Q: What is the nanopore sequencing principle in simple terms?

A: Single DNA/RNA molecules pass through engineered nanopores and modulate ionic current. Neural-network basecalling (e.g., Dorado) converts the "squiggle" signal into bases in real time.

Q: What does a typical nanopore sequencing protocol include?

A: Intake QC → library prep (workflow-specific) → real-time sequencing (with stop/extend control) → basecalling/demultiplexing → bioinformatics analysis → structured data delivery.

Q: How long are the reads in Oxford Nanopore sequencing?

A: Long reads are routine; ultra-long workflows prioritize hundreds of kilobases and can reach megabase-class molecules when sample integrity and chemistry allow.

Q: How accurate is Nanopore Sequencing and how is accuracy reported?

A: Accuracy is summarized with Q-score distributions and, when applicable, consensus/polishing results. Final confidence depends on sample quality, chemistry, depth, and analysis pipeline.

Q: What are the main nanopore sequencing applications?

A: De novo assemblies, structural variation, methylome profiling (5mC/6mA), full-length transcript/lncRNA analysis, Direct RNA, targeted/amplicon panels, Pore-C (3D genome), and metagenomics.

Q: What does "nanopore sequencing technology, bioinformatics, and applications" support include?

A: End-to-end support: workflow selection, coverage modeling, basecalling/demux, QC dashboards, alignment/assembly, variant calling, methylation/epigenetics, isoform/fusion analysis, targeted/amplicon consensus, Pore-C contacts, and deliverable packaging.

Q: Nanopore Sequencing vs Illumina vs PacBio HiFi—how do I choose?

A: Nanopore: ultra-long reads, real-time control, native mods and Direct RNA. PacBio HiFi: high per-read accuracy with long reads. Illumina: very high per-base accuracy and cost-efficient depth for large cohorts. Many studies benefit from hybrid designs.

Q: What's the difference between Cas9 targeted sequencing and adaptive sampling?

A: Cas9 uses guide RNAs to enrich targets during library prep; adaptive sampling is software-driven enrichment/depletion during sequencing—no extra wet-lab capture.

Q: Can you detect DNA methylation or RNA modifications?

A: Yes. Nanopore signals support research-grade calling of DNA modifications (5mC/6mA) and provide modification-associated signal features for Direct RNA datasets.

Q: Do you offer nanopore sequencing technology bioinformatics for isoforms and fusions?

A: Yes. We perform full-length transcript/lncRNA isoform discovery and quantification, fusion calling, and TSS/TES or poly(A) tail analyses (TAIL workflows) as scoped.

Q: How many samples can I multiplex on one flow cell?

A: Multiple barcodes can be pooled. We plan barcode counts and input balance to meet per-sample yield/coverage goals.

Q: What inputs do you require?

A: Guidelines vary by application. Examples: HMW gDNA (3–5 µg) for ultra-long; total RNA (≥500 ng–1 µg, RIN≥8) for cDNA; poly(A)+ RNA (≥500 ng) for Direct RNA; amplicon pools (≥50–200 ng) for targeted panels.

Serviços de Sequenciação Oxford Nanopore — Leitura Longa e em Tempo Real

Leituras longas, análise em tempo real e deteção nativa de modificações. A plataforma de sequenciação Oxford Nanopore da CD Genomics oferece soluções flexíveis, rápidas e abrangentes para estudos de genoma, transcriptoma e epigenoma.

O que oferecemos:

Sequenciação do genoma completo (padrão e ultra-longo), RNA direto, perfilagem de transcritos completos/lncRNA
Sequenciação direcionada (captura Cas9 ou amostragem adaptativa) e painéis de amplicões
Suporte de projeto de ponta a ponta: preparação da biblioteca → sequenciação → bioinformática → relatórios prontos para publicação

Problemas que resolvemos:

Resolver repetições e variantes estruturais; montar genomas complexos com leituras longas e ultra-longas.
Detetar 5mC/6mA e analisar RNA nativo diretamente (sem bisulfito/RT)
Tome decisões críticas em tempo real com painéis de rendimento e controlo de qualidade.

Confiança: QC orientado por SOP · FASTQ mais FAST5/POD5 opcional · design de estudo consultivo

Diretrizes para Submissão de Amostras

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Índice

Tecnologia e Princípio de Sequenciação por Nanoporos

O que é (tecnologia de sequenciação por nanoporo):

A sequenciação Oxford Nanopore deteta alterações na corrente iónica à medida que moléculas de DNA ou RNA individuais passam através de nanoporos engenheirados incorporados numa membrana. Cada contexto de sequência curta (k-mer) produz um sinal característico ("squiggle"). Estes sinais são transmitidos para o MinKNOW, onde o basecaller de rede neural Dorado os converte em bases em tempo real. Como a molécula é lida diretamente, características nativas—como a metilação de DNA 5mC/6mA ou modificações de RNA—podem ser inferidas a partir do sinal sem tratamento com bisulfito ou transcrição reversa.

Como funciona a sequenciação por nanoporo (princípio):

Uma proteína motora orienta o DNA/RNA de cadeia simples através de um poro a uma taxa controlada.

2. À medida que cada k-mer reside na constrição do poro, ele modula a corrente; milhares de eventos são registados por segundo.

3. O Dorado decodifica o squiggle em leituras FASTQ; arquivos de sinal bruto opcionais (FAST5/POD5) preservam informações de modificação para análise posterior.

4. Como os dados chegam continuamente, as corridas podem ser interrompidas ou prolongadas conforme necessário para atingir o rendimento/qualidade alvo.

Por que é importante para a pesquisa:

Leituras ultra-longas (centenas de kb a classe de Mb) abrangem repetições, variantes estruturais, telómeros/centromeros.
A tomada de decisão em tempo real acelera projetos sensíveis ao tempo e otimiza o uso de células de fluxo.
A deteção direta de RNA e modificações nativas abre estudos epigenéticos e transcriptómicos com viés mínimo.

Os Nossos Serviços de Sequenciação Nanopore

Sequenciação de Transcritos de Comprimento Total por Nanoporos

Uma linhaTranscriptómica a nível de isoforma com leituras longas para deteção precisa de splicing, TSS/TES e fusões.

Melhor paraDescoberta/quantificação de isoformas de comprimento completo em genes codificadores; deteção de fusões.

Ver detalhes do transcript completo →

Sequenciação de RNA Direta por Nanoporos

Uma linhaSequência RNA nativa diretamente—manter sinais de modificação sem transcrição reversa.

Melhor paraPesquisa sobre modificação de RNA e perfilagem do transcriptoma com viés mínimo.

Explorar o sequenciamento direto de RNA

Sequenciação de Amplicões por Nanoporos

Uma linhaDeteção rápida e direcionada de variantes em loci definidos com amplicões longos.

Melhor paraValidação de painel, triagem de hotspots, verificações de clones, estudos de pequenas coortes.

Veja o fluxo de trabalho de sequenciação de amplicons →

Sequenciação de LncRNA de Comprimento Total com Nanoporos

Uma linhaResolva isoformas de RNA não codificante longo que os métodos de leitura curta não conseguem detetar.

Melhor paraestrutura de lncRNA, utilização de isoformas, descoberta de novos transcritos.

Ver detalhes de sequenciação de lncRNA →

Sequenciação Direcionada por Nanoporos (Cas9 ou Amostragem Adaptativa)

Uma linhaConcentre a cobertura onde é importante—Captura de Cas9 ou impulsionado por software amostragem adaptativa.

Melhor paraAnálise de variantes/metilação específicas de locus sem o custo do genoma completo.

Explorar opções direcionadas (Cas9/Adaptativas) →

Sequenciação Ultra-Longa por Nanoporos

Uma linhaMaximizar o comprimento de leitura (centenas de kb a classe de Mb) para montagens e repetições complexas.

Melhor paraAssemblagens de novo, grandes variações estruturais, telómeros/centromeros, expansões de repetições.

Veja o fluxo de trabalho ultra-longo de WGS →

Serviço Pore-C

Uma linhaContatos de cromatina de longo alcance e estruturação utilizando leituras de nanopore.

Melhor paraOrganização do genoma em 3D, suporte de andaimes para montagens.

Ver detalhes do serviço Pore-C →

Serviço TAIL Iso-Seq

Uma linhaMapeamento de TSS/TES a nível de molécula única e perfilagem do comprimento da cauda poli(A).

Melhor para: Estudos de biologia do final da transcrição, completude de isoformas, regulação pós-transcricional.

Explorar os resultados do TAIL Iso-Seq →

O que Você Receberá

Cada projeto da Oxford Nanopore é entregue com dados transparentes, documentação detalhada e métricas de controlo de qualidade reproduzíveis—assegurando confiança pronta para publicação.

Ficheiros de dados principais (para cada projeto)

FASTQ (.fastq.gz) — leituras baseadas (Dorado).
Sinal bruto opcional — FAST5/POD5 por solicitação para reanálise consciente de modificações.
Memorando do projeto — o protocolo de sequenciação por nanoporo utilizado (kit de biblioteca, célula de fluxo/química, configurações de execução), além das versões de software e parâmetros.

Relatório de Execução e Controlo de Qualidade (por amostra e por código de barras)

Rendimento e produtividade: leituras/bases totais; contagens de aprovação/reprovação.
Métricas de comprimento de leitura: N50/N90, histogramas de comprimento.
Qualidade: Distribuição do Q-score, resumos de precisão de leitura.
Desempenho de codificação de barras: taxas de atribuição, equilíbrio entre amostras.
Se alinhado: taxa de mapeamento, uniformidade de cobertura/duplicados, resumos on-/off-target (para alvo/amplicon).
Se aplicável: utilização de poros ao longo do tempo e notas de execução para apoiar os registos do estudo.

Saídas de Análise Opcionais (Escolher por Serviço)

Aplicação	Entregáveis
Genomas (WGS Padrão / Ultra-Longo)	Assemblagem de novo (FASTA / GFA) com estatísticas (N50, NG50, BUSCO ou QC de k-mer se aplicável) Conjuntos de variantes: SNV / indel / SV em formato VCF com instantâneas de evidências de suporte Haplotipos em fases opcionais mediante solicitação
Epigenética (Metilação do DNA)	Tabelas de chamadas per-site 5mC / 6mA (bedMethyl / TSV) Sumários de regiões diferencialmente metiladas (DMR) Relatórios de enriquecimento de motivos e análise de contexto
Transcrição (Transcrição Completa / lncRNA / RNA Direto / TAIL Iso-Seq)	Catálogo de isoformas (GTF / GFF3) Tabelas de quantificação de expressão Lista de transcritos de fusão Localização do início da transcrição (TSS) / local de terminação (TES) e gráficos de distribuição da cauda poli(A) (para fluxos de trabalho TAIL)
Amplicon / Alvo (Cas9 ou Amostragem Adaptativa)	Resumo da validação da sequência de primers / guias Sequências de consenso por amplicão Ficheiro de chamada de variantes (VCF) com estimativas de frequência alélica Tabelas resumo de cobertura em alvo / fora do alvo
Genoma 3D (Pore-C)	Matrizes de contacto processadas (.cool / .mcool / .hic) Tabelas de resumo de Loop e TAD Faixas de visualização do navegador do genoma (bigWig / bigBed)

Protocolo de Sequenciação por Nanoporos

Infographic showing six steps of the Nanopore Sequencing Protocol with icons for Intake & QC, Library Prep, Flow Cell & Barcodes, Basecalling and Demux, Post-run QC, and Documentation.

Entrada e QCQubit quant; A260/280 ~1.8–2.0, A260/230 ≥2.0. gDNA HMW para Ultra-Long; RNA RIN ≥8.
Preparação de biblioteca (por aplicação): Padrão WGS; Ultra-Longo (manuseio suave de HMW); Amplicon; Direcionado (Cas9 ou amostragem adaptativa); cDNA/lncRNA de comprimento total; RNA direto; Pore-C; TAIL Iso-Seq.
Célula de fluxo e códigos de barras: Dimensionado para rendimentos/objetivos; equilibrar entradas com código de barras.
Sequenciação e controlo1–72 h típico; monitorização ao vivo; parar/estender ou recarregar conforme necessário; ativar amostragem adaptativa onde suportado.
Basecalling e demultiplexaçãoMinKNOW + Dorado → FASTQ; FAST5/POD5 opcional para reanálise consciente de modificações.
QC pós-corrida: rendimento/aprovado-reprovado; comprimento de leitura N50/N90; distribuição de pontuação Q; mapeamento/cobertura e alvo/não alvo (se alinhado).
Documentação e entrega: memorando de protocolo (kits/química/software), relatório de QC, saídas de análise delimitada; chamada de revisão opcional.

Bioinformática e Análise de Dados

O nosso serviço oferece tecnologia de sequenciação de nanoporos abrangente, bioinformática e suporte a aplicações para dados de leitura longa da Oxford Nanopore.

Bioinformática Padrão

Basecalling e demultiplexagem: Dorado/MinKNOW para produzir FASTQ por amostra.
Executar painéis de QC: rendimento, comprimento de leitura N50, distribuição de Q-score, equilíbrio de código de barras.
Leitura de preparação: aparagem de adaptadores/primas, filtragem.
Alinhamento de referência (opcional): mapeamento ciente de leituras longas com resumos de cobertura; BAM/CRAM se solicitado.
Retenção de sinal (opcional): POD5/FAST5 preservado para reanálise consciente de modificações.

Análise Avançada

Montagem de Genoma De Novo — primeiro com leituras longas ou híbrido; montagens polidas com estatísticas de continuidade.
Variação Estrutural (SV) e Chamadas de CNV — grandes indels, inversões, translocações; resumos de número de cópias.
Análise e Quantificação de Transcritos de Comprimento Total (Isoforma) — descoberta de isoformas, tabelas de expressão, deteção de fusões.
Análise de Modificação de DNA/RNA (Epigenética) — 5mC/6mA de grau de pesquisa; resumos de sinais de modificação de RNA para RNA Direto.
Classificação Metagenómica — perfil taxonómico; suporte à montagem onde aplicável.
(Add-ons) Chamadas de Consenso e Variantes Direcionadas/Amplicon, Mapas de Contato do Genoma 3D Pore-C.

Aplicações de Sequenciação por Nanoporos

Onde a sequenciação da Oxford Nanopore acrescenta mais valor na investigação:

Montagem e finalização de genomas de novo

Repetições de span e regiões complexas; resolver telómeros/centrómeros.

Serviços recomendados: Sequenciação Ultra-Longa, Sequenciação Genómica de Longa Leitura Padrão.

Variação estrutural (SV) e rearranjos complexos

Detetar grandes inserções/deleções, inversões, translocações, expansões de repetições.

Serviços recomendados: Ultra-Longo/Padrão WGS, Direcionado (Cas9/Adaptativo).

Faseamento de haplótipos e análise específica de alelos

Moléculas longas preservam a ligação entre variantes distantes.

Serviços recomendados: WGS Padrão/Ultra-Longo.

Transcriptómica de comprimento total (isoformas e fusões)

Identificar isoformas novas, quantificar a utilização, confirmar fusões; mapear TSS/TES.

Serviços recomendados: Sequenciação de Transcritos de Comprimento Total, Sequenciação de lncRNA, TAIL Iso-Seq.

Estudos de RNA direto e modificação de RNA

Sequenciar RNA nativo sem RT; investigar sinais associados a modificações.

Serviço recomendado: Sequenciação de RNA Direta.

Metilação do DNA / epigenética (5mC/6mA)

Chamar modificações do sinal para construir mapas de metiloma e DMRs.

Serviços recomendados: WGS Padrão/Ultra-Longo, Direcionado (Cas9/Adaptativo).

Descoberta e validação de alvos

Enriqueça loci de interesse rapidamente sem o custo de um genoma completo.

Serviços recomendados: Sequenciação de Nanoporos Direcionada (Cas9 ou Amostragem Adaptativa), Sequenciação de Amplicões.

Arquitetura do genoma 3D

Gere mapas de contacto de longo alcance para estudos de scaffolding e cromatina.

Serviço recomendado: Poro-C.

Metagenómica e vigilância de patógenos

Melhorar a resolução de montagem/esforço; beneficiar de decisões em tempo real.

Serviços recomendados: WGS padrão, direcionado, amplicon (por design).

Para coortes de variantes pequenas de alta profundidade, a leitura curta pode ser eficiente em termos de custo; designs híbridos (leitura curta + Nanopore) capturam tanto a profundidade como o contexto de longo alcance.

Sequenciação por Nanoporos vs Illumina vs PacBio (HiFi)

Escolhendo a plataforma certa? Aqui está uma visão concisa e pronta para decisão sobre sequenciação por nanoporo vs Illumina vs PacBio (HiFi) para uso em investigação. A comparação abaixo ajuda-o a selecionar a plataforma adequada para o seu desenho de estudo.

Dimensão	Oxford Nanopore (ONT)	PacBio (HiFi/SMRT)	Illumina (SBS)
Princípio	Sinal de corrente iónica através de nanoporos; chamada de base NN (Dorado)	Deteção óptica em ZMWs; consenso circular (HiFi)	Sequenciação por síntese; imagem óptica
Comprimento de leitura (típico)	Longo; ultra-longo até classe Mb possível (fluxos de trabalho UL)	Longo; leituras HiFi normalmente ~15–20 kb	Leituras curtas, tipicamente até 2×300 pb
Tempos de dados	Streaming em tempo real; parar/estender execuções sob demanda	Lote (consenso após execução)	Lote
Biologia nativa	RNA direta; modificações nativas de DNA (5mC/6mA) a partir do sinal	Modificações de DNA através de assinaturas cinéticas; RNA via cDNA	Deteção de mods não nativa (fluxos de trabalho padrão)
paradigma de precisão	Melhorar bruto; alto consenso com profundidade/polimento	Alta precisão de consenso por leitura (HiFi)	Alta precisão por base em grande escala
Onde brilha	Ultra-longa extensão de repetições/SVs; trabalho rápido/campo; metilação; RNA direto	Precisão de leitura longa para variantes e regiões difíceis	Grandes coortes; profundidade de variantes pequenas com custo eficiente
Compromissos	Informática ciente do sinal; custo por Gb vs leitura curta	Plataforma óptica; custo de instrumento/química	Contexto de longo alcance limitado; sem mods nativos.

Escolha rápida (regras práticas):

Preciso das moléculas mais longas. (assemblagens, telómeros/repetições): escolher Nanopore Ultra-Long.
Necessita da maior precisão por leitura em leituras longas. fora da caixa: PacBio HiFi; ou ONT com consenso/polimento conforme o objetivo.
Necessita de chamadas de modificação nativa ou RNA direto.: Sequenciação por Oxford Nanopore.
Grandes coortes com chamada profunda de SNV/indel: Illumina; adicionar leituras longas para resolver loci complexos.
Projetos críticos em termos de tempo ou no terreno: Nanoporosidade (controlo em tempo real).
Designs híbridoscombinar leituras curtas + leituras longas (ou HiFi + ONT) para equilibrar precisão, custo e contexto de longo alcance.

O desempenho real depende da integridade da amostra, tipo de biblioteca, química, profundidade e pipeline de análise.

Qualidade e Desenho do Estudo

Replicados e ControlesRecomendar ≥2 réplicas biológicas por condição; incluir negativos para amplicon/dirigido; spike-ins opcionais para metilação.
Planeamento de Cobertura: Dimensionar a profundidade de leitura longa em relação à complexidade do genoma/objetivos de SV; planear a profundidade em alvo para direcionado/amplicon; dimensionar leituras/amostra para isoformas ou RNA Direto.
Critérios de AceitaçãoMetas pré-acordadas para rendimento por código de barras, fração dentro do alvo, taxa de mapeamento e perfil de comprimento de leitura (por exemplo, metas N50 para Ultra-Long).
Decisões em Tempo de ExecuçãoUtilize painéis em tempo real para parar/estender/recarregar de forma eficiente; documente quaisquer variações no memorando do projeto.

Infographic titled 'Quality and Study Design' showing icons for Replicates and Controls, Coverage Planning, Run-Time Decisions, and Acceptance Criteria.

A Vantagem da CD Genomics

Escopo orientado a aplicações

Mapeie a sua questão biológica ao serviço certo da Oxford Nanopore (Ultra-Long, RNA Direto, Transcrito Completo/lncRNA, Alvo/Cas9 ou adaptativo, Amplicon, Pore-C, TAIL Iso-Seq).

Modelagem de design e viabilidade

Modelagem de cobertura, equilíbrio de código de barras e verificações de viabilidade de alvo/primer antes de se comprometer.

Análise reproduzível

Pipelines encapsulados/bloqueados por versão; embalagem de resultados limpa com relatório de análise e dicionário de dados.

Eficiência de execução em tempo real

Painéis ao vivo para parar/estender/recarregar quando os objetivos são alcançados; amostragem adaptativa quando apropriado.

Integridade e segurança dos dados

Pastas estruturadas, verificação de checksum e transferência segura com uma política de retenção definida.

Apoio de qualidade para publicação

Orientação opcional sobre resultados, preparação de figuras/tabelas e assistência na redação/revisão do manuscrito.

Neutralidade entre plataformas

Orientação objetiva sobre quando estratégias híbridas (short-read + ONT, ou HiFi + ONT) acrescentam valor.

Requisitos de Amostra

Serviço	Montante de entrada e integridade	Pureza (diretrizes)	Armazenamento / Envio	Notas principais
Sequenciação de Transcritos de Comprimento Total por Nanopore (cDNA)	≥500 ng–1 µg de RNA total; RIN ≥8	RNA A260/280 ~2,0; A260/230 ≥2,0	Gelo seco (−80 °C)	cDNA sensível ao strand; Poly(A)+ ou depleção de rRNA conforme o design
Sequenciação de RNA Direta por Nanoporos	≥500 ng de RNA poli(A)+ (o 1–5 µg de RNA total para enriquecimento)*; alta integridade	RNA A260/280 ~2,0; A260/230 ≥2,0	gelo seco	Preservar modificações nativas; manuseio suave; evitar RNase; sem RT
Sequenciação de Amplicões por Nanoporos	≥50–200 ng de amplicões agrupados (≈300 bp–10 kb)	PCR limpo; sem dimers de primers	4 °C; bolsa de gelo	Forneça tabela inicial e lista de alvos; podemos desenhar se necessário.
Sequenciação de lncRNA de Comprimento Total com Nanoporos	≥1 µg de RNA total; RIN ≥8	RNA A260/280 ~2,0; A260/230 ≥2,0	gelo seco	Enriquecer a transcrição longa onde aplicável; DNase se necessário.
Sequenciação Alvo por Nanoporos — Cas9	≥1–2 µg de gDNA de alta qualidade (não entrelaçado; fragmentos longos preferidos)	DNA A260/280 1,8–2,0; A260/230 ≥2,0 (quantificado por Qubit)	4 °C curto; enviar a −20 °C com pacotes de gelo	Fornecer alvos/gRNAs; realizamos modelagem de especificidade e de alvo em silico.
Sequenciação Direcionada por Nanoporos — Amostragem Adaptativa	≥1–2 µg gDNA; fragmentos longos enriquecidos úteis	Igual ao acima	Igual ao acima	Fornecer BED/FASTA de regiões enriquecidas/depletadas; sem captura adicional em laboratório.
Sequenciação Ultra-Longa por Nanoporos	≥3–5 µg gDNA HMW; comprimento modal >100 kb; cisalhamento mínimo	DNA A260/280 1,8–2,0; A260/230 ≥2,0	4 °C curto; navio −20 °C	Sem vórtices; pontas de grande diâmetro; evitar fenol/EDTA/polisacarídeos; incluir método de extração.
Serviço Pore-C	Células/núcleos por SOP (contacte-nos antes da fixação)	—	Cadeia de frio (4 °C)	Consulte os montantes de entrada.
Serviço TAIL Iso-Seq	≥1 µg de RNA total; RIN ≥8	RNA A260/280 ~2,0; A260/230 ≥2,0	Gelo seco	Relatórios TSS/TES e comprimento da cauda poli(A); manter a integridade elevada do RNA.

Notas gerais

Evite inibidores (fenol, heparina, EDTA, polissacarídeos) e ciclos repetidos de congelamento-descongelamento; não seque em excesso as esferas.
Utilize pontas de grande diâmetro e não faça vortexing para DNA de alto peso molecular.
Incluir um método de extração breve e quaisquer contaminantes conhecidos.
Matrizes de baixo input/FFPE ou incomuns podem ser viáveis—contacte-nos para um protocolo personalizado.

Fluxo de Trabalho do Projeto

Project workflow for Oxford Nanopore sequencing showing five steps with icons: Consultation & Design, Sample Prep & Shipping, Sequencing (ONT), Bioinformatics Analysis, and Delivery & Review.

Estudo de Caso do Cliente (Pesquisa Publicada)

Título: metilação mediada por FIONA1 do 3'UTR de FLC afeta FLC níveis de transcrição e floração em Arabidopsis (Caso de uso da Oxford Nanopore)

Autores: Bin Sun, Kaushal Kumar Bhati, Peizhe Song, et al.
Data de publicação: 27 de setembro de 2022
Revista: PLOS Genetics

Questão de pesquisa (Atenção):

Qual enzima instala m^6A no 3′UTR do mRNA do FLOWERING LOCUS C (FLC) e como essa modificação afeta a estabilidade do transcrito FLC e a floração?

Abordagem:

Um design multi-ómico integrou a sequenciação de RNA direta da Oxford Nanopore, mRNA-seq e meRIP-seq para perfilar a expressão diferencial e a metilação diferencial de RNA em plantas do tipo selvagem vs mutantes FIONA1 (FIO1). O RNA direto capturou características de sinal nativas, enquanto o meRIP-seq mapeou regiões enriquecidas em m^6A; as evidências combinadas identificaram o local de modificação na 3′UTR do FLC.

Principais conclusões:

FIO1 é a metiltransferase responsável pela metilação m^6A no 3′UTR do mRNA FLC.
A perda desta metilação na extremidade 3′ em mutantes fio1 desestabiliza o mRNA do FLC (níveis reduzidos de FLC) e contribui para um fenótipo de floração precoce.
Os autores divulgaram dados de RNA direto de Nanopore (GEO: GSE212766) e conjuntos de dados correspondentes de mRNA/meRIP, apoiando a reprodutibilidade.

Direct RNA-sequencing analysis results. Análise de sequenciação de RNA direta.

O que isto demonstra:

Este estudo revisto por pares mostra como a sequenciação de RNA direta por nanopore—combinada com a análise de modificações de RNA (m^6A)—responde a questões biológicas que dependem de RNA nativo e regulação pós-transcricional. É um forte exemplo de "tecnologia de sequenciação por nanopore, bioinformática e aplicações" para epitranscriptómica e mecanismos de regulação genética.

Como a CD Genomics abordaria um projeto semelhante.:

ServiçoSequenciação de RNA Direta por Nanoporos (+ meRIP-seq opcional através do fluxo de trabalho do parceiro)
Análiseperfilamento de isoformas, resumos de sinais associados a modificações, expressão diferencial, integração com picos de m^6A baseados em imunoprecipitação
Entregáveis: FASTQ (RNA Direto), POD5/FAST5 opcional, relatório de QC, resumos de modificações, figuras/tabelas adequadas para publicação

Perguntas Frequentes — Sequenciação Nanopore

O princípio da sequenciação por nanoporo, em termos simples, envolve passar moléculas de DNA através de um pequeno poro. À medida que o DNA passa pelo poro, ele causa alterações na corrente elétrica que flui através do poro. Essas alterações permitem identificar as diferentes bases do DNA, como adenina, timina, citosina e guanina, revelando assim a sequência do DNA.

Apenas para fins de investigação, não se destina a diagnóstico clínico, tratamento ou avaliações de saúde individuais.

Publicações

FIONA1-mediated methylation of the 3’UTR of FLC affects FLC transcript levels and flowering in Arabidopsis

PLoS Genetics | 2022

https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1010386

Complete Genome Sequence of the Lignocellulose-Degrading Actinomycete Streptomyces albus CAS922

Microbiology Resource Announcements | 2020

https://doi.org/10.1128/mra.00227-20

The m6A writer FIONA1 methylates the 3’UTR of FLC and controls flowering in Arabidopsis

bioRxiv | 2022

https://doi.org/10.1101/2022.01.24.477497