Serviço de Microarray CGH

A CD Genomics oferece serviços de microarrays CGH para várias espécies, incluindo humano, rato, camundongo e galinha, com microarrays CGH personalizados disponíveis para espécies adicionais.

O seu CGH de microarray permite uma triagem abrangente do genoma com alta resolução, facilitando a deteção de desequilíbrios de número de cópias anteriormente indetectáveis, como deleções e duplicações. Ao aproveitar procedimentos validados e protocolos otimizados, juntamente com digitalização de microarray de alta resolução e software analítico sofisticado, a CD Genomics garante uma qualidade de dados superior e tempos de resposta rápidos.

Introdução ao Microarray CGH

A hibridização genómica comparativa (CGH) em microarray é uma ferramenta citogenética molecular de ponta, concebida para mapear e quantificar variações no número de cópias de DNA em todo o genoma. Esta técnica avançada é crucial para detectar anomalias cromossómicas ligadas a uma ampla gama de distúrbios genéticos e malignidades.

Princípios da Microarray CGH

A microarray CGH opera com base no princípio da hibridização genómica comparativa. Isto envolve a rotulagem de amostras de DNA de duas fontes—uma de um espécime de teste, como o DNA tumoral, e outra de uma amostra de referência, tipicamente tecido normal—com corantes fluorescentes distintos. Estas amostras de DNA rotuladas são então hibridizadas num chip de microarray que está pontilhado com uma grelha de sondas de DNA que representam várias regiões genómicas.

O processo começa com a rotulagem do DNA extraído tanto das amostras de teste como das de referência. Os DNAs rotulados são combinados e aplicados ao microarray, onde cada sonda interage com a sua sequência de DNA correspondente na amostra. O microarray é então escaneado para medir a intensidade dos sinais fluorescentes. Ao comparar a fluorescência da amostra de teste com a da referência, os investigadores podem determinar ganhos ou perdas em regiões cromossómicas específicas.

A microarray CGH oferece uma visão de alta resolução das alterações cromossómicas, superando significativamente a cariotipagem tradicional em termos de sensibilidade e resolução. Embora a cariotipagem seja eficaz na deteção de aberrações cromossómicas em grande escala, a microarray CGH pode identificar alterações submicroscópicas, como microdeleções e microduplicaçõe. Esta precisão é essencial para diagnosticar condições genéticas complexas e cancros que podem escapar aos métodos de diagnóstico tradicionais.

Para que serve o teste de microarray CGH?

A microarray CGH é utilizada principalmente para detectar desequilíbrios genómicos, incluindo:

• Variações no Número de Cópias (VNCs)Estes são deletações ou duplicações de segmentos de ADN que podem contribuir para distúrbios genéticos. As CNVs podem ser classificadas em microdeletações e microduplicações, com tamanhos que variam de alguns quilobases a vários megabases.
• Rearranjos CromossómicosEsta técnica pode identificar variações estruturais ao longo do genoma, abrangendo deleções, duplicações e rearranjos complexos.
• Desequilíbrios GenómicosA microarray CGH é proficiente na deteção de desequilíbrios associados a várias condições, incluindo cancro, síndromes genéticas e anomalias congénitas.

No entanto, é importante notar que, apesar das suas capacidades abrangentes, o microarray CGH não consegue detetar rearranjos cromossómicos equilibrados, como translocações ou inversões, que não alteram o número total de cópias de DNA, mas que podem ainda assim impactar a função genética.

Vantagens do Serviço de Microarray CGH

• Alta Resolução e SensibilidadeDeteta desequilíbrios cromossómicos tão pequenos como 10 quilobases, ultrapassando a resolução da cariotipagem tradicional.
• Cobertura Genómica AbrangenteAnalisa todo o genoma para identificar desequilíbrios previamente não detectados e novas CNVs.
• Tempo de resposta mais rápido: Fornece resultados mais rápidos ao analisar milhares de regiões genómicas simultaneamente.
• Deteção Melhorada de Aberrações SubmicroscópicasIdentifica pequenas alterações cromossómicas frequentemente perdidas por outros métodos.
• Necessidade Reduzida de Pré-processamento de AmostrasMinimiza os riscos de contaminação com uma preparação de amostra menos extensa.

Fluxo de Trabalho de Microarranjos CGH

O fluxo de trabalho do microarray CGH abrange várias etapas críticas. Inicialmente, o DNA genómico de alta qualidade é extraído de amostras biológicas e rotulado com corantes fluorescentes, tipicamente Cy3 para a amostra experimental e Cy5 para a amostra de referência. Este DNA rotulado é, subsequentemente, hibridizado em um chip de microarray CGH de alta densidade, que compreende uma grade de sondas de DNA.

Após o processo de hibridação, as matrizes são lavadas para remover o ADN ligado de forma não específica. O próximo passo envolve a digitalização das matrizes com um scanner de alta resolução para detectar sinais fluorescentes. Software especializado é então utilizado para analisar esses sinais, determinando o número relativo de cópias de regiões genómicas. Ao comparar a amostra experimental com a amostra de referência, são identificadas áreas de ganho ou perda genómica.

Especificações do Serviço

	Requisitos de Amostra DNA genómico: Volume 3-5μg, concentração ≥50 ng/µL Sangue: 2~3ml As amostras de DNA requerem um OD260/280 o mais próximo possível de 1,8~2,0. Todo o DNA deve ser tratado com RNase e não deve apresentar degradação ou contaminação. Nota: Os montantes de amostra são listados apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.
Clique	Estratégia de Sequenciação Vários Chips: 1×1M, 2 x 105K, 8x60K, e Serviços Personalizados
	Análise Bioinformática Fornecemos múltiplas análises de bioinformática personalizadas: Normalização Correção de fundo Segmentação de dados Identificação de CNVs Nota: Os dados recomendados e os conteúdos de análise apresentados são apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.

Recomendações e Serviço Personalizado

Tabela 1 Microarrays CGH da Agilent

Pipeline de Análise

Entregáveis

• Dados brutos
• Análise de segmentação baseada no pacote de cópias de DNA
• Arquivo GFF de Segmentação
• Arquivo GFF de anotação do genoma

CD Genomics também pode ajudar a criar o seu próprio microarray CGH personalizado. Estamos prontos para ajudá-lo com as suas necessidades de microarrays personalizados, seja um design padrão ou algo mais criativo. Os serviços de microarray CGH oferecidos pela CD Genomics proporcionam uma abordagem de ponta à análise genómica, combinando alta resolução, cobertura abrangente e tempos de resposta rápidos para atender às necessidades de aplicações de investigação.

Para mais detalhes, sinta-se à vontade para nos contactar com quaisquer perguntas, preenchendo um pedido de cotação.

Os resultados parciais estão mostrados abaixo:

Diagrama de Resultados de Detecção de CNV

1. Qual é a diferença entre microarray CGH e microarray de SNP?

A microarray CGH foca na deteção de CNVs e desequilíbrios genómicos ao comparar sinais fluorescentes das amostras experimentais e de referência. Em contraste, a microarray SNP deteta polimorfismos de nucleótido único e pode identificar tanto CNVs como desequilíbrios específicos de alelos.

2. O microarray CGH pode detectar rearranjos cromossómicos equilibrados?

Não, o microarray CGH não consegue detetar rearranjos cromossómicos equilibrados, como translocações ou inversões. Para identificar este tipo de alterações cromossómicas, são necessárias técnicas adicionais, como a cariotipagem espectral ou a hibridização in situ por fluorescência (FISH).

3. Quão fiável é a microarray CGH para uso clínico?

A microarray CGH é altamente fiável para detectar desequilíbrios genómicos e é amplamente utilizada em contextos clínicos. A sua alta resolução e cobertura abrangente tornam-na uma ferramenta valiosa para o diagnóstico de distúrbios genéticos.

4. Quais são as limitações do microarray CGH?

As principais limitações da microarray CGH incluem a sua incapacidade de detectar rearranjos cromossómicos equilibrados e o potencial para identificar CNVs de significado clínico incerto. A interpretação de alguns CNVs pode exigir validação adicional.

A Utilização de Arrays de CGH para Identificar Variações no Número de Cópias em Crianças com Transtorno do Espectro Autista

Revista: Ciências do Cérebro

Fator de impacto: 3,333

Publicado: 22 de maio de 2024

Fundo

O Transtorno do Espectro Autista (TEA) é um transtorno neurodesenvolvimental comum que afeta a interação social, a comunicação e o comportamento, com uma prevalência mais elevada em homens. Geralmente é diagnosticado entre os 2 e os 4 anos de idade. O TEA frequentemente coexiste com condições como deficiências intelectuais e epilepsia. Fatores genéticos, incluindo síndromes como o X Frágil, desempenham um papel significativo, com variações no número de cópias (CNC) a contribuir para cerca de 10% dos casos. O microarray CGH é uma ferramenta eficaz para detectar essas variações genéticas, oferecendo maior resolução e precisão do que a cariotipagem tradicional.

Materiais e Métodos

Resultados

As variantes foram categorizadas com base nas diretrizes da ACMG em patogénicas, provavelmente patogénicas, VUS, provavelmente benignas e benignas. Em 14 dos 180 pacientes (7,8%), foram encontradas nove variantes patogénicas e seis provavelmente patogénicas. Também foram identificados 20 VUS e cinco variantes provavelmente benignas. As variantes patogénicas foram mais comuns em homens e incluíram deleções e duplicações que variavam de 284 bp a 4,04 Mb. Em pacientes com ASD isolado, foram identificadas duas variantes patogénicas e uma provavelmente patogénica, enquanto aqueles com características adicionais apresentaram mais variantes patogénicas. Os diagnósticos parentais revelaram que muitas variantes eram de novo, embora algumas fossem herdadas. O estudo utilizou um microarray especializado que detectou mais desequilíbrios do que os arrays padrão. As variantes identificadas incluem várias associadas a síndromes conhecidas e ASD, enquanto alguns VUS requerem investigação adicional.

Figura 1. O número de variantes identificadas em cada categoria de patogenicidade em pacientes com ASD isolado (a) e ASD com características clínicas adicionais (b).

Tabela 1. Uma lista detalhada de variantes patogénicas e provavelmente patogénicas, incluindo o resultado de aCGH, tamanho da CNV, herança (se conhecida), sexo e fenótipo clínico.

Conclusão

Os microarrays padrão podem não ter resolução suficiente para uma avaliação precisa do ASD, por isso a pesquisa futura deve utilizar ferramentas de alta resolução e combinar sequenciação de exoma completo com análise de CNV. A reportação de VUSs continua a ser crucial à medida que a sua importância é esclarecida, ajudando a compreender as correlações genótipo-fenótipo no ASD.

Referência:

1. Kucińska A, Hawuła W, Rutkowska L, et al. A Utilização de Arrays CGH para Identificar Variações no Número de Cópias em Crianças com Transtorno do Espectro Autista. Ciências do Cérebro. 2024 Mar 13;14(3):273.