Genotipagem de SNPs MassARRAY

A CD Genomics oferece uma validação personalizada de SNP rápida e precisa no instrumento MassARRAY MALDI–TOF fornecido pela Agena Bioscience. O nosso sistema de Genotipagem de SNP MassARRAY combina espectrometria de massa, química sensível e robusta, e software avançado de análise de dados para atender às suas necessidades. Genotipagem de SNPs necessidades.

Introdução ao Genotipagem de SNP MassARRAY

A genotipagem de SNP MassARRAY amplifica a sequência de DNA na região do SNP por PCR e, em seguida, utiliza um único primer de extensão para amplificar os produtos de PCR, garantindo que o primer se estenda apenas uma base. O produto estendido foi analisado por TOF (tempo de voo) e o SNP foi classificado de acordo com a diferença de peso molecular da base, sendo também possível calcular a frequência alélica do local SNP. A genotipagem de SNP MassARRAY pode realizar múltiplos genótipos de SNP numa única reação. Esta técnica é precisa e apresenta uma vantagem de custo ao analisar dezenas ou centenas de SNPs.

Com diferentes módulos de deteção e software, o MassARRAY^® A tecnologia iPLEX GOLD pode realizar a investigação ou aplicação de genotipagem de SNP, investigação da expressão génica, variação no número de cópias, análise de metilação génica, tipagem de patógenos e diagnóstico pré-natal numa única plataforma. A genotipagem de SNP MassARRAY tem um excelente potencial de aplicação nas áreas da ciência biológica, medicina, investigação agrícola, entre outras. Tem proporcionado soluções excelentes para cientistas em todo o mundo.

Vantagens da Genotipagem SNP MassARRAY

• Preciso e AutomatizadoA deteção de ácidos nucleicos por espectrometria de massa permite a leitura pela massa molecular, utilizando tecnologias de ponta para a dispensação automatizada e sem contacto de reagentes.
• Escalável e FlexívelOferecemos uma variedade de opções para SNP, amostra e rendimento de ensaio.
• Alta Capacidade de MultiplexaçãoMultiplexar até 30 loci SNP em um único pool.
• Design de Ensaios RápidosUm novo ensaio pode ser concebido em poucas horas. Além disso, um fluxo de trabalho semi-automatizado e oligonucleotídeos não modificados proporcionam um tempo de resposta rápido.
• Custo-efetivoA análise multiplex reduz o custo por amostra e a capacidade de processamento escalável otimiza os requisitos de lote e recursos.

Aplicações da Genotipagem SNP MassARRAY

• Genotipagem e deteção de mutações
• Deteção ultrasensível
• Análise de metilação
• Identificação de variedades
• Personalização do Painel Funcional
• Pesquisa em farmacogenómica
• Validação de biomarcadores

Fluxo de Trabalho de Genotipagem SNP MassARRAY

Os procedimentos para a nossa genotipagem de SNP MassARRAY estão ilustrados abaixo.

Especificações do Serviço

	Requisitos de amostra Tipo de amostra: DNA genómico Concentração de DNA: 20-50 ng/µL, volume de DNA: ≥ 15 µL, OD260/280 = 1,7~2,0 sem degradação ou contaminação por RNA.
	Impressão de Chips Plataforma Sequenom MassARRAY iPLEX Gold
	Análise de Dados Os genótipos são determinados através da análise de razões do espectrómetro de massa MALDI-TOF. Controlo de qualidade e deteção de oligonucleotídeos Tipagem de SNP e cálculo da frequência alélica de SNP Deteção e análise de mutações somáticas Análise quantitativa de metilação ...e mais

Pipeline de Análise

Entregáveis

• Os dados de sequenciação originais
• Resultados experimentais
• Relatório de análise de dados

O nosso serviço inclui o design de painéis SNP personalizados, fabrico de oligonucleotídeos e balanceamento de pools, execução de química iPLEX, análise de genotipagem e entrega de relatórios de genótipo em formato Excel. Os nossos fluxos de trabalho podem ser concebidos para acomodar tanto requisitos de ensaios pequenos como grandes. Se tiver requisitos adicionais ou perguntas, não hesite em contactar-nos.

Referências:

1. Aierken K, Dong Z, Abulimiti T, et al. Polimorfismos do 3'UTR do CDK6 alteram a suscetibilidade ao câncer cervical entre mulheres uigures. Mol Genet Genomic Med. 2019 Mar 4:e626.
2. Cai J, Cui K, Niu F, et al. Genética dos polimorfismos de IL6: Estudo caso-controlo do risco de cancro endometrial. Mol Genet Genomic Med. 2019 Mar 3:e600.
3. Ji H, Lu L, Huang J, et al. Polimorfismos do IL1A são um fator de risco para o câncer colorretal na população Han chinesa: um estudo de caso-controle. BMC Cancro. 2019 Fev 28;19(1):181.

Quantas amostras podem ser processadas no sistema MassARRAY?

Depende do design do ensaio e do formato do SpectroCHIP Array que está a ser utilizado. O sistema MassARRAY processa 2 chips por execução. O chip vem em um de dois formatos, 96 ou 384 poços. Se o design do ensaio exigir um único poço, o número de amostras processadas em uma única execução varia de 768 amostras com os chips de 384 poços a 192 amostras com os chips de 96 poços.

2. Quão precisos e reprodutíveis são os resultados experimentais da Espectrometria de Massa por Desorção/Ionização a Laser Assistida por Matriz (MALDI-TOF)?

Sob certas condições experimentais, a precisão e a reprodutibilidade dos resultados de deteção de genotipagem de SNP podem ambas ultrapassar os 99%.

3. Quão fiável é o Assay SNP MassARRAY?

Desenvolvida pela empresa americana Sequenom, a tecnologia MassARRAY encontrou uma ampla gama de aplicações na investigação de doenças, diagnósticos moleculares e melhoramento molecular. Além disso, pesquisas que utilizam esta tecnologia foram publicadas em revistas científicas de renome, como Nature, Science e Blood.

4. Qual é o princípio do MassARRAY?

A tecnologia de análise genética MassARRAY baseia-se na técnica de espectrometria de massa MALDT-TOF. O princípio analítico desta tecnologia assenta na identificação de variações de bases em locais SNP específicos através da diferença de peso das bases individuais. Além disso, apresenta a capacidade de detectar DNA dentro da faixa de massa aproximada de 4500Da a 9000Da, com uma resolução de separação de massa de 16Da.

Um estudo de associação genómica em duas fases para identificar novos loci genéticos associados à toxicidade aguda da radioterapia no carcinoma nasofaríngeo.

Revista: Câncer Molecular

Fator de impacto: 15,302

Publicado: 23 de agosto de 2022

Fundos

O carcinoma nasofaríngeo (CNP) afeta principalmente o sul da China, sendo a radioterapia um tratamento chave, apesar das significativas toxicidades agudas e tardias. Este estudo realizou uma GWAS em duas fases com 1084 pacientes com CNP para identificar variantes genéticas ligadas à toxicidade aguda da radioterapia e avaliar o seu desempenho preditivo clínico.

Métodos

Resultados

A análise GWAS identificou 16 SNPs associados a cinco toxicidades, com cinco SNPs validados. O estudo não encontrou SNPs significativos para mielossupressão, mucosite oral e toxicidade das glândulas salivares na coorte de validação, garantindo alta qualidade dos dados e homogeneidade étnica entre os pacientes.

Fig 1. Desenho e resultados do estudo de associação genómica em coorte de descoberta.
Os portadores do alelo menor apresentaram um risco aumentado e maior resistência à radioterapia. O Rs584547 mostrou um padrão semelhante sem estratificação, com maior toxicidade de grau 3 e resistência nos portadores do alelo A.

Fig. 2. Distribuição de pacientes em diferentes genótipos de acordo com a toxicidade da reação cutânea (A) e a resposta radioterapêutica (B).
Cinco variantes genéticas foram identificadas como potenciais biomarcadores para prever reações cutâneas induzidas por radioterapia e disfagia em pacientes com NPC, com modelos que combinam fatores genéticos e clínicos a apresentarem a maior precisão.

Fig. 3. Curvas características de operação do receptor de três modelos para reação cutânea (A) e disfagia (B).
Os cinco loci de risco foram mapeados para genes, com quatro SNPs no cromossoma 2q14.2 ligados a LINC01101 e INHBB, enquanto rs584547 foi encontrado a regular a expressão do gene SYT8.

Fig 4. Mapeamento genético e análise de LD de rs6711678, rs4848597, rs4848598, rs2091255 e rs584547.

Conclusão

Os autores identificaram cinco variantes genéticas associadas a toxicidades agudas da radioterapia em pacientes com NPC, o que pode ajudar a otimizar estratégias de tratamento para reduzir essas toxicidades.

Referência

1. Wang Y, Xiao F, Zhao Y, et al. Um estudo de associação genómica em duas fases para identificar novos loci genéticos associados à toxicidade aguda da radioterapia no carcinoma nasofaríngeo. Câncer Molecular. 2022, 21(1):169.