Diretrizes para Submissão de AmostrasServiços de Sequenciação Oxford Nanopore — Leituras Ultra-Longas, Decisões em Tempo Real, RNA Direto
A única tecnologia de sequenciação que fornece leituras ultra-longas de classe Mb, transmite dados em tempo real e sequencia RNA nativo diretamente — sem transcrição reversa ou amplificação. A plataforma Oxford Nanopore da CD Genomics oferece as leituras mais longas em genómica, a capacidade de interromper uma corrida quando tem dados suficientes e acesso direto a modificações de RNA que outras plataformas não conseguem detetar.
O que oferecemos:
- Leituras ultra-longas (classe Mb) para montagem de genoma sem lacunas e resolução de repetições complexas
- Sequenciação direta de RNA — RNA nativo, sem transcrição reversa, sem viés de amplificação
- Controlo de sequenciamento em tempo real — monitorize o rendimento ao vivo, pare quando os objetivos forem atingidos.
- Apoio de projeto de ponta a ponta: preparação da biblioteca → sequenciação → bioinformática → relatórios prontos para publicação
Problemas que resolvemos:
- Resolva telómeros, centrômeros e duplicações segmentares — regiões onde leituras curtas falham.
- Sequenciar isoformas completas e detectar modificações de RNA diretamente a partir de moléculas de RNA nativas.
- Monitorize o progresso da sequenciação em tempo real e termine as corridas assim que tiver dados suficientes.
Confiança: QC orientado por SOP · FASTQ mais FAST5/POD5 opcional · design de estudo consultivo
Quando Leituras Ultra-Longas e Tempo Real Importam
Se o seu projeto requer leituras superiores a 20 kb — para abranger grandes variantes estruturais, fechar lacunas no genoma ou resolver isoformas de transcritos de comprimento total — a Oxford Nanopore é a sua melhor opção. A Nanopore detém o recorde das leituras de sequenciamento mais longas já produzidas (excedendo 2 Mb). É também a única plataforma que transmite dados em tempo real — permitindo que você pare uma corrida assim que tiver cobertura suficiente — e a única plataforma que sequencia moléculas de RNA nativas diretamente, preservando informações de modificação que métodos baseados em cDNA perdem.
Claro, as leituras de nanoporo brutas trocam alguma precisão por leitura por estas capacidades (tipicamente Q10–20 brutas, melhorando com a mais recente química e os chamadores de base Dorado). Para projetos que exigem a mais alta precisão por leitura, considere o PacBio HiFi; para os maiores intervalos de leitura, monitorização em tempo real e análise direta de RNA, o Nanopore não tem igual.
Como Funciona a Sequenciação por Nanoporos
A sequenciação por nanoporo passa uma única molécula de DNA ou RNA através de um nanoporo proteico embutido em uma membrana eletricamente resistente. À medida que cada nucleótido transita pelo poro, ele perturba a corrente iónica de uma maneira específica à sequência. Essas alterações na corrente são registadas em tempo real e decodificadas em sequências de nucleótidos (A, T, C, G — ou bases de RNA) por um basecaller de rede neural como o Dorado.
Ao contrário da Illumina (sequenciação por síntese com amplificação em clusters) ou da PacBio (detecção óptica de nucleotídeos marcados fluorescentemente em guias de onda de modo zero com consenso circular), a Nanopore lê a molécula nativa diretamente. Não há amplificação, não há síntese e não há medição óptica envolvidas. O sinal bruto transporta não apenas a identidade da base, mas também informações sobre modificações (5mC, 6mA e modificações de RNA), que podem ser extraídas bioinformaticamente sem preparação adicional da amostra.
Por que é importante para a sua pesquisa:
- Leituras ultra-longas (que excedem 1 Mb de forma rotineira, com leituras recorde que ultrapassam 2 Mb). Abrangem telómeros, centrómeros, duplicações segmentares e grandes variantes estruturais que não podem ser resolvidas com plataformas de leituras curtas ou de comprimento intermédio.
- Streaming de dados em tempo real. Os resultados de sequenciação são gerados à medida que a molécula passa pelo poro, permitindo o monitoramento ao vivo do rendimento, amostragem adaptativa (enriquecer ou esgotar regiões-alvo em tempo real) e a terminação imediata da corrida quando dados suficientes são coletados.
- Deteção direta de RNA e modificações nativas. Sequencie moléculas de RNA sem transcrição reversa ou viés de amplificação. Detete metilação de DNA (5mC, 6mA) a partir de leituras genómicas e modificações de RNA (m6A, pseudouridina, inosina) a partir de leituras diretas de RNA — tudo a partir do sinal bruto, sem necessidade de conversão com bisulfito ou etapas de enriquecimento.
Os Nossos Serviços de Sequenciação por Nanoporos
Sequenciação de Transcritos de Comprimento Total por Nanoporos
Uma linhaTranscriptómica a nível de isoforma com leituras longas para deteção precisa de splicing, TSS/TES e fusões.
Melhor paraDescoberta/quantificação de isoformas de comprimento completo em genes codificadores; deteção de fusões.
Sequenciação de RNA Direta por Nanoporos
Uma linhaSequência RNA nativa diretamente—manter os sinais de modificação sem transcrição reversa.
Melhor paraPesquisa sobre modificação de RNA e perfilagem do transcriptoma com viés mínimo.
Sequenciação de Amplicões por Nanoporos
Uma linhaDeteção rápida e direcionada de variantes em loci definidos com amplicons longos.
Melhor paraValidação de painel, triagem de hotspots, verificações de clones, estudos de pequenas coortes.
Sequenciação de LncRNA de Comprimento Total com Nanoporos
Uma linhaResolva isoformas de RNA não codificante longo que os métodos de leitura curta não conseguem detetar.
Melhor paraestrutura de lncRNA, utilização de isoformas, descoberta de novos transcritos.
Sequenciação Direcionada por Nanoporos (Cas9 ou Amostragem Adaptativa)
Uma linhaConcentre-se na cobertura onde é importante—Captura de Cas9 ou orientado por software amostragem adaptativa.
Melhor paraAnálise de variantes/metilação específica de locus sem o custo do genoma completo.
Sequenciação Ultra-Longa por Nanoporos
Uma linhaMaximizar o comprimento de leitura (centenas de kb a classe de Mb) para montagens e repetições complexas.
Melhor paraAssemblagens de novo, grandes variações estruturais, telómeros/centromeros, expansões de repetições.
Serviço Pore-C
Uma linhaContatos de cromatina de longo alcance e estruturação usando leituras de nanopore.
Melhor paraOrganização do genoma em 3D, suporte de andaimes para montagens.
Serviço TAIL Iso-Seq
Uma linhaMapeamento de TSS/TES a partir de moléculas únicas e perfilagem do comprimento da cauda poli(A).
Melhor para: Transcrição final, biologia, completude de isoformas, estudos de regulação pós-transcricional.
Serviço de Sequenciação de tRNA Nano
Uma linhaSequenciação de tRNA de comprimento completo com deteção direta de modificações de RNA na plataforma Nanopore. Perfilagem completa de isoaceitadores e isoformas de tRNA com captura de modificações nativas, incluindo m1A, m3C, m7G, pseudouridina e outras marcas epitranscriptómicas.
Melhor parabiologia do tRNA, estudos sobre o panorama de modificações, caracterização de tsRNA, perfil epitranscriptómico.
Sequenciação Metagenómica de Longa Leitura
Uma linhaResolva comunidades microbianas complexas com leituras longas de nanopore para classificação ao nível de espécies, genomas montados a partir de metagenomas (MAGs) e perfilagem de genes de resistência. Disponível nas plataformas PacBio HiFi e Oxford Nanopore.
Melhor paraComunidades metagenómicas complexas, metagenómica aplicável em campo, vigilância de patógenos em tempo real.
Ver detalhes de sequenciação metagenómica de leitura longa →
Sequenciação de cDNA de Comprimento Total com Nanoporos
Uma linhaSequenciar moléculas de cDNA de comprimento completo para a descoberta de transcritos a nível de isoforma. Reverta a transcrição do RNA em cDNA e, em seguida, sequencie diretamente — capturando estruturas de transcritos completas do extremo 5' ao extremo 3' sem montagem.
Melhor paraDescoberta de isoformas de transcritos de comprimento total, identificação de transcritos novos, quantificação da expressão de isoformas.
Sequenciação de Amplicões de 16S/18S/ITS de Comprimento Total por Nanopore
Uma linhaAmplificar e sequenciar regiões de genes rRNA de comprimento total (16S, 18S, ITS) com leituras longas de Nanopore para resolução taxonómica a nível de espécie e de estirpe que os amplicons de leituras curtas não conseguem alcançar.
Melhor para: Perfilagem da comunidade microbiana, análise do microbioma ambiental, classificação taxonómica a nível de estirpe.
O Que Você Receberá
Cada projeto da Oxford Nanopore é entregue com dados transparentes, documentação detalhada e métricas de controlo de qualidade reproduzíveis—garantindo confiança pronta para publicação.
Ficheiros de dados principais (para cada projeto)
- FASTQ (.fastq.gz) — leituras com chamada de base (Dorado).
- Sinal bruto opcional — FAST5/POD5 por solicitação para reanálise consciente de modificações.
- Memorando do projeto — o protocolo de sequenciação por nanoporo utilizado (kit de biblioteca, célula de fluxo/química, configurações de execução), além das versões de software e parâmetros.
Relatório de execução e controlo de qualidade (por amostra e por código de barras)
- Rendimento e taxa de produção: leituras/bases totais; contagens de aprovação/reprovação.
- Métricas de comprimento de leitura: N50/N90, histogramas de comprimento.
- Qualidade: distribuição do Q-score, resumos de precisão de leitura.
- Desempenho de codificação: taxas de atribuição, equilíbrio entre amostras.
- Se alinhado: taxa de mapeamento, uniformidade de cobertura/duplicados, resumos on-/off-target (para alvo/amplicon).
- Se aplicável: utilização de poros ao longo do tempo e notas de execução para apoiar os registos do estudo.
Saídas de Análise Opcionais (Escolher por Serviço)
| Aplicação | Entregáveis |
|---|---|
| Genomas (WGS Padrão / Ultra-Longo) |
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| Epigenética (Metilação do DNA) |
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| Transcrição (Transcrição Completa / lncRNA / RNA Direto / TAIL Iso-Seq) |
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| Amplicon / Alvo (Cas9 ou Amostragem Adaptativa) |
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| Genoma 3D (Pore-C) |
|
Protocolo de Sequenciação por Nanoporos
- Recepção e Controlo de QualidadeQubit quant; A260/280 ~1.8–2.0, A260/230 ≥2.0. gDNA HMW para Ultra-Long; RIN de RNA ≥8.
- Preparação de biblioteca (por aplicação)Padrão WGS; Ultra-Longo (manuseio suave de HMW); Amplicon; Direcionado (Cas9 ou amostragem adaptativa); cDNA/lncRNA de comprimento total; RNA direto; Pore-C; TAIL Iso-Seq.
- Célula de fluxo e códigos de barrasDimensionado para rendimentos/objetivos; equilibrar entradas com código de barras.
- Sequenciação e controlo1–72 h típico; monitorização ao vivo; parar/estender ou recarregar conforme necessário; ativar amostragem adaptativa onde suportada.
- Basecalling e demultiplexaçãoMinKNOW + Dorado → FASTQ; opcional FAST5/POD5 para reanálise consciente de modificações.
- QC pós-corrida: rendimento/aprovado-reprovado; comprimento de leitura N50/N90; distribuição de pontuação Q; mapeamento/cobertura e alvo/não alvo (se alinhado).
- Documentação e entrega: memorando de protocolo (kits/química/software), relatório de QC, resultados da análise delimitada; chamada de revisão opcional.
Bioinformática e Análise de Dados
O nosso serviço oferece tecnologia de sequenciação por nanoporo abrangente, bioinformática e suporte a aplicações para dados de leitura longa da Oxford Nanopore.
Bioinformática Padrão
- Basecalling e demultiplexagem: Dorado/MinKNOW para produzir FASTQ por amostra.
- Executar painéis de QC: rendimento, comprimento de leitura N50, distribuição de Q-score, equilíbrio de código de barras.
- Leitura de preparação: recorte de adaptadores/primers, filtragem.
- Alinhamento de referência (opcional): mapeamento ciente de leituras longas com resumos de cobertura; BAM/CRAM se solicitado.
- Retenção de sinal (opcional): POD5/FAST5 preservado para reanálise consciente de modificações.
Análise Avançada
- Montagem de Genoma De Novo — primeiro com leituras longas ou híbrido; montagens polidas com estatísticas de contiguidade.
- Variação Estrutural (SV) e Chamadas de CNV — grandes indels, inversões, translocações; resumos de número de cópias.
- Análise e Quantificação de Transcritos de Comprimento Total (Isoforma) — descoberta de isoformas, tabelas de expressão, deteção de fusões.
- Análise de Modificação de DNA/RNA (Epigenética) — grau de investigação 5mC/6mA; resumos de sinais de modificação de RNA para RNA Direto.
- Classificação Metagenómica — perfilagem taxonómica; suporte à montagem onde aplicável.
- (Add-ons) Chamadas de Consenso e Variantes Alvo/Amplicon, Mapas de Contato Genómico 3D Pore-C.
Aplicações de Sequenciação por Nanoporos
Onde o sequenciamento Oxford Nanopore acrescenta mais valor na investigação:
Montagem e finalização de genomas de novo
Repetições de span e regiões complexas; resolver telómeros/centromeros.
Serviços recomendados: Sequenciação Ultra-Longa, Sequenciação de Leitura Longa Padrão WGS.
Variação estrutural (SV) e rearranjos complexos
Detetar grandes inserções/deleções, inversões, translocações, expansões de repetições.
Serviços recomendados: Ultra-Longo/Padrão WGS, Direcionado (Cas9/Adaptativo).
Faseamento de haplótipos e análise específica de alelos
Moléculas longas preservam a ligação entre variantes distantes.
Serviços recomendados: WGS Padrão/Ultra-Longo.
Transcriptómica de comprimento total (isoformas e fusões)
Identificar isoformas novas, quantificar utilização, confirmar fusões; mapear TSS/TES.
Serviços recomendados: Sequenciação de Transcritos de Comprimento Total, Sequenciação de lncRNA, TAIL Iso-Seq.
Estudos de RNA direto e modificação de RNA
Sequenciar RNA nativo sem RT; investigar sinais associados a modificações.
Serviço recomendado: Sequenciação de RNA Direta.
Metilação de DNA / epigenética (5mC/6mA)
Chamadas de modificações a partir do sinal para construir mapas de metiloma e DMRs.
Serviços recomendados: WGS Padrão/Ultra-Longo, Direcionado (Cas9/Adaptativo).
Descoberta e validação de alvos
Enriqueça loci de interesse rapidamente sem o custo de um genoma completo.
Serviços recomendados: Sequenciação de Nanoporos Direcionada (Cas9 ou Amostragem Adaptativa), Sequenciação de Amplicões.
Arquitetura do genoma em 3D
Gere mapas de contacto de longo alcance para estudos de andaimes e cromatina.
Serviço recomendado: Poro-C.
Metagenómica e vigilância de patógenos
Melhorar a resolução de montagem/esforço; beneficiar de decisões em tempo real.
Serviços recomendados: WGS padrão, direcionado, amplicon (por design).
Para coortes de variantes pequenas de alta profundidade, a leitura curta pode ser eficiente em termos de custo; designs híbridos (leitura curta + Nanopore) capturam tanto a profundidade como o contexto de longo alcance.
Nanopore vs PacBio HiFi vs Illumina — Comparação de Plataformas
Escolher a plataforma certa para o seu projeto? Aqui está como a Nanopore se compara à PacBio HiFi e à Illumina nas dimensões que importam para os resultados da pesquisa.
| Dimensão | Nanopore (ONT) | PacBio HiFi | Illumina |
| Princípio | Corrente iónica através de um nanoporo proteico; chamada de base por rede neural | Deteção óptica em ZMWs; consenso circular (CCS) | Sequenciação por síntese; imagem de clusters |
| Comprimento de leitura (típico) | Rotina de 10–100 kb; ultra-longo até 2 Mb+ | ~15–20 kb leituras HiFi; subleituras até ~100 kb | Até 2×300 pb |
| Precisão de pré-leitura (bruta) | Q10–Q20 bruto; a melhorar com R10.4.1 + Dorado; alta precisão com profundidade de consenso | QV ≥30 (≥99,9%) via consenso CCS | ≥99,9% bruto |
| Tempos de dados | Transmissão em tempo real; parar ou estender uma corrida ao vivo | Lote (análise após a conclusão da execução) | Lote |
| Biologia nativa | Sequenciação direta de RNA; 5mC/6mA a partir de sinal bruto; modificações de RNA sem RT ou amplificação. | 5mC da cinética da polimerase; não é necessário bisulfito. | Deteção de modificação não nativa (fluxos de trabalho padrão) |
| Onde brilha | Ultra-longo alcance (telómeros, SVs massivos, fecho de lacunas); trabalho em tempo real/campo; RNA direto | Maior precisão em leituras longas; montagens e metilação a partir de um único conjunto de dados. | Cohortes de SNV/indel profundas; estudos grandes e custo-eficientes |
| Compromissos | Precisão bruta inferior à HiFi ou Illumina; bioinformática sensível ao sinal necessária. | Tempos de execução mais longos; sem controlo em tempo real ou streaming | Sem contexto de longo alcance; não é possível detectar modificações nativas. |
Guia de decisão rápida:
- Necessita de leituras superiores a 100 kb ou sequenciação de campo → Nanopore.
- Necessita da mais alta precisão em leituras longas para montagens e chamada de variantes → PacBio HiFi.
- Precisa de sequenciação de RNA direta ou dados em tempo real → Nanopore é a única opção.
- Cohortes grandes de SNV/indel com orçamento limitado → Illumina para profundidade; adicionar leituras longas de Nanopore para SVs e faseamento.
- Designs híbridos: Nanopore ultra-longo + PacBio HiFi para montagens completas T2T; leituras longas Nanopore + leituras curtas Illumina para deteção de SV com validação profunda de SNV.
O desempenho real varia com a qualidade da amostra, preparação da biblioteca, profundidade de sequenciação e pipeline de análise.
Qualidade e Design do Estudo
- Replicados e ControloRecomendar ≥2 réplicas biológicas por condição; incluir negativos para amplicão/dirigido; spike-ins opcionais para metilação.
- Planeamento de Cobertura: Dimensionar a profundidade de leitura longa em relação à complexidade do genoma/objetivos de SV; planear a profundidade em alvo para direcionado/amplicon; dimensionar leituras/amostra para isoformas ou RNA Direto.
- Critérios de AceitaçãoMetas pré-acordadas para rendimento por código de barras, fração dentro do alvo, taxa de mapeamento e perfil de comprimento de leitura (por exemplo, metas N50 para Ultra-Long).
- Decisões em Tempo de ExecuçãoUtilize painéis em tempo real para parar/extender/recarregar de forma eficiente; documente quaisquer variações no memorando do projeto.
A Vantagem da CD Genomics
Escopo orientado a aplicações
Mapeie a sua questão biológica ao serviço certo da Oxford Nanopore (Ultra-Long, Direct RNA, Full-Length Transcript/lncRNA, Targeted/Cas9 ou adaptativo, Amplicon, Pore-C, TAIL Iso-Seq).
Modelagem de design e viabilidade
Modelagem de cobertura, equilíbrio de código de barras e verificações de viabilidade de alvo/primer antes de se comprometer.
Análise reproduzível
Pipelines encapsulados/bloqueados por versão; embalagem de resultados limpa com relatório de análise e dicionário de dados.
Eficiência de corrida em tempo real
Painéis ao vivo para parar/estender/recarregar quando os objetivos são alcançados; amostragem adaptativa quando apropriado.
Integridade e segurança dos dados
Pastas estruturadas, verificação de checksum e transferência segura com uma política de retenção definida.
Apoio de qualidade para publicação
Orientação opcional sobre resultados, preparação de figuras/tabelas e assistência na redação/revisão de manuscritos.
Neutralidade entre plataformas
Orientação objetiva sobre quando estratégias híbridas (short-read + ONT, ou HiFi + ONT) acrescentam valor.
Requisitos de Amostra
| Serviço | Quantidade e Integridade | Pureza | Armazenamento / Envio | Notas Principais |
| WGS (Padrão) | ≥1–3 μg gDNA, ≥30 kb | A260/280 1,8–2,0; A260/230 ≥2,0 | −20°C em gelo | Fornecer método de extração; sem vortexação. |
| WGS Ultra-Long | ≥3–5 μg de gDNA HMW, ≥50 kb preferido | A260/280 1.8–2.0; A260/230 ≥2.0 | −20°C | Manuseio suave é crítico; apenas pontas de grande diâmetro. |
| Sequenciação de RNA Direta | ≥500 ng–1 μg de RNA poli(A)+; RIN ≥7 | A260/280 ~2,0; A260/230 ≥2,0 | gelo seco a -80°C | Não aqueça nem desnature antes do envio. |
| Transcrição Completa | ≥500 ng–1 μg de RNA total; RIN ≥8 | A260/280 ~2.0; A260/230 ≥2.0 | gelo seco a -80°C | Poly(A)+ ou rRNA-depletado por design |
| LncRNA de Comprimento Total | ≥500 ng–1 μg de RNA total; RIN ≥7 | O mesmo que acima | gelo seco a -80°C | depleção de rRNA ou seleção de poli(A) |
| Sequenciação de Amplicons | ≥50–200 ng amplicões agrupados | PCR limpo; sem dímeros de primers | pacote frio a 4°C | Fornecer tabela de primers e gene alvo. |
| Dirigido (Cas9/Adaptativo) | ≥1–3 μg gDNA | A260/280 1,8–2,0 | −20°C | Forneça um ficheiro BED da região-alvo ou uma lista de genes. |
| Pore-C | ≥1–2 μg gDNA HMW, ≥50 kb | A260/280 1,8–2,0 | −20°C | Manuseio suave; sem vortexação |
| TAIL Iso-Seq | ≥500 ng–1 μg de RNA total; RIN ≥7 | A260/280 ~2,0 | gelo seco a -80°C | Seleção de Poly(A)+ necessária |
| Sequenciação de tRNA Nano | ≥500 ng de RNA total; RIN ≥7 | A260/280 ~2,0; A260/230 ≥2,0 | gelo seco a -80°C | Fornecer método de enriquecimento de tRNA se auto-enriquecido. |
| Long Reads Amplicon | ≥100 ng amplicons agrupados; ≥500 bp alvo | PCR limpo; sem dimers de primers | pacote frio a 4°C | Fornecer tabela de primers + coordenadas alvo |
Notas gerais
- Evite inibidores (fenol, heparina, EDTA, polissacarídeos) e ciclos repetidos de congelamento e descongelamento; não seque excessivamente as esferas.
- Utilize pontas de grande diâmetro e não faça vortex para DNA de alto peso molecular.
- Incluir um breve método de extração e quaisquer contaminantes conhecidos.
- Matrizes de baixo input/FFPE ou incomuns podem ser viáveis—contacte-nos para um protocolo personalizado.
Fluxo de Trabalho do Projeto
Estudo de Caso do Cliente (Pesquisa Publicada)
Título: metilação mediada por FIONA1 do 3'UTR de FLC afeta FLC níveis de transcrição e floração em Arabidopsis (Caso de uso da Oxford Nanopore)
- Autores: Bin Sun, Kaushal Kumar Bhati, Peizhe Song, et al.
- Data de publicação: 27 de setembro de 2022
- Revista: PLOS Genetics
Questão de pesquisa (Atenção):
Qual enzima instala m^6A no 3′UTR do mRNA do FLOWERING LOCUS C (FLC) e como essa modificação afeta a estabilidade do transcrito FLC e a floração?
Abordagem:
Um design multi-óptico integrou a sequenciação de RNA Direct Oxford Nanopore, mRNA-seq e meRIP-seq para perfilar a expressão diferencial e a metilação diferencial de RNA em plantas do tipo selvagem vs mutantes FIONA1 (FIO1). O RNA Direct capturou características de sinal nativo, enquanto o meRIP-seq mapeou regiões enriquecidas em m^6A; as evidências combinadas apontaram o local da modificação na 3′UTR do FLC.
Principais conclusões:
- FIO1 é a metiltransferase responsável pela m^6A no 3′UTR do mRNA FLC.
- A perda desta metilação na extremidade 3′ em mutantes fio1 desestabiliza o mRNA do FLC (níveis reduzidos de FLC) e contribui para um fenótipo de floração precoce.
- Os autores divulgaram dados de RNA direto de Nanopore (GEO: GSE212766) e conjuntos de dados correspondentes de mRNA/meRIP, apoiando a reprodutibilidade.
Análise de sequenciação de RNA direta.
O que isto demonstra:
Este estudo revisto por pares demonstra como a sequenciação de RNA direta por nanopore—em conjunto com a análise de modificações de RNA (m^6A)—responde a questões biológicas que dependem de RNA nativo e regulação pós-transcricional. É um forte exemplo de "tecnologia de sequenciação por nanopore, bioinformática e aplicações" para epitranscriptómica e mecanismos de regulação genética.
Como a CD Genomics abordaria um projeto semelhante.:
- ServiçoSequenciação de RNA Direto por Nanopore (+ meRIP-seq opcional através de fluxo de trabalho parceiro)
- Análiseperfilamento de isoformas, resumos de sinais associados a modificações, expressão diferencial, integração com picos de m^6A baseados em imunoprecipitação
- EntregáveisFASTQ (RNA Direto), POD5/FAST5 opcional, relatório de QC, resumos de modificações, figuras/tabelas adequadas para publicação.
Perguntas Frequentes — Sequenciação Nanopore
FIONA1-mediated methylation of the 3’UTR of FLC affects FLC transcript levels and flowering in Arabidopsis
PLoS Genetics | 2022Complete Genome Sequence of the Lignocellulose-Degrading Actinomycete Streptomyces albus CAS922
Microbiology Resource Announcements | 2020The m6A writer FIONA1 methylates the 3’UTR of FLC and controls flowering in Arabidopsis
bioRxiv | 2022
