Validação de Alvos Indesejados do CRISPR

Introdução à Validação de Alvos Indesejados do CRISPR

O sistema CRISPR/Cas9 revolucionou a engenharia genética, fornecendo aos investigadores uma ferramenta sem igual para a edição precisa do genoma. No entanto, a propensão do sistema para efeitos fora do alvo—edições não intencionais em regiões genómicas não-alvo—constitui uma preocupação acentuada. Essas mutações fora do alvo podem induzir alterações fenotípicas inesperadas, complicando assim a interpretação dos resultados experimentais e potencialmente colocando em risco aplicações terapêuticas. Abordar esses desafios requer a implementação de protocolos rigorosos de validação de efeitos fora do alvo.

Para esse fim, a CD Genomics oferece serviços sofisticados de validação de alvos fora do CRISPR, empregando tecnologias de sequenciação de nova geração (NGS) para avaliar e validar meticulosamente a especificidade das edições CRISPR/Cas9. Para a deteção de potencialmente centenas de efeitos fora do alvo, a CD Genomics utiliza PCR multiplex ou painéis de design de sondas que visam estes locais específicos, aproveitando o NGS para verificar a presença e a frequência das edições nesses loci.

Como Detectar Efeitos Off-Target

A tecnologia CRISPR envolve a formação de um complexo entre o RNA guia único (sgRNA) e as proteínas Cas. O sgRNA identifica e emparelha-se com a sequência-alvo complementar numa cadeia de DNA, enquanto a proteína Cas reconhece a sequência do motivo adjacente ao protospacer (PAM). Quando ambas as sequências PAM e alvo coincidem, a proteína Cas corta o DNA alvo, resultando em quebras de dupla hélice. O mecanismo de reparação de junção de extremidades não homólogas da célula tenta então corrigir a quebra, levando frequentemente a erros que facilitam a edição genética.

No entanto, um desafio significativo da tecnologia CRISPR são os efeitos fora do alvo, onde o sgRNA pode ligar-se erroneamente a sequências não-alvo, levando a edições não intencionais em outras regiões genómicas. Isso levanta preocupações sobre a verificação das funções dos genes e a segurança das aplicações de edição genética. Portanto, a deteção de efeitos fora do alvo é crucial, com métodos de sequenciação de primeira e de próxima geração disponíveis para este propósito.

Para uma visão detalhada dos métodos de deteção de alvos fora do CRISPR, pode consultar os artigos.

• Sequenciação de Próxima Geração: Validando a Sua Edição CRISPR/Cas9
• Resumo dos Métodos de Detecção de Efeitos Indesejados do CRISPR-Cas9

Vantagens do Serviço de Validação de Alvos Indesejados do CRISPR

• Análise MultiplexAnalise centenas de sites-alvo simultaneamente dentro de um único experimento, melhorando a eficiência e proporcionando insights mais profundos sobre os efeitos da edição CRISPR.
• Design PersonalizávelAproveite a nossa ferramenta de design avançada para criar primers personalizados que garantam uma amplificação precisa tanto de sequências-alvo como de sequências não-alvo, atendendo às suas necessidades de investigação específicas com precisão.
• Alta Sensibilidade e EspecificidadeA CD Genomics utiliza Plataformas baseadas em NGS para alcançar uma cobertura de sequenciamento profundo, permitindo a deteção de mutações fora do alvo de baixa frequência que, de outra forma, poderiam passar despercebidas. Esta alta sensibilidade é essencial para garantir que a edição genética seja precisa e eficaz.
• Relatório AbrangenteO processo de validação inclui relatórios detalhados que fornecem informações sobre efeitos fora do alvo, permitindo que os investigadores tomem decisões informadas sobre os seus designs e aplicações de CRISPR. Os especialistas da CD Genomics oferecem consultas para interpretar resultados e sugerir modificações para melhorar a especificidade.
• Fluxo de Trabalho SimplificadoO processo de validação de ponta a ponta simplifica a análise de edições CRISPR. Ao oferecer um serviço completo desde a preparação da amostra até o relatório final, a CD Genomics aumenta a eficiência, permitindo que os investigadores se concentrem nos seus objetivos principais sem serem sobrecarregados por procedimentos de validação complexos.

Aplicações da Validação de Alvos Indesejados do CRISPR

• Terapia GénicaAs edições CRISPR devem ser precisas em contextos terapêuticos para garantir a segurança do paciente, prevenindo mutações fora do alvo. Protocolos rigorosos de validação fora do alvo são essenciais para confirmar que as modificações genómicas estão confinadas a locais pretendidos, minimizando potenciais efeitos adversos.
• Biotecnologia AgrícolaA tecnologia CRISPR está a transformar a biotecnologia agrícola, permitindo a criação de culturas geneticamente modificadas. A validação de alvos fora do esperado é crítica para garantir que as características desejadas sejam integradas no genoma da cultura sem afetar negativamente a saúde ou o desenvolvimento da planta, assegurando assim a segurança e a sustentabilidade dos produtos agrícolas.
• Pesquisa BásicaNa investigação fundamental, a edição genética precisa é necessária para compreender a função dos genes. A validação fiável de efeitos fora do alvo permite que os investigadores interpretem os resultados com precisão, garantindo que os fenótipos observados se devem apenas às modificações pretendidas, o que é vital para avançar no conhecimento das vias e mecanismos genéticos.

Fluxo de Trabalho de Validação de Off-Target CRISPR

O fluxo de validação de off-target do CRISPR na CD Genomics envolve a submissão de amostras, a construção de bibliotecas de regiões-alvo, a realização de sequenciação de alto rendimento, a execução de análises bioinformáticas para alinhamento de referência e anotação visual, e a avaliação da atividade do alvo. etc..

Especificações do Serviço

	Requisitos de Amostra Linhas celulares após edição genética (congeladas ou em placas de cultura) Nota: Os montantes de amostra são apresentados apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.
Clique	Estratégia de Sequenciamento plataforma Illumina baseada em NGS
	Análise Bioinformática Fornecemos múltiplas análises de bioinformática personalizadas: Avaliação de dados brutos Corte e filtragem Alinhamento de leitura Identificação de potenciais locais fora do alvo Quantificação de mutações Anotação de variantes ...e mais Nota: Os dados recomendados e os conteúdos de análise apresentados são apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.

Pipeline de Análise

Entregáveis

• Dados brutos
• Resultados experimentais
• Relatório de análise de dados

Referências

1. Park S H, Lee C M, Bao G. Identificação e Validação da Atividade Off-Target do CRISPR/Cas9 em Células-Tronco Hematopoiéticas e Células Progenitoras//Ensaios com Células-Tronco: Métodos e Protocolos. Nova Iorque, NY: Springer EUA, 2022: 281-306.
2. Kang S H, Lee W, An J H, et al. Validação de off-targets altamente sensíveis baseada em previsão utilizando enriquecimento de DNA específico do alvo. Comunicações da Natureza, 2020, 11(1): 3596.

Os resultados parciais estão mostrados abaixo:

1. Como posso minimizar os efeitos fora do alvo ao desenhar os meus experimentos de CRISPR?

Para reduzir os efeitos fora do alvo, assegure-se de que o seu gRNA tem um conteúdo de GC ótimo (40%-60%) e tem aproximadamente 17 nucleotídeos de comprimento. Utilize ferramentas computacionais para prever locais fora do alvo e escolha gRNAs com menos correspondências potenciais no genoma.

2. Como é que a CD Genomics garante a precisão dos seus serviços de validação de off-target?

A CD Genomics utiliza tecnologia de ponta tecnologias de NGS acompanhado de análises bioinformáticas rigorosas para garantir alta sensibilidade e especificidade na deteção de mutações fora do alvo. Relatórios abrangentes e consulta especializada aumentam ainda mais a fiabilidade dos nossos serviços de validação.

3. A validação fora do alvo é necessária para todos os experimentos de CRISPR?

Embora a validação fora do alvo seja especialmente crítica para aplicações terapêuticas e projetos com altos riscos, também é aconselhável em ambientes de pesquisa onde a precisão é fundamental. Esta validação ajuda a garantir que os resultados sejam atribuíveis às modificações pretendidas.

Validação de off-targets altamente sensíveis da CRISPR baseada em previsões utilizando enriquecimento de DNA específico do alvo

Revista: Nature Communications
Fator de impacto: 16,6
Publicado: 17 de julho de 2020

Fundo

O sistema CRISPR–Cas permite a edição precisa de genes, mas pode causar mutações fora do alvo, especialmente em genomas grandes. Embora os métodos de NGS sejam utilizados para detectar essas mutações, muitas vezes carecem de sensibilidade. Um novo método que utiliza endonucleases CRISPR e PCR melhora a deteção de mutações fora do alvo de baixa abundância, aumentando a precisão para terapias genéticas seguras.

Materiais e Métodos

Resultados

Para avaliar mutações fora do alvo com CRISPR–Cas9, foi utilizada a amplificação CRISPR para detetar mutações fora do alvo previstas em células HEK293FT. Este método, aprimorado pela Cas12a para amplificação seletiva, revelou aumentos significativos em indels e permitiu a deteção de mutações de baixa frequência que o NGS convencional não conseguiu identificar. A amplificação CRISPR também distinguiu efeitos verdadeiros fora do alvo de falsos positivos, provando ser eficaz para triagens sensíveis.

Fig. 1: Detecção de mutações fora do alvo induzidas pelo CRISPR–Cas9.

A amplificação CRISPR detetou eficazmente substituições de base única A>G induzidas por editores de base de adenina (ABE) em células HEK293FT, revelando mutações que o NGS convencional não detetou e mostrando alta sensibilidade na identificação de alterações específicas fora do alvo.

Fig. 2: Detecção de mutações fora do alvo de uma única base induzidas por ABE.

Conclusão

Os autores desenvolveram um método de amplificação CRISPR para melhorar a deteção de mutações fora do alvo, enriquecendo o DNA mutante e eliminando o DNA tipo selvagem. Esta abordagem aumenta a sensibilidade, revelando mutações de baixa abundância que são perdidas por NGS convencional. É eficaz para vários efetores CRISPR, incluindo Cas9, Cas12a e editores de bases de adenina (ABE), e fornece uma análise precisa para terapia génica e engenharia genómica de precisão.

Referência

1. Kang S H, Lee W, An J H, et al. Validação de off-targets altamente sensíveis do CRISPR baseada em previsão utilizando enriquecimento de DNA específico do alvo. Comunicação da Naturezas, 2020, 11(1): 3596.