. O fluxo de trabalho geral para a sequenciação de exoma completo está descrito abaixo.

Especificações de Serviço

	Requisitos de Amostra DNA genómico ≥500 ng, Quantidade Mínima: 100 ng, Concentração ≥ 10 ng/μl, OD260/280=1.8~2.0. Aceitamos também células cultivadas, sangue, tecidos, FFPE (fixados em formalina e embebidos em parafina) e outras amostras. Todas as amostras são validadas quanto à pureza e quantidade de DNA. Solução de preparação de biblioteca e enriquecimento de exoma rentável utilizando kits TruSeq DNA Exome, Agilent SureSelect ou NimbleGen SeqCap. Nota: Os montantes de amostra são indicados apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.
Clique	Sequenciação Plataforma HiSeq PE150, MGI DNBSEQ-T7/DNBSEQ-G400. Cobertura de sequenciamento padrão ≥ 50X; amostra de cancro ≥ 100X. Mais SNPs podem ser obtidos ao aumentar a cobertura.
	Análise Bioinformática Fornecemos análises de bioinformática personalizadas, incluindo: Controlo de qualidade de dados brutos Alinhamento com o genoma de referência Chamadas de SNP/InDel e estatísticas Chamada de SNP/InDel somáticos e estatísticas Anotação Análise avançada: distúrbios monogénicos, distúrbios complexos/multifatoriais e cancro. Nota: Os dados recomendados e os conteúdos de análise apresentados são apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.

Pipeline de Análise

Entregáveis

• Os dados de sequenciação originais
• Resultados experimentais
• Relatório de análise de dados
• Detalhes na Sequenciação do Exoma Completo para a sua escrita (personalização)

A CD Genomics oferece um pacote completo de serviços de sequenciação do exoma completo, incluindo padronização de amostras, captura do exoma, construção de bibliotecas, sequenciação profunda, controlo de qualidade dos dados brutos e análise bioinformática. Podemos personalizar este fluxo de trabalho de acordo com o seu interesse de pesquisa. Se tiver requisitos adicionais ou perguntas, não hesite em contactar-nos.

Referência:

1. Warr A, Robert C, Hume D, et al. Sequenciação do exoma: perspetivas atuais e futuras. G3: Genes, Genomas, Genética, 2015, 5(8): 1543-1550.

1. Quais são as aplicações do sequenciamento do exoma completo?

O genoma humano contém aproximadamente 180.000 regiões codificantes (exoma), constituindo cerca de 1,7% do genoma humano. Estima-se que 85% das mutações causadoras de doenças ocorram no exoma. Portanto, o sequenciamento do exoma completo é um potencial contribuinte para a compreensão das doenças humanas. O sequenciamento do exoma completo é uma ferramenta custo-efetiva e poderosa, especialmente adequada para tamanhos de amostra maiores e alta cobertura. O sequenciamento do exoma completo é utilizado principalmente para investigar a causa genética de doenças tanto mendelianas como comuns, como o câncer e o diabetes.

Figura 1. Aplicação do sequenciamento do exoma completo em uma doença complexa.

2. Que variações pode a sequenciação do exoma completo detectar?

O sequenciamento do exoma completo pode detectar SNPs, InDels e talvez variações no número de cópias (CNVs).

3. Como posso determinar a profundidade de sequenciamento?

A profundidade de sequenciamento é um fator importante para sequenciação de alto rendimentoUm artigo publicado na revista Genomics & Informatics revelou que a profundidade de sequenciação do sequenciamento de exoma completo pode afetar as taxas de descoberta de variações. Para resumir, o número de SNPs deletérios e InDels detectados nas regiões codificantes aumentou apenas de forma fraca a profundidades superiores a 120×. Em outras palavras, uma profundidade de sequenciação de 120× pode ser considerada razoável ao utilizar a técnica de sequenciação por captura de exoma para identificar variações significativas em estudos diagnósticos.

4. Quais são as desvantagens do sequenciamento do exoma completo?

O sequenciamento do exoma completo é caracterizado por um custo mais baixo, maior cobertura de sequência, bem como identificação sensível e específica. No entanto, o sequenciamento do exoma completo não consegue detectar variantes estruturais e tem uma visão limitada, ou seja, apenas regiões codificantes. Nem todos os alvos são capturados (aproximadamente 80%) e é difícil capturar regiões ricas em GC.

Referência:

1. Kyung Kim, et al. Efeito da Profundidade de Sequenciamento de Exoma de Nova Geração na Descoberta de Variantes Diagnósticas. Genómica e Informática. 2015, Jun; 13(2): 31–39.

Prime mutação missense fora do domínio lipase SERAC1 afetando o tráfego intracelular de colesterol.

Revista: Neurogenética

Fator de impacto: 3,269

Publicado online: 7 de outubro de 2015

Resumo

A síndrome MEGDEL é um erro inato de metabolismo raro. Esta síndrome tem sido associada a mutações no gene que contém o local ativo de serina 1 (SERAC1). Os autores relataram uma nova mutação homozigótica no gene SERAC1 através de sequenciação do exoma completo na CD Genomics. Esta é a primeira mutação missense fora do domínio da lipase de serina da proteína que afeta o tráfego intracelular de colesterol.

Resultados

1. Mutações no gene SERAC1

Até à data, 19 mutações no gene SERAC1 foram identificadas em pacientes com síndrome MEGDEL (Tabela 1). Apenas três são mutações missense que estão localizadas dentro do domínio da lipase. A p.D224G é a primeira mutação missense fora do domínio da lipase.

2. Mutação missense (p. D224G)

Usando sequenciação do exoma completo, os autores identificaram uma nova mutação patogénica homozigótica no gene SERAC1. Esta mutação missense alterou um ácido aspártico para glicina (Figura 1d). O papel patogénico de p.D224G é suportado pela análise in silico, pela conservação do resíduo de aminoácido mutante (Figura 1d) e pela acumulação de colesterol (Figura 1e).

Figura 1. A posição da mutação D224 em várias espécies (d). Tráfego intracelular de colesterol em fibroblastos derivados de indivíduos saudáveis e dos pacientes com SERAC1. U1866A é um inibidor do tráfego de colesterol.

Referência:

1. Rodríguez-García M E, et al. Primeira mutação missense fora do domínio lipase SERAC1 que afeta o tráfego intracelular de colesterol. Neurogenética, 2016, 17(1): 51-56.