Serviços de Transcriptómica Espacial Visium de Alta Resolução 10x

O que é a Transcriptómica Espacial

A transcriptómica espacial, uma abordagem inovadora para a análise profunda de dados de RNA-seq numa dimensão espacial, permite uma representação abrangente da distribuição de mRNA em cada fatia de tecido individual. Isto permite, subsequentemente, a localização precisa e a identificação diferencial de genes de função expressos ativamente dentro de uma região específica do tecido. Dado que as células, que representam as unidades básicas de um organismo, operam as suas funções biológicas únicas em colaboração com o seu microambiente espacialmente específico, o domínio da informação sobre a posição espacial torna-se fundamental ao investigar mecanismos em biologia celular, oncologia e biologia do desenvolvimento.

Graças aos avanços nas tecnologias de imagem microscópica (incluindo imagem de super-resolução e imagem de moléculas únicas), juntamente com melhorias contínuas nas técnicas de hibridização fluorescente in situ multicolorida, a nossa compreensão da célula, estrutura e funções dos tecidos cresceu exponencialmente. Simultaneamente, a evolução das tecnologias de sequenciação permitiu análises quantitativas e qualitativas precisas da expressão génica em células ou tecidos anteriormente inexplorados. A transcriptómica espacial, ao integrar tecnologias de imagem microscópica e sequenciação, retém o máximo de informação espacial da amostra possível enquanto obtém dados de expressão génica. Isso oferece aos cientistas descobertas revolucionárias com profundas implicações.

Serviço de Sequenciação de Transcriptómica Espacial Visium 10x Genomics na CD Genomics

O Serviço de Sequenciação de Transcriptómica Espacial da CD Genomics é uma técnica inovadora, que utiliza a avançada plataforma 10x Visium, permitindo o perfilamento transcricional in-situ preciso da expressão genética completa dentro dos tecidos. Esta abordagem fornece informações detalhadas não apenas sobre os níveis de expressão genética, mas também localiza precisamente onde os genes são expressos dentro do espaço do tecido. Este procedimento permite-nos observar e comparar diretamente as expressões genéticas diferenciais em várias regiões funcionais dentro dos tecidos. Ao fazê-lo, oferece uma ferramenta poderosa para a exploração aprofundada das funções dos tecidos e da mecânica das doenças, ampliando assim a nossa capacidade de investigar as mecânicas da saúde e da doença.

10x Genomics

Passos Experimentais de Sequenciação de Transcriptómica Espacial

O corte de precisão de amostras de tecido fresco-congelado é realizado, seguido pela visualização utilizando técnicas de imagem avançadas.

As secções de tecido são posicionadas numa lâmina especialmente desenhada, revestida com sondas de captura específicas para RNA. Após etapas rigorosas de fixação e permeabilização, o mRNA dentro das células é garantido que seja totalmente liberado e especificamente ligado às sondas de captura, levando a uma captura precisa das informações de expressão génica.

O RNA capturado serve como o molde para a síntese precisa de cDNA e preparação da biblioteca de sequenciamento, garantindo a precisão e fiabilidade da análise subsequente.

As bibliotecas de sequenciamento preparadas passam por um sequenciamento eficiente para uma captura abrangente da informação de expressão génica.

Através da análise de visualização de dados, determinamos com precisão os genes que estão expressos, quantificamo-los e interpretamos ainda a sua informação de posicionamento espacial.

Preparação de Amostras

É imperativo mencionar uma precaução crucial no processo de preparação de amostras, especificamente para amostras de tecido. É aconselhável evitar o congelamento rápido em azoto líquido, uma vez que o arrefecimento rápido pode potencialmente causar danos às estruturas celulares. Em vez disso, o uso de pentano embebido em OTC para o congelamento rápido de amostras de tecido é oficialmente recomendado pela 10X Genomics. Ao longo da aplicação prática, muitos investigadores encontram frequentemente dificuldades na etapa de preparação da suspensão durante experiências de célula única. Apesar de várias tentativas no processamento de digestão, obter uma suspensão de célula única que atenda aos requisitos para uso em máquina continua a ser árduo. Mesmo que se prossiga com a operação da máquina relutantemente, podem existir riscos de condições celulares subótimas, captura insuficiente de células e a complicação de confusão multicelular. Comparativamente, o fluxo de trabalho das experiências de transcriptómica espacial é algo mais simplificado. Sob a orientação de empresas experientes, após realizar um congelamento razoável das amostras de tecido, os passos subsequentes de clarificação do tecido, coloração, fixação, clarificação, construção de bibliotecas, sequenciação e análise, etc., podem ser confiados a empresas profissionais. Isso poderia poupar aos investigadores uma quantidade considerável de tempo.