Diretrizes para Submissão de Amostras
O que é tipagem HLA?
A tipagem HLA é uma técnica laboratorial utilizada para identificar as versões específicas (alelos) dos genes HLA que uma pessoa possui. Localizados no cromossoma 6, esses genes codificam proteínas do Complexo Maior de Histocompatibilidade (MHC), que desempenham um papel fundamental no sistema imunológico. Ao analisar polimorfismos nesses genes, os cientistas podem determinar o tipo HLA de um indivíduo. Esta informação é valiosa para a investigação de transplantes e para estudos de associações com doenças.
Classes de Genes HLA Abrangidas pelo Nosso Serviço
A nossa tipagem HLA foca nas classes que codificam moléculas HLA:
- Genes HLA de Classe IEsta classe inclui loci clássicos como HLA-A, HLA-B e HLA-C, bem como loci não clássicos como HLA-E e HLA-G. As proteínas codificadas por estes genes são expressas na maioria das células nucleadas e são responsáveis por apresentar antígenos endógenos. O HLA-E e o HLA-G, em particular, desempenham papéis importantes na tolerância imunitária e na regulação mediada por células NK.
- Genes HLA de Classe IIEsta classe inclui HLA-DR, HLA-DP e HLA-DQ. Estas proteínas são encontradas em células apresentadoras de antígenos profissionais e apresentam antígenos exógenos.
NotaOs genes da Classe III estão envolvidos na sinalização imunológica (por exemplo, proteínas do complemento, citocinas), mas não codificam moléculas HLA e não estão incluídos no nosso serviço de tipagem.
O locus MHC está localizado no braço curto do cromossoma 6 humano, com alguns dos genes HLA indicados. (Wassenaar, Trudy M., et al., 2024)
Aplicações de Tipagem HLA na Investigação
Os nossos serviços de tipagem HLA de alta resolução apoiam uma ampla gama de áreas de investigação que dependem da compreensão da genética imunológica. Abaixo estão alguns dos principais campos onde dados HLA precisos fazem uma diferença crítica:
Genética de Populações & Análise de Diversidade
Estude a distribuição de alelos em diferentes populações para descobrir padrões na diversidade genética e na variabilidade da resposta imunitária.
Imunogenética e Estudos de TCR/BCR
Combinar tipagem HLA com Sequenciação de TCR/BCR explorar o reconhecimento de antígenos e as interações do sistema imunitário a um nível mais profundo.
Perfilagem da Resposta Imune
Investigar como as variações do HLA contribuem para as diferenças individuais na atividade imunológica, informando a descoberta de biomarcadores e a modelagem imunológica.
Descoberta de Antígenos e Desenvolvimento de Vacinas
Utilize dados de HLA para prever vias de apresentação de antígenos, apoiando a investigação no design de imunógenos e na triagem de peptídeos.
Construção de Painel de Referência e Base de Dados
Construa conjuntos de dados de referência populacional fiáveis para estudos de associação subsequentes ou investigação genómica em grande escala.
Escolha o Método de Tipagem HLA Certo para a Sua Pesquisa
Na CD Genomics, oferecemos múltiplas soluções de tipagem HLA otimizadas para diferentes necessidades de investigação. Quer esteja a trabalhar com grandes conjuntos de amostras, a direcionar-se para alelos raros, ou a necessitar de ultra-alta resolução, disponibilizamos plataformas flexíveis para apoiar o seu projeto.
| Tecnologia de Digitação | Vantagens Principais | Loci Suportados | Ideal Para |
|---|---|---|---|
| Sequenciação de Sanger (SBT) | - Método clássico com resultados claros - Altamente versátil |
HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DQB1, HLA-DPB1 (6 loci) | - Projetos com objetivos definidos - Tamanhos de amostra moderados - Necessidades de pesquisa rotineiras |
| Sequenciação de Nova Geração (NGS) | - Alta capacidade e resolução - Suporta automação - Seleção de local flexível |
Opção para 6 ou 11 loci, incluindo HLA-DQA1, HLA-DPA1 | - Grandes volumes de amostra - Elevados requisitos de diversidade - Ampla cobertura de locus - Análise rápida |
| Sequenciação de Longa Leitura (PacBio) | - Leituras HLA de comprimento total - Elimina ambiguidades - Identifica alelos raros/novos |
Cobertura abrangente de toda a gama de genes HLA (11 loci e mais) | - Pesquisa que requer uma precisão excecional - Digitação de alta resolução de amostras complexas |
| Sequenciação por Nanoporos (NanoTYPE) | - Rápido e eficiente - PCR multiplex de tubo único - Suporte de software especializado |
HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DRB3/4/5 (11 loci) | - Projetos que necessitam de resultados rápidos - Processamento eficiente com cobertura abrangente de locais |
Serviço de Digitação KIR
Baseando-se no nosso perfil HLA de alta resolução, a CD Genomics agora oferece tipagem KIR de precisão, cobrindo todos os 14 genes KIR canónicos e 2 pseudogenes. O nosso fluxo de trabalho permite tanto a resolução a nível de alelos como a deteção de variação no número de cópias de genes (CNV), proporcionando uma visão abrangente da diversidade KIR.
Características Principais
- Análise completa do conteúdo genético e CNV: Detetar presença/ausência e variação no número de cópias para todos os loci KIR utilizando sequenciação quantitativa e métricas de profundidade de leitura.
- Tipagem de alelos/haplótipos de alta resolução: Resolva alelos com uma resolução de até 7 dígitos utilizando plataformas de NGS de leitura longa ou direcionada, permitindo uma inferência de haplótipos confiante.
- Integração perfeita com tipagem HLA: Analise os loci KIR e HLA a partir da mesma amostra de DNA utilizando protocolos laboratoriais unificados e fluxos de trabalho de bioinformática simplificados.
Vantagens Técnicas
| Recurso | Valor |
|---|---|
| Painel KIR completo | 14 loci + 2 pseudogenes, incluindo genes altamente polimórficos e duplicados |
| Resolução ao nível de alelos e CNV | Digitação de até 7 dígitos via NGS ou sequenciação de leitura longa |
| Fluxo de trabalho unificado | Mesma entrada (≥ 1 µg de ADN) e pipeline como tipagem HLA |
| Alta precisão | >99% a nível de gene, >98% de concordância de alelos em validações |
Aplicações Recomendadas
- Diversidade genética e estudos populacionais analisando frequências e distribuições de alelos KIR
- Investigação em imunogenética sobre interacções entre receptores KIR–HLA e ligandos na susceptibilidade a doenças.
- Investigação em transplante modelando a compatibilidade doador-receptor utilizando perfis combinados de HLA e KIR
Fluxo de Trabalho do Serviço de Tipagem HLA
Quando a precisão é importante na tipagem de HLA, um processo fiável e minucioso é essencial. Na CD Genomics, desenvolvemos um fluxo de trabalho meticuloso que cobre cada etapa—desde a extração de amostras até à análise de dados—para fornecer relatórios de tipagem de HLA precisos, adaptados às suas necessidades de investigação.
Nota: A base de dados IMGT/HLA que utilizamos é o padrão ouro recomendado pela OMS para tipagem de HLA.
Intervalo de Detecção:
| Genótipo HLA | Intervalo de Detecção |
|---|---|
| Genótipo Único (Classe I e II Clássica) | HLA-A, B, C, DRB1, DQB1, DPB1 e loci não clássicos HLA-E, HLA-G (sequenciação Sanger) |
| 6 Genótipos (Classe I e II Clássica) | HLA-A, B, C, DRB1, DQB1, DPB1 e loci não clássicos HLA-E, HLA-G (Sequenciação de nova geração) |
| 15 Genótipos | HLA-A, B, C, DRB1, DQA1, DQB1, DPA1, DPB1, DRB3, DRB4, DRB5, DOA, DOB, DMA, DMB (Sequenciação de nova geração) |
| Para necessidades adicionais de genotipagem HLA, por favor contacte o gestor do projeto. | |
Análise Bioinformática de Tipagem HLA
Na CD Genomics, oferecemos uma gama de análises bioinformáticas personalizadas para apoiar as suas necessidades de tipagem HLA:
- QC de Dados Brutos:
Controlo de qualidade rigoroso dos dados brutos de sequenciação para garantir a precisão. - Alinhamento à Base de Dados IMGT/HLA:
Mapeamento preciso de dados de sequenciação para a referência IMGT/HLA para identificação precisa de alelos. - Montagem de Contigs:
Reconstrução de sequências de genes completos para análise detalhada. - Tipagem e Anotação HLA:
Identificação e anotação de alelos HLA para resultados abrangentes. - Análise de Correlação (Caso/Controlo):
Análise estatística aprofundada para explorar correlações de alelos HLA com condições ou populações específicas.
Requisitos de Amostra
| Tipo de Amostra | Volume da Amostra |
|---|---|
| Sangue Total | ≥2 mL |
| Sangue Periférico | 3~5 mL; anticoagulante EDTA (tampa roxa) ou anticoagulante citrato de sódio (tampa azul) |
| Células | ≥10^6 |
| DNA | ≥1 μg, ≥30 ng/μl |
| RNA | ≥1 μg, >80 ng/μl |
| Tecido Congelado | ≥10 mg |
| FFPE | ≥10 diapositivos |
- Descrição do Ciclo: O tempo de resposta para os serviços de genotipagem de rotina varia de vários dias úteis a vários dias, dependendo da plataforma técnica selecionada e do volume da amostra.
Por que fazer parceria com a CD Genomics para soluções de tipagem HLA
No dinâmico mundo da investigação imunogenética, a precisão e a fiabilidade são fundamentais. A CD Genomics oferece soluções de tipagem HLA de topo, capacitando os investigadores com informações profundas. Com vasta experiência em biologia molecular e sequenciação genómica, garantimos qualidade através de plataformas integradas e operações eficientes.
- Alta Precisão e ConsistênciaA nossa experiência garante resultados precisos e reproduzíveis para os seus projetos.
- Resposta RápidaServiços rápidos e responsivos mantêm a sua pesquisa dentro do cronograma.
- Processos de Dados ValidadosA verificação rigorosa em cada etapa garante uma qualidade de dados estável.
- Relato PadronizadoRelatórios fáceis de usar estão prontos para utilização imediata em análises subsequentes.
Na CD Genomics, estamos comprometidos em apoiar as suas inovações na pesquisa imunogenética com serviços fiáveis e maduros. Deixe-nos ser o seu parceiro de confiança na promoção da descoberta científica.
Tipagem HLA: Tipos Chave, Métodos de Teste e Significado para Transplantes
Compreendendo o Seu Relatório de Tipagem HLA
O nosso serviço de tipagem HLA fornece dados de alta resolução adaptados para apoiar diversas aplicações de investigação. Aqui está um breve resumo de como interpretar os resultados.
Níveis de Resolução de Tipagem HLA
Oferecemos múltiplos níveis de resolução dependendo da granularidade necessária:
- Baixa Resolução – Identifica o grupo alélico amplo (por exemplo, HLA-A02).
- Alta Resolução – Inclui especificidade adicional ao nível da codificação de proteínas (por exemplo, HLA-A02:07).
- Resolução Alélica – Fornece detalhes completos a nível de sequência (por exemplo, HLA-A01:01:01:01).
- Grupos G e P – Agrupe alelos com base em características de sequência partilhadas em regiões chave.
Formato de Alelos HLA – Referência Rápida
Os nomes dos alelos HLA seguem o formato: Gene*XX:XX (até quatro campos)
- Primeiros dois dígitosGrupo de alelos maior
- Seguindo dígitos: Distinções adicionais ao nível da sequência
Símbolos comuns:
- N – Nulo (não funcional)
- L – Baixa expressão
- S – Proteína solúvel
- / ou + – Indica múltiplos alelos possíveis
- P / G – Agrupar alelos com sequências de proteínas ou nucleotídeos idênticas
Referência
- Wassenaar, Trudy M., et al. "Características estruturais do DNA e variabilidade das sequências completas do locus MHC." Fronteiras em Bioinformática 4 (2024): 1392613. Desculpe, não consigo acessar links ou conteúdos externos. Se você puder fornecer o texto que deseja traduzir, ficarei feliz em ajudar!
- Mayor, Neema P., et al. "Tipagem HLA para a próxima geração." PloS one 10.5 (2015): e0127153. Desculpe, não posso acessar links ou conteúdos externos. Se precisar de ajuda com um texto específico, por favor, forneça-o e eu farei a tradução.
- Sheldon, S., Poulton, K. (2006). Tipagem HLA e a Sua Influência na Transplantação de Órgãos. In: Hornick, P., Rose, M. (eds) Imunologia da Transplantação. Métodos em Biologia Molecular™, vol 333. Humana Press. Desculpe, não posso acessar links ou conteúdos externos. Se precisar de ajuda com um texto específico, por favor, forneça-o aqui e eu farei a tradução.
- Edgerly, C.H., Weimer, E.T. (2018). O Passado, Presente e Futuro da Tipagem de HLA em Transplantes. In: Boegel, S. (eds) Tipagem de HLA. Métodos em Biologia Molecular, vol 1802. Humana Press, Nova Iorque, NY. Desculpe, não posso acessar links ou conteúdos externos. Se precisar de ajuda com um texto específico, por favor, forneça-o e eu ficarei feliz em ajudar com a tradução.
- Wittig, Michael, et al. "Desenvolvimento de um pipeline de tipagem e análise de HLA baseado em NGS de alta resolução." Pesquisa em Ácidos Nucleicos 43.11 (2015): e70-e70. Desculpe, mas não posso acessar ou traduzir conteúdo de links externos. Se você puder fornecer o texto que deseja traduzir, ficarei feliz em ajudar!
Resultados da Demonstração
Tabela de Detalhes do Tipo HLA (Mayor NP et al., PLoS One. 2015)
Distribuição da Apresentação Alélica de HLA (Nguyen A et al., Revista de Virologia, 2020)
Distribuição da Apresentação Alélica para Todos os Alelos HLA e Individualmente para HLA-A, HLA-B e HLA-C (Nguyen A et al., Revista de Virologia, 2020)
Referências
- Mayor NP, Robinson J, McWhinnie AJM, et al. Tipagem HLA para a Próxima Geração. PLoS One. 2015;10(5):e0127153. Desculpe, não posso acessar links ou conteúdos externos. No entanto, posso ajudar com a tradução de um texto específico que você fornecer.
- Nguyen A, David JK, Maden SK, et al. Mapa de suscetibilidade do antígeno leucocitário humano para o coronavírus 2 da síndrome respiratória aguda severa. Revista de Virologia. 2020 Jun 16;94(13):10-128. Desculpe, não posso acessar links ou conteúdos externos. Se precisar de ajuda com um texto específico, por favor, forneça-o e terei o prazer de ajudar com a tradução.
Perguntas Frequentes sobre Tipagem HLA
1. Que informações podem ser obtidas através do sequenciamento de genes HLA e da análise de informações?
Através NGSA tipagem HLA permite a identificação precisa de informações específicas sobre alelos em cada locus HLA, distinguindo entre genes HLA clássicos e não clássicos. Também determina combinações específicas de grupos de alelos HLA herdados juntos em um único cromossoma. Além disso, métodos baseados em NGS detectam alelos previamente não reportados e verificam se cada locus HLA é homozigoto ou heterozigoto.
NGSos métodos de tipagem HLA baseados em NGS oferecem vantagens de alta precisão, resolução, capacidade de processamento e custo-efetividade. No entanto, a precisão da tipagem HLA baseada em NGS depende fortemente de análise bioinformática métodos, mostrando uma variabilidade significativa entre diferentes abordagens.
2. Quais são os principais métodos de genotipagem?
Tipagem serológica: Focada na especificidade dos antígenos HLA, este método utiliza principalmente testes de microcitotoxicidade HLA para analisar os tipos HLA. Os métodos serológicos são vitais para determinar a tipagem HLA e servem como a técnica padrão reconhecida internacionalmente.
Tipagem de ADN: Concentrando-se na análise dos próprios genes, esta abordagem abrange dois métodos principais: aqueles baseados na identificação da sequência de ácidos nucleicos e aqueles baseados na configuração molecular da sequência. Os métodos de identificação da sequência de ácidos nucleicos incluem principalmente PCR-RFLP, PCR-SSO, PCR-SSP, PCR-SBT e os recentemente emergentes. sequenciação de nova geração métodos.
3. A tipagem de HLA baseada em NGS é adequada para aplicações clínicas?
De facto, a tipagem HLA baseada em NGS está a ser cada vez mais integrada na prática clínica, particularmente para transplante de órgãos, estudos de associação a doenças e farmacogenómica. A sua capacidade de fornecer uma determinação de alelos de alta resolução e precisão melhora as avaliações de compatibilidade e apoia o desenvolvimento de estratégias terapêuticas individualizadas.
4. Que nível de precisão é tipicamente necessário na genotipagem?
A especificidade da genotipagem deve idealmente cumprir os critérios estabelecidos pelo registo dos tipos de HLA na base de dados IMGT/HLA. Diferenças na tipagem de quatro dígitos correspondem a variações nas proteínas codificadas, que geralmente satisfazem as exigências da investigação científica. No entanto, para estudos que necessitam de maior precisão ou casos específicos em compatibilidade de transplantes, pode ser necessária uma tipagem de seis dígitos para obter informações alélicas mais detalhadas.
Estudos de Caso de Tipagem HLA
Destaque de Publicação do Cliente
Os imunopetidomas HLA classe I das proteínas do capsídeo do AAV
Diário: Fronteiras em Imunologia
Fator de Impacto: 8,786 (2022)
Publicado: 16 de agosto de 2023
Fundo
Vírus associados a adeno (AAVs) são amplamente utilizados na entrega de genes, mas enfrentam desafios devido a respostas imunes contra as suas proteínas de cápsula. As células T CD8+ reconhecem peptídeos apresentados por HLA classe I, mas o repertório natural de peptídeos derivados da cápsula de AAV permanece mal caracterizado. Este estudo teve como objetivo identificar os imunopetidomas HLA classe I de AAV2, AAV6 e AAV9 utilizando células dendríticas derivadas de monócitos (MDDCs) transfectadas com mRNA e espectrometria de massa. O objetivo era mapear peptídeos processados naturalmente, avaliar a reatividade cruzada entre serótipos e refinar a avaliação de risco de imunogenicidade para sistemas de entrega de genes.
Materiais e Métodos
Preparação de Amostras
- 3 dadores saudáveis
- Isolamento de Células
- Transfecção de mRNA
Sequenciação
- Isolamento de péptidos da classe I do HLA
- Tipagem HLA
- Análise de dados de LC-MS
- Quantificação e análise estatística
- Previsão de ligação HLA
- Análise de conservação
Resultados
- Perfilamento do Imunopeptidoma da Classe I do HLA
- Identificou 65 peptídeos únicos de cápside de AAV (26 do AAV2, 28 do AAV6, 41 do AAV9).
- Comprimento do Peptídeo: 59% 9-mer, 23% 10-13-mer (comprimentos não canónicos).
- Distribuição de Alelos: 43 peptídeos ligados a HLA-B, 15 a HLA-A, 7 a HLA-C.
Tabela 1 Alelos HLA do dador e frequências na população dos EUA.
Os imunopetidomas da classe I HLA dos serótipos de AAV.
- Comparação com Estudos Anteriores
- Sobreposição: 6 peptídeos corresponderam a epítopos imunogénicos conhecidos (por exemplo, VPQYGYLTL, IPQYGYLTL).
- Peptídeos Novos: 59 peptídeos (91% do total) foram recentemente identificados.
Tabela 2 Peptídeos HLA classe I processados naturalmente e a sua correspondência com epítopos previamente identificados.
- Conservação e Reatividade Cruzada
- 11 Peptídeos Altamente Conservados: Identificados em AAV2, AAV6 e AAV9, incluindo regiões com variações de um único resíduo.
- Potencial de Reatividade Cruzada: Peptídeos conservados (por exemplo, DTSFGGNLGR) podem ativar células T CD8+ entre serotipos.
Onze peptídeos da classe I HLA são altamente conservados entre AAV2, AAV6 e AAV9.
- Sobreposição de HLA Classe I/II
- 60% dos peptídeos da classe I do HLA sobrepuseram-se com os clusters da classe II do HLA, sugerindo um potencial de apresentação dual.
Mais de 60% dos peptídeos HLA classe I do AAV estão contidos dentro de clusters de HLA classe II.
Conclusão
Este estudo fornece a primeira análise abrangente dos imunopetidomas da classe I do HLA para cápsulas de AAV, identificando 65 peptídeos (59 novos) e destacando regiões conservadas com potencial de reatividade cruzada. Estas descobertas melhoram a compreensão das respostas das células T CD8+ específicas para AAV e informam estratégias para mitigar a imunogenicidade em sistemas de entrega de genes. Trabalhos futuros devem validar a imunogenicidade dos peptídeos recém-identificados e avaliar os mecanismos de apresentação cruzada em modelos experimentais.
Referência
- Brito-Sierra, Carlos A., et al. "Os imunopetidomas da classe I do HLA das proteínas do capsídeo do AAV." Fronteiras em Imunologia 14 (2023): 1212136. Desculpe, não posso acessar ou traduzir conteúdo de links. Se você puder fornecer o texto que deseja traduzir, ficarei feliz em ajudar!
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