Serviço de Microarray CGH

A CD Genomics oferece serviços de microarray CGH para várias espécies, incluindo humano, rato, camundongo e galinha, com microarrays CGH personalizados disponíveis para espécies adicionais.

O seu CGH de microarray permite uma triagem abrangente do genoma com alta resolução, facilitando a deteção de desequilíbrios de número de cópias anteriormente indetectáveis, como deleções e duplicações. Ao aproveitar procedimentos validados e protocolos otimizados, juntamente com a digitalização de microarrays de alta resolução e software analítico sofisticado, a CD Genomics garante uma qualidade de dados superior e tempos de resposta rápidos.

Introdução ao Microarray CGH

A hibridação genómica comparativa (CGH) em microarray é uma ferramenta citogenética molecular de ponta concebida para mapear e quantificar variações no número de cópias de DNA em todo o genoma. Esta técnica avançada é crucial para a deteção de anomalias cromossómicas associadas a um amplo espectro de distúrbios genéticos e malignidades.

Princípios da Microarray de CGH

A microarray CGH opera com base no princípio da hibridização genómica comparativa. Isto envolve a marcação de amostras de DNA de duas fontes—uma de um espécime de teste, como DNA tumoral, e outra de uma amostra de referência, tipicamente tecido normal—com corantes fluorescentes distintos. Estas amostras de DNA marcadas são então hibridizadas num chip de microarray que está pontilhado com uma grelha de sondas de DNA que representam várias regiões genómicas.

O processo começa com a rotulagem do DNA extraído tanto das amostras de teste como das amostras de referência. Os DNAs rotulados são combinados e aplicados ao microarray, onde cada sonda interage com a sua sequência de DNA correspondente na amostra. O microarray é então escaneado para medir a intensidade dos sinais fluorescentes. Ao comparar a fluorescência da amostra de teste com a da referência, os investigadores podem determinar ganhos ou perdas em regiões cromossómicas específicas.

A microarray CGH oferece uma visão de alta resolução das alterações cromossómicas, superando significativamente a cariotipagem tradicional em termos de sensibilidade e resolução. Enquanto a cariotipagem é eficaz na deteção de aberrações cromossómicas em grande escala, a microarray CGH pode identificar alterações submicroscópicas, como microdeleções e microduplicaçõe. Esta precisão é essencial para diagnosticar condições genéticas complexas e cancros que podem escapar aos métodos diagnósticos tradicionais.

Para que serve o teste de microarray CGH?

A microarray CGH é utilizada principalmente para detectar desequilíbrios genómicos, incluindo:

• Variações no Número de Cópias (VNCs)Estes são deletações ou duplicações de segmentos de DNA que podem contribuir para distúrbios genéticos. As CNVs podem ser classificadas em microdeletações e microduplicaçõe, com tamanhos que variam de alguns quilobases a várias megabases.
• Rearranjos CromossómicosEsta técnica pode identificar variações estruturais em todo o genoma, abrangendo deleções, duplicações e rearranjos complexos.
• Desiquilíbrios GenómicosA microarray CGH é proficiente na deteção de desequilíbrios associados a várias condições, incluindo cancros, síndromes genéticas e anomalias congénitas.

No entanto, é importante notar que, apesar das suas capacidades abrangentes, a microarray CGH não consegue detectar rearranjos cromossómicos equilibrados, como translocações ou inversões, que não alteram o número total de cópias de DNA, mas que podem ainda assim impactar a função dos genes.

Vantagens do Serviço de Microarray CGH

• Alta Resolução e SensibilidadeDeteta desequilíbrios cromossómicos tão pequenos como 10 quilobases, ultrapassando a resolução da cariotipagem tradicional.
• Cobertura Genómica AbrangenteAnalisa todo o genoma para identificar desequilíbrios previamente não detetados e novas CNVs.
• Tempo de resposta mais rápido: Fornece resultados mais rápidos ao analisar milhares de regiões genómicas simultaneamente.
• Detecção Aprimorada de Aberrações SubmicroscópicasIdentifica pequenas alterações cromossómicas frequentemente perdidas por outros métodos.
• Necessidade Reduzida de Pré-processamento de AmostrasMinimiza os riscos de contaminação com uma preparação de amostra menos extensa.

Fluxo de Trabalho de Microarray CGH

O fluxo de trabalho do microarray CGH abrange várias etapas críticas. Inicialmente, o DNA genómico de alta qualidade é extraído de amostras biológicas e rotulado com corantes fluorescentes, tipicamente Cy3 para a amostra experimental e Cy5 para a amostra de referência. Este DNA rotulado é, em seguida, hibridizado em um chip de microarray CGH de alta densidade, que compreende uma grelha de sondas de DNA.

Após o processo de hibridação, as matrizes são lavadas para remover o DNA ligado de forma não específica. O próximo passo envolve a digitalização das matrizes com um scanner de alta resolução para detectar sinais fluorescentes. Um software especializado é então utilizado para analisar esses sinais, determinando o número relativo de cópias de regiões genómicas. Ao comparar a amostra experimental com a amostra de referência, são identificadas áreas de ganho ou perda genómica.

Especificações de Serviço

	Requisitos de Amostra DNA genómico: Volume 3-5μg, concentração ≥50 ng/µL Sangue: 2~3ml As amostras de ADN requerem um OD260/280 o mais próximo possível de 1,8~2,0. Todo o DNA deve ser tratado com RNase e não deve apresentar degradação ou contaminação. Nota: Os montantes de amostra são listados apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.
Clique	Estratégia de Sequenciamento Vários Chips: 1×1M, 2 x 105K, 8x60K, e Serviços Personalizados
	Análise Bioinformática Fornecemos múltiplas análises de bioinformática personalizadas: Normalização Correção de fundo Segmentação de dados Identificação de CNVs Nota: Os dados recomendados e os conteúdos de análise apresentados são apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.

Recomendações e Serviço Personalizado

Tabela 1 Microarrays CGH da Agilent

Pipeline de Análise

Entregáveis

• Dados brutos
• Análise de segmentação baseada no pacote de cópias de DNA
• Arquivo GFF de Segmentação
• Arquivo GFF de anotação do genoma

CD Genomics também pode ajudar a criar o seu próprio microarray CGH personalizado. Estamos prontos para ajudá-lo com as suas necessidades de microarray personalizado, seja um design padrão ou algo mais criativo. Os serviços de microarray CGH oferecidos pela CD Genomics proporcionam uma abordagem de ponta à análise genómica, combinando alta resolução, cobertura abrangente e tempos de resposta rápidos para satisfazer as necessidades de aplicações de investigação.

Para mais detalhes, sinta-se à vontade para nos contactar com quaisquer perguntas, preenchendo um pedido de cotação.

Resultados da Demonstração

Os resultados parciais estão mostrados abaixo:

Diagrama de Resultados da Detecção de CNV

FAQs sobre o Serviço de Microarray CGH

1. Qual é a diferença entre microarray CGH e microarray de SNP?

A microarray CGH foca na deteção de CNVs e desequilíbrios genómicos ao comparar sinais fluorescentes das amostras experimentais e de referência. Em contraste, a microarray SNP deteta polimorfismos de nucleótido único e pode identificar tanto CNVs como desequilíbrios específicos de alelos.

2. O microarray CGH pode detectar rearranjos cromossómicos equilibrados?

Não, a microarray CGH não consegue detectar rearranjos cromossómicos equilibrados, como translocações ou inversões. Para identificar este tipo de alterações cromossómicas, são necessárias técnicas adicionais, como a cariotipagem espectral ou a hibridização in situ por fluorescência (FISH).

3. Quão fiável é a microarray CGH para uso clínico?

A microarray CGH é altamente fiável para detectar desequilíbrios genómicos e é amplamente utilizada em contextos clínicos. A sua alta resolução e cobertura abrangente tornam-na uma ferramenta valiosa para o diagnóstico de distúrbios genéticos.

4. Quais são as limitações da microarray CGH?

As principais limitações da microarray de CGH incluem a sua incapacidade de detectar rearranjos cromossómicos equilibrados e o potencial para identificar CNVs de significado clínico incerto. A interpretação de alguns CNVs pode exigir validação adicional.

Estudos de Caso do Serviço de Microarray CGH

A Utilização de Arrays de CGH para Identificar Variações no Número de Cópias em Crianças com Transtorno do Espectro Autista

Revista: Ciências do Cérebro

Fator de impacto: 3,333

Publicado: 22 de maio de 2024

Fundo

O Transtorno do Espectro Autista (TEA) é um transtorno neurodesenvolvimental comum que afeta a interação social, a comunicação e o comportamento, com uma prevalência mais elevada em homens. Geralmente é diagnosticado entre os 2 e os 4 anos. O TEA frequentemente coexiste com condições como deficiências intelectuais e epilepsia. Fatores genéticos, incluindo síndromes como o X Frágil, desempenham um papel significativo, com CNVs a contribuir para cerca de 10% dos casos. O microarray CGH é uma ferramenta eficaz para detectar estas variações genéticas, oferecendo maior resolução e precisão do que a cariotipagem tradicional.

Materiais e Métodos

Resultados

As variantes foram categorizadas com base nas diretrizes da ACMG em patogénicas, provavelmente patogénicas, VUS, provavelmente benignas e benignas. Em 14 dos 180 pacientes (7,8%), foram encontradas nove variantes patogénicas e seis provavelmente patogénicas. Também foram identificados 20 VUS e cinco variantes provavelmente benignas. As variantes patogénicas foram mais comuns em homens e incluíram deleções e duplicações variando de 284 bp a 4,04 Mb. Em pacientes com ASD isolado, foram identificadas duas variantes patogénicas e uma provavelmente patogénica, enquanto aqueles com características adicionais apresentaram mais variantes patogénicas. O diagnóstico parental revelou que muitas variantes eram de novo, embora algumas fossem herdadas. O estudo utilizou um microarray especializado que detectou mais desequilíbrios do que os arrays padrão. As variantes identificadas incluem várias associadas a síndromes conhecidas e ASD, enquanto alguns VUS requerem investigação adicional.

Figura 1. O número de variantes identificadas em cada categoria de patogenicidade em pacientes com ASD isolado (a) e ASD com características clínicas adicionais (b).

Tabela 1. Uma lista detalhada de variantes patogénicas e provavelmente patogénicas, incluindo o resultado de aCGH, tamanho da CNV, herança (se conhecida), sexo e fenótipo clínico.

Conclusão

Os microarrays standardizados podem carecer de resolução para uma avaliação precisa do ASD, pelo que futuras investigações devem utilizar ferramentas de alta resolução e combinar a sequenciação do exoma completo com a análise de CNV. A reportação de VUSs continua a ser crucial à medida que a sua significância é esclarecida, ajudando na compreensão das correlações genótipo-fenótipo no ASD.

Referência:

1. Kucińska A, Hawuła W, Rutkowska L, et al. A Utilização de Arrays CGH para Identificar Variações no Número de Cópias em Crianças com Perturbação do Espectro Autista. Ciências do Cérebro. 2024 Mar 13;14(3):273.