Sequenciação de Biblioteca Pré-Fabricada

A Introdução da Sequenciação de Bibliotecas Pré-fabricadas

A CD Genomics aceita bibliotecas preparadas pelos clientes para sequenciação. Pode submeter as bibliotecas para um teste de QC completo e utilizar o nosso serviço apenas de sequenciação. Fornecemos as plataformas de sequenciação mais avançadas e poderosas, com diferentes capacidades e comprimentos de leitura, para se adequar a qualquer escala de projeto, orçamento e prazo. A nossa biblioteca de QC garante uma geração de clusters otimizada e um máximo de saída de dados para cada corrida. Diferentes amostras podem ser multiplexadas e sequenciadas juntas, desde que tenham o mesmo comprimento de leitura. A nossa equipa altamente experiente oferece consultoria sobre os melhores sequenciadores para diferentes objetivos de investigação. Também oferecemos spike-in de PhiX GRATUITO, demultiplexação (FASTQ) e transferência de dados via FTP.

A sequenciação de bibliotecas pré-fabricadas é uma sequenciação de alto rendimento técnica utilizada para a análise sistemática do genoma, transcriptoma ou outras sequências de ácidos nucleicos de amostras biológicas. Envolve a preparação de ácidos nucleicos da amostra em bibliotecas, seguida de sequenciação utilizando sequenciadores de alto rendimento, gerando assim uma vasta quantidade de dados de sequência para análise posterior. Bibliotecas pré-fabricadas implicam a fragmentação dos ácidos nucleicos da amostra antes da sequenciação e, através de uma série de reações bioquímicas, a incorporação de sequências de adaptadores compatíveis com a plataforma de sequenciação, tornando-as adequadas para sequenciadores de alto rendimento.

Se quiser saber mais sobre sequenciação de bibliotecas pré-fabricadas, pode consultar o nosso artigo "A Introdução e Fluxo de Trabalho da Sequenciação de Bibliotecas Pré-fabricadas."

Vantagens da Sequenciação de Bibliotecas Pré-Fabricadas

• Alto Rendimento: Capaz de gerar uma grande quantidade de dados de sequência num curto espaço de tempo.
• Versatilidade: Aplicável a vários tipos de amostras de ácidos nucleicos (DNA, RNA, etc.).
• Flexibilidade: Permite pesquisa em diferentes níveis, como genómica, transcriptómica, epigenómica, etc.
• Precisão: Sequenciação de alto rendimento a tecnologia apresenta alta precisão e cobertura.
• Especialização Fiável: A experiência da equipa competente orienta-o em cada etapa do processamento de amostras.
• Tempo de Resposta Rápido: Proporciona o tempo de resposta mais rápido para o processamento de amostras, permitindo uma progressão mais rápida do controlo de qualidade à disseminação de dados e acelerando os prazos dos projetos.

Aplicação de Sequenciação de Bibliotecas Pré-Fabricadas

• Genómica Pesquisa
• Transcritosómica Pesquisa
• Pesquisa em Epigenética
• Pesquisa em Microbiomas
• Pesquisa em Oncologia
• Investigação em Doenças Raras
• Investigação Agrícola e de Reprodução
• … e mais

Fluxo de Trabalho de Sequenciamento de Biblioteca Pré-fabricada

O método de inspeção de qualidade dos tamanhos e concentrações da biblioteca é Qubit, Agilent bioanalyzer.

Especificações do Serviço

Requisitos de Amostra

Nota: Os montantes de amostra são apresentados apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.

Estratégia de Sequenciamento

Sequenciação Illumina:

Sequenciação Pacbio

Análise Bioinformática

• Controlo de Qualidade de Dados
• Pré-processamento de Dados
• Alinhamento
• Assembleia
• Deteção de Variantes
• Análise da Expressão Génica
• Anotação Funcional
• … e mais

Nota: Os dados de saída e os conteúdos de análise recomendados apresentados são apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.

Pipeline de Análise

Entregáveis

• Os dados de sequenciação originais
• Resultados experimentais
• Relatório de análise de dados
• Detalhes na Sequência da Biblioteca Pré-feita para a sua escrita (personalização)

1. Que tipos de amostras podem ser utilizadas para sequenciação de bibliotecas pré-fabricadas?

Para sequenciação de bibliotecas pré-fabricadas, são utilizados vários tipos de amostras, abrangendo:

• DNA genómico: Utilizado para sequenciação do genoma completo (WGS) ou sequenciação direcionada aplicações.
• RNA: Empregado na sequenciação do transcriptomaRNA-seq), abrangendo RNA total, mRNA e RNA pequeno.
• cDNA: Utilizado para sequenciar RNA transcrito reversamente em contextos específicos.

2. Como é avaliada a qualidade da biblioteca pré-fabricada?

A qualidade da biblioteca pré-fabricada é avaliada através de:

• Distribuição de Tamanhos: Analisando a distribuição do tamanho dos fragmentos utilizando um instrumento como o Agilent Bioanalyzer ou TapeStation.
• Medição de Concentração: Quantificação da concentração da biblioteca utilizando um fluorómetro Qubit ou PCR quantitativa (qPCR).
• Métricas de Controlo de Qualidade: Verificação de dímeros de adaptadores, contaminação e qualidade geral utilizando ferramentas como o FastQC para dados de sequenciação brutos.

3. A que se refere a uniformidade da produção da biblioteca?

Durante a sequenciação, o volume de dados de saída das bibliotecas no mesmo lane permanece uniforme em relação à quantidade de entrada da biblioteca. Por exemplo, ao misturar 5 bibliotecas e obter um total de 50G de dados, não deve haver um cenário em que uma biblioteca produza 30G de dados enquanto outra apenas 5G; cada biblioteca deve idealmente contribuir igualmente com 10G.

4. Pode a sequenciação de bibliotecas pré-fabricadas ser utilizada para análise de células individuais?

Certamente, a sequenciação de bibliotecas pré-fabricadas pode ser reaproveitada para análise de células únicas. Técnicas como a sequenciação de RNA de célula única (scRNA-seq) envolvem a isolação de células individuais, a transcrição reversa do RNA em cDNA e a criação de bibliotecas de sequenciação a partir do cDNA de célula única resultante. Esta metodologia permite a investigação da expressão génica a nível de célula única, desvendando insights sobre a heterogeneidade celular e a função.

Paisagem de mutações somáticas em 560 sequências do genoma completo de cancro da mama

Revista: Nature

Fator de impacto: 64.8001

Publicado: 2 de maio de 2016

Fundo

A teoria mutacional do cancro postula que alterações específicas na sequência de ADN, designadas por "mutações condutoras", conferem vantagens proliferativas às células, promovendo o surgimento de populações celulares malignas. Estas mutações podem resultar de diversos mecanismos, incluindo a exposição a mutagénicos, erros nos mecanismos de reparação do ADN e imprecisões durante a replicação do ADN. O progresso tecnológico, que vai desde a análise de cariótipo até à análise de alto rendimento Sequenciação de DNA, melhorou substancialmente a delimitação das mutações associadas ao câncer. No entanto, a atenção predominante tem sido direcionada para as regiões codificadoras de proteínas, deixando questões cruciais sem resposta sobre as mutações nas regiões não codificadoras e os processos mutagénicos intrínsecos subjacentes ao câncer de mama. Para colmatar essas lacunas de conhecimento, realizámos uma análise aprofundada de sequências de genoma completo a partir de 560 casos de cancro da mama, esforçando-se por uma elucidação abrangente das mutações somáticas neste contexto.

Métodos

Resultados

Foram sequenciados genomas completos de 560 cancros da mama e tecidos não neoplásicos correspondentes, detectando numerosas mutações somáticas. Ao combinar dados de várias fontes, novos genes cancerígenos foram identificados e mutações condutoras foram definidas. Rearranjos genómicos e alterações no número de cópias contribuíram ainda mais para a identificação de mutações condutoras, sendo TP53, PIK3CA e MYC alguns dos genes mais frequentemente mutados.

Fig 1. Coorte e catálogo de mutações somáticas em 560 cancros da mama.

Explorámos mutações somáticas não codificantes e identificámos mutações recorrentes no promotor do PLEKHS1 ligadas às assinaturas mutacionais 2 e 13. Mutações análogas foram observadas nos promotores de TBC1D12 e WDR74, sugerindo uma potencial hipermutabilidade. Adicionalmente, foram detetadas mutações em RNAs longos não codificantes MALAT1 e NEAT1, embora a sua importância como mutações condutoras permaneça incerta.

Fig 2. Análises não codificantes dos genomas do câncer de mama.

Conclusão

O progresso em direção a uma compreensão abrangente da genética do câncer da mama está em andamento, revelando múltiplas assinaturas mutacionais e implicando numerosos genes cancerígenos. No entanto, a raridade de genes de fusão de ação dominante e mutações condutoras não codificantes sugere complexidades adicionais. No entanto, muitas questões permanecem, incluindo a identificação de genes cancerígenos adicionais e os papéis de vírus ou micróbios. É necessária uma exploração mais aprofundada das sequências do genoma completo de pacientes com câncer da mama para elucidar completamente a paisagem mutacional somática da doença.

Referência:

1. Nik-Zainal S, Davies H, Staaf J, et al. Paisagem de mutações somáticas em 560 sequências de genoma completo de cancro da mama. Natureza, 2016, 534(7605): 47-54.