Diretrizes para Submissão de Amostras
Visão Geral – O Que É o Infinium GSA-24?
O Infinium Global Screening Array-24 (Infinium GSA-24) é uma plataforma de genotipagem de alta densidade desenvolvida pela Illumina para investigação genética em larga escala. Fornece dados fiáveis e reproduzíveis a um custo mais baixo e com um tempo de resposta mais rápido em comparação com o sequenciamento, tornando-se uma escolha preferida para estudos que requerem milhares de amostras.
Ao contrário do sequenciamento, que é orientado para a descoberta, o Infinium GSA-24 foca em variantes genéticas conhecidas e clinicamente relevantesCada BeadChip processa 24 amostras de DNA simultaneamente e interroga ~654.000 marcadores, com a flexibilidade de adicionar até 100.000 SNPs personalizadosEste equilíbrio entre uma cobertura genómica fixa e um conteúdo personalizável garante que a plataforma possa ser adaptada a diversos objetivos de estudo.
Acabou 15 milhões de amostras em todo o mundo foram processados utilizando a família de arrays Infinium GSA, estabelecendo-a como uma das ferramentas mais confiáveis em genética humana e investigação translacional.
Especificações
| Parâmetro | Detalhes |
|---|---|
| Tipo de Análise | Microarray em formato Infinium HTS |
| Automação | Compatível com carregador de matriz automatizado, robôs de manuseio de líquidos. |
| Entrada de DNA | 200 ng por amostra |
| Instrumentação | Sistema iScan |
| Espécies | DNA humano. |
| Contagem de Marcadores | ~654.027 marcadores fixos (mais até 100 mil complementos personalizados) |
| Capacidade da Amostra | 24 amostras por array |
| Rendimento | Até ~5.760 amostras por semana |
| Tipos de Variante | SNPs, variantes estruturais, CNVs |
Vantagens do Infinium GSA-24
Alto rendimento
– 24 amostras por BeadChip com capacidade semanal de até ~5.760 amostras.
Resposta rápida
– o fluxo de trabalho Infinium HTS otimizado fornece resultados em cerca de 3 dias.
Precisão robusta
– >99% de taxas de chamada e 99,9% de reprodutibilidade em diversos tipos de amostras.
Relevância global
– otimizado para alta precisão de imputação em 26 populações do Projeto 1000 Genomas.
Utilidade clínica
– variantes selecionadas das bases de dados ClinVar, NHGRI-GWAS, PharmGKB e ExAC.
Pronto para a farmacogenómica
– cobertura abrangente de genes ADME e loci HLA.
Compatibilidade ampla de amostras
– suporta ADN de sangue, saliva, esfregaços bucais e tecido FFPE.
Personalização flexível
– opção para adicionar até 100.000 marcadores específicos de projeto através do DesignStudio.
Fluxo de trabalho
Figura: Ilustração esquemática do fluxo de trabalho de genotipagem Infinium GSA-24. As amostras de ADN são processadas através de hibridização, digitalização e análise de dados de forma simplificada. processo.
O Fluxo de trabalho Infinium GSA-24 baseia-se na química Infinium HTS da Illumina, projetada para rapidez e reprodutibilidade. Cada etapa é otimizada para minimizar o tempo de manuseio e manter uma alta qualidade de dados.
Preparação de DNA – o DNA genómico é amplificado e fragmentado.
Hibridação – Fragmentos de DNA ligam-se a sondas no BeadChip.
Imagem – o sistema iScan utiliza óptica a laser dupla para capturar sinais fluorescentes.
Genotipagem O software GenomeStudio converte dados de intensidade em chamadas de SNP com mais de 99% de precisão.
Este processo simplificado permite estudos populacionais em larga escala para ser concluído de forma eficiente, com resultados prontos para análise de associação e imputação a montante.
Análise de Dados
| Nível de Análise | Processo e Entregáveis |
|---|---|
| QC Básico e Genotipagem |
|
| Análise Diferencial |
|
| Anotação Funcional |
|
| Análise Genética Avançada |
|
Resumo da Entrega
✅ Dados genotípicos de alta confiança
Chamadas de SNP curadas por especialistas para cada amostra, prontas para análise posterior.
✅ Resumo do controlo de qualidade
Inclui taxas de chamadas de amostra gerais, métricas de cluster por locos e avaliação de desempenho da amostra.
✅ Visualização da frequência alélica
Gráficos de frequência do alelo B (BAF) e razão log R (LRR) para refletir a distribuição do genótipo e detectar CNVs onde aplicável.
✅ Visão geral da concordância
Resumo da concordância em relação a conjuntos de dados de referência ou amostras de validação interna (por exemplo, rWGS ou padrões 1KG).
✅ Conjunto de dados imputado opcional
Dados de genótipo projetados em variantes adicionais através de imputação de alta precisão quando solicitado.
Comparação entre GSA-24 e GDA-8
| Recurso | Kit de Análise Global Infinium-24 | Kit de Diversidade Global Infinium-8 |
|---|---|---|
| Tipo de Análise | Microarray em formato Infinium HTS | microarray Infinium LCG (formato de 8 amostras) |
| Capacidade de Amostra por Array | 24 amostras | 8 amostras |
| Contagem de Marcadores | ~654.027 marcadores fixos; até 100 mil marcadores personalizados | ~1,8 milhões de marcadores, incluindo conteúdo exónico e clínico extenso |
| Foco no Conteúdo da Informação | Variantes clínicas multiétnicas em todo o genoma + variantes clínicas curadas (ClinVar, PharmGKB, etc.) | Cobertura clínica aprimorada, incluindo exões, variantes raras, associações fenotípicas. |
| Deteção de CNV e Cobertura Exónica | Limitado; principalmente genotipagem de SNP | Deteção de CNV de alta resolução com ênfase exónica; resolução média ~1,5 Mb |
| Rendimento | Elevado; escalável para rendimento a nível populacional | Moderado; formato de 8 amostras com alta eficiência por variante |
| Casos de Uso Ideais | GWAS, farmacogenómica, perfilagem de risco de doenças, estudos multi-população | Investigação clínica que requer uma cobertura profunda de genes da doença, CNVs e variantes exónicas. |
| Compatibilidade de Plataforma | Sistema Illumina iScan com suporte à automação | Sistema iScan compatível; objetivo de rendimento por variante custo-efetivo. |
Por que oferecer ambos os serviços
O GSA-24 o serviço destaca-se em genotipagem de alto rendimento com uma ampla cobertura de variantes multiétnicas; ideal para estudos de coorte grandes.
O GDA-8 serviço, com o seu conjunto de marcadores mais denso e conteúdo exónico e clínico melhoradoé mais adequado para investigações profundas e focadas—como descoberta de variantes detalhadas, análise de CNV e investigação translacional/clínica.
Oferecer ambos permite à CD Genomics orientar os clientes de forma flexível para a matriz apropriada com base nas suas tamanho da amostra, necessidades de resolução de variantes e objetivos do estudo.
Requisitos de Amostra
| Parâmetro | Requisito |
|---|---|
| Quantidade de Entrada de DNA | ≥200 ng de DNA genómico por amostra |
| Concentração de DNA | >50 ng/µL recomendado |
| Pureza (OD260/280) | 1.7–2.1, com bandas de eletroforese claras |
| Integridade do DNA | DNA de alto peso molecular >10 kb, degradação mínima |
| Tipos de Amostras Aceites | Sangue, saliva, esfregaços bucais, tecido fresco/congelado, tecido FFPE |
| Buffer/Armazenamento | buffer TE ou água livre de nucleases (ddH₂O) |
| Contentor | Tubo de microcentrífuga de 1,5 mL ou placa de 96 poços, selada com filme |
| Condições de Armazenamento | –20°C ou abaixo para armazenamento a longo prazo |
| Condições de Transporte | 2–8°C com pacotes de gelo para entrega local; envio com gelo seco (< –20°C) para longas distâncias. |
Aplicações do Genotipagem Infinium GSA-24
O Infinium Global Screening Array-24 (Infinium GSA-24) é uma plataforma versátil que suporta uma ampla gama de aplicações de investigação:
Genética populacional e análise de ascendência
Aproveita marcadores genómicos multiétnicos em larga escala para estudos robustos da estrutura populacional e mapeamento de ascendência.
Estudos de Associação Genómica em Larga Escala (GWAS)
Ideal para a descoberta de variantes em larga escala que ligam marcadores genéticos a traços complexos e doenças.
Perfilagem de risco de doenças e descoberta de biomarcadores
Inclui variantes selecionadas do ClinVar, catálogo NHGRI-GWAS e mais para análise de risco direcionada.
Farmacogenómica e investigação da resposta a fármacos
Características de marcadores relacionados com ADME e conteúdo de HLA/KIR relevantes para o metabolismo de fármacos e medicina personalizada.
Caracterização de estilo de vida e bem-estar
Suporta mapeamento de traços, painéis de bem-estar e casos de uso de genómica do consumidor com potenciadores personalizáveis.
Iniciativas de medicina translacional e de precisão
Empregado em investigação clínica para estratificação populacional e validação de alvos terapêuticos.
Triagem de variantes de alto rendimento
Permite o carregamento flexível de grandes coortes de amostras com um fluxo de trabalho eficiente de 3 dias e processamento automatizado.
Perguntas Frequentes – Serviço de Genotipagem Infinium GSA-24
Q1: Quão precisa é a Infinium Global Screening Array-24?
O Infinium GSA 24 demonstra >99% concordância com referência ao sequenciamento de genoma completo (rWGS) e conjuntos de dados de referência, com mais de 82% dos ensaios a alcançar um Valor Preditivo Positivo (VPP) de 100%—um padrão alinhado com as necessidades de rastreio clínico.
Q2: O GSA-24 consegue lidar com amostras de baixa qualidade ou com baixo teor de DNA?
Sim. A matriz mantém um desempenho excelente mesmo com entradas de DNA baixas, preservando altas taxas de chamada e reprodutibilidade entre tipos de amostras—uma vantagem chave para estudos que utilizam amostras clínicas degradadas ou limitadas.
Q3: Que tipos de investigação beneficiam mais do Infinium GSA-24?
Esta plataforma suporta uma ampla gama de aplicações, incluindo GWAS baseados em SNP, perfilagem de risco de doenças, farmacogenómica (ADME/HLA), mapeamento de ascendência e estudos translacionais—tudo alimentado por uma densa cobertura multiétnica e variantes clínicas selecionadas.
Q4: Que dados recebo após a execução?
Entregamos chamadas de genótipos SNP de alta densidade, métricas de QC, conjuntos de dados imputados opcionais e avaliações detalhadas de fiabilidade—prontos para estudos de associação ou pipelines de genómica clínica.
Q5: O que é o Acordo Preditivo Positivo (APP) e por que é importante?
PPA é a proporção de resultados positivos de array confirmados por sequenciação padrão de ouro. Alcançando PPV = 100% em mais de 82% dos ensaios significa que o GSA-24 identifica de forma fiável verdadeiros positivos—crítico para a confiança na interpretação de variantes.
Q6: Quantos SNPs inclui o Infinium GSA-24?
O Infinium Global Screening Array-24 (GSA-24) características aproximadamente 654.027 marcadores fixos, com a opção de incorporar até 100.000 SNPs personalizáveis para necessidades de estudo personalizadas.
Q7: O GSA-24 é preciso para marcadores farmacogenómicos?
Sim. O GSA-24 inclui selecionados. marcadores farmacogenómicos (PGx) sourced de bases de dados como PharmGKB e ClinVar, garantindo uma cobertura clinicamente relevante para ADME, HLA e genes relacionados com o sistema imunitário.
Estudo de Caso
Validação do Desenvolvimento do Assay Illumina Infinium utilizando o Global Screening Array (GSA) no Sistema iScan para uso em Laboratórios Forenses, bioRxiv , 2022.
1. Contexto
O estudo teve como objetivo validar o Infinium Global Screening Array-24 v3.0 (GSA-24) para aplicações forenses, seguindo SWGDAM e Normas de Garantia de Qualidade do FBI (QAS)O objetivo era testar a precisão, sensibilidade, reprodutibilidade e adequação para amostras de ADN degradadas ou de baixo input.
2. Métodos
- A validação utilizou padrões de ADN (NA12878, NA24385, NA24631) com entradas variando de 200 ng até 0,2 ng.
- As avaliações incluíram sensibilidade, precisão, repetibilidade, reprodutibilidade, degradação, especificidade de espécies, contaminação e misturas.
- A concordância do genótipo foi medida em relação aos dados de referência NIST/Genome-in-a-Bottle (GIAB).
3. Resultados
- As taxas de chamada excederam 99% para entradas ≥ 1 ng e mantiveram-se >95% a 0,2 ng.
- As taxas de concordância em comparação com as referências GIAB foram consistentemente elevadas (média de 99,2%). Os replicados dentro da amostra mostraram >99,8% de reprodutibilidade.
- Nos testes de mistura, perfis com uma proporção de 3:1 alcançaram 98,85% de concordância e com 9:1 atingiram >99,99% de concordância.
- O array demonstrou um desempenho robusto mesmo com amostras desafiadoras ou degradadas.
Legenda da figura: "Taxa de chamada e concordância em diferentes níveis de entrada de DNA, demonstrando o alto desempenho do GSA-24 v3.0 com entradas tão baixas quanto 0,2 ng."
4. Conclusões
A validação confirma que Infinium GSA-24 v3.0 entrega alta precisão (>95% taxa de chamadas a 0,2 ng), reprodutibilidade excecional (>99,8%)e robustez em amostras degradadas ou mistas. Estas descobertas sublinham a sua fiabilidade para investigação de alto rendimento, forense, medicina de precisão e aplicações em genética populacional.
Demonstração
