Diretrizes para Submissão de Amostras
As Nossas Capacidades em Sequenciação de mRNA IVT
As Nossas Capacidades em Sequenciação de mRNA IVT
- Análise Abrangente de mRNA
O nosso serviço de sequenciação de mRNA IVT oferece uma análise detalhada das suas amostras de mRNA, abrangendo fatores-chave essenciais para uma avaliação precisa e insights de investigação. - Integridade do mRNA: Garantimos que o mRNA está intacto, livre de produtos de degradação e mantém a sua integridade estrutural.
- Sequenciação de Comprimento Total: Ao sequenciar o comprimento total do mRNA, fornecemos uma visão completa da sua sequência, incluindo regiões críticas como o cap 5' e a cauda poli(A) 3'. Isso garante que nenhum dado seja perdido na análise.
- Comprimento da Cauda Poli(A): A cauda poli(A) influencia a estabilidade e a tradução do mRNA. Fornecemos medições precisas para avaliar a qualidade funcional do mRNA.
- Identidade de Sequência: O nosso serviço garante que o mRNA corresponde à sequência esperada, confirmando que o processo de transcrição gerou a molécula de RNA correta.
- Deteção de Contaminação: Verificamos a presença de contaminantes como DNA plasmídico, rRNA ou outras sequências de RNA indesejadas, garantindo que a sua amostra de mRNA seja pura e adequada para aplicações posteriores.
Personalização para as Suas Necessidades
Entendemos que cada projeto de pesquisa tem necessidades únicas. O nosso Soluções de sequenciação de mRNA IVT pode ser personalizado para suportar várias aplicações:
- Desenvolvimento de Vacinas de mRNA: Assegure a qualidade do seu candidato a vacina de mRNA com uma análise detalhada da integridade da sequência e do rabo poli(A).
- Investigação em Terapêuticas com RNA: Avalie a qualidade e funcionalidade do mRNA terapêutico, garantindo que os seus tratamentos baseados em RNA sejam eficazes e seguros.
- Estudos de Expressão Génica: Obtenha dados fiáveis para a análise de transcritos em investigação de expressão génica, investigando a regulação e o splicing do RNA.
Adaptamos os nossos serviços para atender às exigências específicas do seu projeto, fornecendo-lhe os dados mais relevantes e acionáveis.
O nosso Pacote de Tecnologia de Sequenciação de mRNA IVT
Nosso Sequenciação de mRNA IVT o serviço aproveita os mais recentes avanços tanto na tecnologia de sequenciação como na análise computacional. Este pacote abrangente oferece uma solução completa para avaliar a qualidade das amostras de mRNA, com foco na precisão da sequenciação, deteção de contaminação e análise funcional. Aqui está uma descrição dos principais componentes do nosso pacote tecnológico:
| Componente | Descrição |
|---|---|
| Purificação de mRNA IVT | Purificação de alta qualidade para remover contaminantes como DNA plasmidial e rRNA, garantindo que apenas mRNA intacto seja analisado para sequenciação precisa. |
| Plataformas de Sequenciação | - Oxford NanoporeSequenciação de leitura longa para análise de mRNA de comprimento completo. - IlluminaSequenciação de leituras curtas de alta precisão para uma análise abrangente de mRNA. |
| Análise Bioinformática | Análise especializada de dados de sequenciação, incluindo: - Verificação da integridade do mRNA e da identidade da sequência - Detecção de contaminantes (rRNA, DNA plasmídico) - Análise do comprimento da cauda de poli(A) |
| Vantagem Tecnológica | A utilização combinada de plataformas avançadas de leitura longa e leitura curta garante a análise de mRNA mais fiável e detalhada, apoiada por suporte bioinformático especializado para resultados acionáveis. |
Fluxo de Trabalho de Sequenciação de mRNA IVT
O nosso fluxo de trabalho de sequenciação de mRNA IVT foi concebido para fornecer uma solução integrada, de ponta a ponta, para a análise da qualidade do mRNA. Cada etapa é otimizada para garantir que receba os dados mais precisos e fiáveis para as suas necessidades de investigação.
- Preparação de Amostras
Alta qualidade IVT mRNA As amostras são preparadas para sequenciação. Este passo envolve receber mRNA purificado ou clones de cDNA do seu laboratório, garantindo que as amostras estejam livres de contaminantes que possam afetar o processo de sequenciação. - Sequenciação
Usando Illumina e Plataformas de sequenciação Oxford NanoporeOs samples de mRNA preparados são sequenciados. O processo de sequenciação fornece dados de alta precisão, permitindo uma análise detalhada do transcrito completo de mRNA, incluindo o cap 5' e a cauda poli(A). - Análise Bioinformática
Após o sequenciamento, o nosso equipa de bioinformática realiza uma análise abrangente dos dados. Isto inclui:- Avaliação da integridade do mRNA: Verificar se o mRNA está intacto e livre de degradação.
- Verificação da identidade da sequência: Confirmar que o mRNA corresponde à sequência esperada.
- Detecção de contaminação: Identificação de potenciais contaminantes, como rRNA ou DNA plasmídico.
- Entregáveis
Receberá um relatório detalhado que inclui:- Métricas de qualidade do mRNA: Integridade da sequência, comprimento da cauda poli(A) e níveis de contaminação.
- Leituras de sequenciamento: Ficheiros de dados completos, incluindo ficheiros de alinhamento e gráficos de cobertura, para análise adicional.
Plataformas de Sequenciação
Tecnologias Oxford Nanopore
Oxford Nanopore é um líder em sequenciação de leitura longa tecnologia, tornando-a ideal para sequenciação de mRNA. Ao contrário das tecnologias de leitura curta, a plataforma de leitura longa da Oxford Nanopore permite a sequenciação de moléculas de mRNA de comprimento completo, capturando elementos-chave como:
- A região da extremidade 5'
- A sequência de codificação
- A cauda poli(A) 3'
Esta capacidade é particularmente importante para obter uma representação completa e precisa da sequência de mRNA. A sequenciação de leituras longas fornece uma compreensão mais profunda da integridade do mRNA, dos elementos funcionais e das potenciais variantes de splicing.
Principais Vantagens:
- Sequenciação completa de mRNA
- Alta precisão na análise da integridade do mRNA
- Ideal para detectar o comprimento da cauda poli(A) e características de sequência.
Sequenciação Illumina
Illumina é conhecido por seu sequenciação de alto rendimento e leituras curtas capacidades, proporcionando alta precisão e sensibilidade em sequenciação. Esta plataforma é amplamente utilizada para sequenciação de RNA em grande escala e é bem adequada para:
- Sequenciação de alta cobertura de transcritos de mRNA
- Geração de dados em grande escala para estudos de expressão génica
Fornecendo dados fiáveis para análise quantitativa dos níveis de mRNA em várias amostras
Por Que Usamos Ambas as Plataformas
Ao combinar Oxford Nanopore e Illumina plataformas, garantimos que o seu Sequenciação de mRNA IVT os resultados são tão precisos e abrangentes quanto possível:
- A Oxford Nanopore oferece sequenciação de comprimento completo e insights mais profundos sobre a estrutura do mRNA.
- A Illumina fornece dados de alta qualidade com alta cobertura para uma análise aprofundada da expressão génica.
Isto abordagem de dupla plataforma garante que lhe fornecemos tanto a profundidade como a amplitude de dados necessários para pesquisas avançadas em mRNA, incluindo a deteção de variantes de sequência, elementos funcionais e contaminação.
Análise Bioinformática
Em CD Genomics, fornecemos uma abrangente análise bioinformática como parte do nosso Sequenciação de mRNA IVT serviço. A nossa equipa de especialistas utiliza ferramentas computacionais avançadas para garantir que receba informações detalhadas e significativas dos seus dados de sequenciação. Esta análise é crucial para tomar decisões informadas na sua investigação e para otimizar ainda mais o seu desenvolvimento de mRNA.
- Controlo de Qualidade
- Integridade da Sequência: Avaliamos a integridade do mRNA verificando se há degradação ou erros na sequência. Isso garante que o mRNA esteja intacto e reflita com precisão o transcrito pretendido.
- Comprimento da Cauda Poly(A): Medimos com precisão o comprimento da cauda poly(A), que é essencial para a estabilidade do mRNA e a eficiência da tradução.
- Alinhamento ao Referencial
- Alinhamento de Leitura: A nossa análise envolve alinhar as leituras de sequenciação a um genoma ou transcriptoma de referência para confirmar a identidade da sequência. Esta etapa garante que a sua sequência de mRNA corresponde ao design esperado e identifica quaisquer variações ou erros na sequência.
- Deteção de Contaminação
- Identificação de Contaminantes: Identificamos e quantificamos quaisquer contaminantes (por exemplo, rRNA, DNA plasmídico ou outras espécies de RNA) que possam comprometer a qualidade dos dados. Este passo é essencial para garantir a pureza da sua amostra de mRNA.
- Filtragem de Dados: Contaminantes são removidos do conjunto de dados, garantindo que apenas sequências de mRNA relevantes sejam incluídas na análise.
- Análise Funcional
- Análise da Expressão Génica: Fornecemos uma análise detalhada dos níveis de expressão génica, que é essencial para o estudo da transcrição e regulação do mRNA.
- Deteção de Variantes de Splicing: Analisamos os dados de sequenciação em busca de potenciais variantes de splicing, que podem impactar a funcionalidade do mRNA. Este passo é crucial para entender como o splicing alternativo pode influenciar o papel do mRNA em várias aplicações.
Entendemos que cada projeto de investigação tem necessidades únicas. A nossa equipa de bioinformática trabalha em estreita colaboração consigo para adaptar a análise aos seus objetivos específicos, garantindo que os resultados sejam relevantes e acionáveis para a sua investigação.
Por que escolher a CD Genomics para sequenciação de mRNA IVT?
- Especialização e InovaçãoMais de uma década de experiência em sequenciação de RNA e análise de mRNA.
- Tecnologia AvançadaAbordagem de dupla plataforma usando Illumina e Oxford Nanopore para sequenciação abrangente.
- Soluções PersonalizadasServiços personalizados para vacinas de mRNA, terapias com RNA e investigação da expressão genética.
- Confiabilidade e QualidadeDados de alta qualidade, reproduzíveis, com controlo de qualidade rigoroso.
- Entrega PontualTempos de resposta rápidos para cumprir os seus prazos de pesquisa.
Requisitos de Amostra
| Tipo de Amostra | Descrição | Métodos Preferidos | Requisitos de Quantidade | Armazenamento e Envio |
|---|---|---|---|---|
| mRNA purificado | Isento de contaminantes como ADN genómico e rRNA. | Seleção de PolyA ou depleção de rRNA para purificação. | 500 ng a 1 µg por amostra. | Armazenar a -80°C, enviar em gelo seco ou pacotes frios. |
| Clones de cDNA | DNA plasmídico de alta qualidade com cDNA de comprimento completo do gene de interesse. | Assegure uma preparação de plasmídeo de alta qualidade para a síntese de IVT. | Pelo menos 100 ng de DNA plasmídico. | Armazenar a -80°C, enviar em gelo seco ou pacotes frios. |
| Condição de Amostra | As amostras devem estar intactas e livres de degradação. | Evite a contaminação por RNase para preservar a integridade do RNA. | N/A | As amostras devem permanecer congeladas durante o envio. |
Entregáveis
- Relatório de Sequência de mRNA: Inclui integridade, comprimento da cauda poli(A) e níveis de contaminação.
- Ficheiros de Dados Brutos: ficheiros FastQ, ficheiros de alinhamento e gráficos de cobertura.
- Análise Bioinformática: Inclui alinhamento de sequências, deteção de contaminação e análise funcional.
- Visualização de Dados: Gráficos interativos para uma fácil interpretação dos resultados.
Como parte dos resultados da demonstração, fornecemos:
Gráficos de Cobertura de SequenciamentoRepresentações visuais de dados de sequenciação, mostrando a uniformidade e integridade da cobertura.
Análise do Comprimento da Cauda Poly(A)Gráficos detalhados mostrando medições precisas da cauda poli(A).
Relatórios de ContaminaçãoRelatórios claros que destacam quaisquer contaminantes na amostra, com sugestões para purificação.
Perguntas Frequentes
O que é sequenciação de mRNA IVT?
Sequenciação de mRNA IVT é um método utilizado para analisar a sequência e a qualidade das moléculas de mRNA sintetizadas in vitro. Permite o estudo abrangente da integridade do mRNA, do comprimento da cauda poli(A), da identidade da sequência e dos níveis de contaminação, o que é crítico para o desenvolvimento de vacinas de mRNA, terapias com RNA e pesquisa sobre expressão génica.
Por que é importante a análise da qualidade das vacinas de mRNA?
Garantir a qualidade e a integridade do mRNA é crucial para a eficácia e segurança das vacinas de mRNA. O sequenciamento de mRNA IVT fornece informações detalhadas sobre a sequência do mRNA, a integridade estrutural e os níveis de contaminação, ajudando os investigadores a identificar potenciais problemas antes de avançar para as fases seguintes do desenvolvimento da vacina.
Como funciona a síntese de mRNA IVT?
Em Síntese de mRNA IVT, cDNA é transcrito em mRNA utilizando um sistema de transcrição in vitro (IVT). O mRNA resultante é purificado e, em seguida, analisado através de sequenciação para avaliar a sua qualidade. Este processo é essencial para produzir mRNA de alta qualidade que cumpra as especificações necessárias para aplicações de investigação e terapêuticas.
Que tipos de amostras posso submeter para sequenciação?
Aceitamos ambos. mRNA purificado e clones de cDNA para sequenciação. O mRNA purificado deve estar livre de contaminantes como rRNA e DNA genómico, enquanto os clones de cDNA devem ser de alta qualidade e conter transcritos completos do gene de interesse. Consulte o nosso Requisitos de Amostra secção para instruções mais detalhadas.
Quanto tempo leva a obter resultados da sequenciação de mRNA IVT?
O tempo de resposta para Sequenciação de mRNA IVT pode variar dependendo da complexidade da amostra e da análise necessária. Em média, pode esperar resultados dentro de vários semanas após receber as suas amostras. Também fornecemos atualizações ao longo do processo para garantir transparência e comunicação atempada.
Você fornece análise de bioinformática com os dados de sequenciamento?
Sim, o nosso análise bioinformática é uma parte integral do Sequenciação de mRNA IVT serviço. Fornecemos uma análise de dados abrangente, incluindo alinhamento a um genoma de referência, verificação da integridade do mRNA, análise da cauda poli(A), deteção de contaminação e análise funcional, tudo incluído no relatório final.
E se eu precisar dos dados mais cedo?
Se precisar de um prazo de entrega mais rápido, oferecemos serviços expeditosPor favor, contacte a nossa equipa de apoio ao cliente antes de submeter as suas amostras para discutir opções e preços para um processamento mais rápido.
Pode ajudar-me com o desenho experimental para o meu projeto?
Embora nos especializemos em sequenciação e análise bioinformática, a nossa equipa pode fornecer orientações sobre as melhores práticas para síntese de mRNA, purificaçãoe configuração experimental para garantir que as suas amostras estão otimizadas para sequenciação.
Os seus serviços são adequados para projetos de grande escala?
Absolutamente! As nossas plataformas de sequenciação são capazes de lidar com sequenciação de alto rendimento para projetos de grande escala, garantindo que podemos apoiar tanto pequenas como grandes equipas de investigação ou empresas farmacêuticas.
Fornecem dados num formato que seja fácil de usar?
Sim! Fornecemos todos os dados de sequenciação em formatos de ficheiro padronizados como por exemplo FastQ e BAM para uma integração perfeita com outras ferramentas de análise. Os nossos relatórios também estão disponíveis em PDF formato, com visualizações interativas para o ajudar a interpretar facilmente os seus resultados.
Referências:
- Gunter, H.M., Idrisoglu, S., Singh, S. et al. Análise da qualidade da vacina de mRNA utilizando sequenciação de RNA. Nat Commun 14, 5663 (2023). Desculpe, não posso acessar links ou conteúdos externos. Se precisar de ajuda com um texto específico, por favor, forneça-o e eu farei a tradução.
- Lahens NF, Kavakli IH, Zhang R, Hayer K, Black MB, Dueck H, Pizarro A, Kim J, Irizarry R, Thomas RS, Grant GR, Hogenesch JB. IVT-seq revela um viés extremo na sequenciação de RNA. Genome Biol. 30 de junho de 2014;15(6):R86. DOI: 10.1186/gb-2014-15-6-r86
