Sequenciação do Exoma Humano e de Rato com Precisão e Profundidade

Perguntas Frequentes (FAQ)

Q1: Por que escolher o sequenciamento do exoma completo em vez do sequenciamento do genoma completo?

A: A sequenciação do exoma completo (WES) foca nos ~1-2% do genoma que codifica proteínas, mas captura ~85% das mutações causadoras de doenças. É uma solução rentável quando o seu alvo de pesquisa envolve variação funcional a nível de gene.

Q2: Qual é a diferença entre os seus serviços de Sequenciamento do Exoma Humano e do Exoma de Rato?

A: Ambos os serviços incluem captura baseada em sondas das regiões codificadoras de proteínas (CDS), sequenciação de alto rendimento e interpretação de variantes. O Painel de Exoma Humano está alinhado ao GRCh38 e inclui anotação ClinVar, enquanto o Painel de Exoma de Rato alvos GRCm39 e apoia estudos de modelos de doenças.

Q3: Que profundidade de cobertura recomenda para o sequenciamento do exoma humano ou de rato?

A: Recomendamos 100X–150X para estudos de linha germinativa e ≥200X para amostras de tumor/FFPE. Para sequenciação do exoma completo de ratopode ser necessária uma cobertura mais profunda para modelos mosaicos ou quiméricos.

Q4: Você suporta o sequenciamento de exoma de leitura longa usando Nanopore ou PacBio SMRT?

A: Sim. Para aplicações selecionadas que requerem deteção de variantes estruturais ou regiões altamente repetitivas, oferecemos captura de exoma de leitura longa utilizando plataformas Nanopore ou SMRT. Por favor, contacte-nos para protocolos personalizados.

Q5: Como assegura a precisão das variantes em amostras FFPE ou de baixo input?

A: Utilizamos kits de preparação de bibliotecas otimizados com UMI (identificadores moleculares únicos), painéis de captura compatíveis com FFPE e pipelines de bioinformática personalizados para melhorar a sensibilidade e reduzir artefatos.

Q6: Posso submeter bibliotecas de exoma pré-enriquecidas apenas para sequenciação?

A: Sim. Aceitamos tanto ADN genómico bruto como bibliotecas pré-capturadas. Por favor, entre em contacto connosco para os requisitos de QC da biblioteca.

Q7: Quais serão os entregáveis que receberei após a análise?

A: Receberá dados brutos (FASTQ), ficheiros alinhados (BAM), chamadas de variantes (VCF), listas de variantes anotadas (Excel) e relatórios opcionais de CNV ou de vias.

Q8: Como escolho entre sequenciação do exoma completo e sequenciação do genoma completo?

A: Escolher sequenciação do genoma completo se o seu estudo requer análise de variantes não codificantes, variações estruturais ou elementos regulatórios intergénicos. Para a descoberta de mutações a nível de gene, sequenciação do exoma humano oferece maior profundidade a um custo mais baixo.

Destaque de Publicação do Cliente

Estudo de Caso: Exoma Integrado e Mapeamento Óptico no Carcinoma Renal de Células Claras

Título: Mapeamento óptico do genoma e epigenoma do carcinoma renal de células claras
Diário: Câncer NAR
Publicado: 4 de março de 2025
DOI: 10.1093/narcan/zcaf008  

Fundo

O carcinoma renal de células claras (ccRCC) é a forma mais comum de câncer renal, frequentemente impulsionado por eventos genómicos complexos, como a perda do cromossoma 3p e a inativação do gene VHL. No entanto, fatores epigenéticos — incluindo a metilação e a hidroximetilação do DNA — também desempenham papéis críticos na progressão tumoral. Capturar ambos os tipos de variação em um único fluxo de trabalho é um desafio com os métodos de sequenciação tradicionais.

Objetivos do Projeto

• Caracterização Híbrida: Combine sequenciação de exoma de leitura curta com mapeamento óptico do genoma para detectar tanto mutações codificantes como variações estruturais em grande escala (SVs).
• Perfilagem Epigenética: Medir alterações de metilação de moléculas únicas (5mC) e hidroximetilação (5hmC) em tecido tumoral vs. tecido normal.
• Perspetiva Clínica: Vincular alterações genéticas e epigenéticas a mudanças funcionais nos genes para a patogénese do ccRCC.

Serviços da CD Genomics

1. Sequenciação do Exoma

• Amostras: Tumor e tecido normal adjacente correspondente
• Plataforma: Sequenciamento do Exoma Humano – Painel Principal (Illumina PE150, ~100× cobertura)
• Análise: Chamada de variantes baseada em GATK (SNV/InDel) com anotação focada de VHL, PBRM1, SETD2 e outros genes motores epigenéticos.

2. Mapeamento Óptico do Genoma/Epigenoma

(Este componente foi realizado pela equipa de investigação)

• Deteção de variantes estruturais com resolução de molécula única
• Perfilagem de metilação de moléculas únicas utilizando moléculas de DNA marcadas

3. Análise Integrada

• Validação cruzada de variantes detectadas no exoma com descobertas de número de cópias e estruturais a partir de mapeamento óptico
• Perfilamento epigenómico comparativo dos níveis de 5mC e 5hmC em principais supressores tumorais

Principais Conclusões

Este painel mostra o mapa de variantes estruturais do cromossoma 3p (tumor vs controlo), exibindo claramente a deleção de 3p detectada através do mapeamento genómico óptico.

Implicações

• Perfilamento Abrangente: A combinação de sequenciação do exoma com mapeamento genómico óptico permite uma cobertura completa — desde mutações pontuais até grandes alterações estruturais.
• Perspectiva Clínica Aprimorada: Marcadores epigenéticos (5hmC/5mC) fornecem camadas adicionais da biologia tumoral anteriormente ocultas em abordagens apenas de NGS.
• Abordagem Estratégica na Investigação do Cancro: Este método de dupla modalidade aborda eficazmente porque o sequenciamento do exoma completo por si só pode falhar em identificar alterações críticas em cancros como o ccRCC.

Por que isto é importante para si

Este caso sublinha o poder da integração. Sequenciação do Exoma Humano (com SNVs e InDels) com mapeamento estrutural e epigenético de longo alcance para desvendar completamente os genomas do câncer. Na CD Genomics, podemos ajudá-lo a implementar essas estratégias integrativas—aproveitando tanto painéis de exoma e plataformas de leitura longa como a Nanopore ou a PacBio, complementadas por parcerias de mapeamento genómico óptico.