Sequenciação de Biblioteca Pré-Fabricada

A Introdução da Sequenciação de Bibliotecas Pré-fabricadas

A CD Genomics aceita bibliotecas preparadas pelos clientes para sequenciação. Você pode submeter as bibliotecas para um teste de QC completo e utilizar o nosso serviço de sequenciação apenas. Fornecemos as plataformas de sequenciação mais avançadas e poderosas, com diferentes capacidades e comprimentos de leitura para se adequar a qualquer escala de projeto, orçamento e prazo. A nossa biblioteca de QC garante uma geração de clusters ótima e um máximo de saída de dados para cada corrida. Amostras diferentes podem ser multiplexadas e sequenciadas juntas, desde que tenham o mesmo comprimento de leitura. A nossa equipa altamente experiente oferece consultoria sobre os melhores sequenciadores para diferentes objetivos de pesquisa. Também oferecemos spike-in gratuito de PhiX, desmultiplexação (FASTQ) e transferência de dados via FTP.

A sequenciação de bibliotecas pré-fabricadas é uma sequenciação de alto rendimento técnica utilizada para a análise sistemática do genoma, transcriptoma ou outras sequências de ácidos nucleicos de amostras biológicas. Envolve a preparação de ácidos nucleicos da amostra em bibliotecas, seguida de sequenciação utilizando sequenciadores de alto rendimento, gerando assim uma vasta quantidade de dados de sequência para análise posterior. Bibliotecas pré-fabricadas implicam a fragmentação dos ácidos nucleicos da amostra antes da sequenciação e, através de uma série de reações bioquímicas, a incorporação de sequências de adaptadores compatíveis com a plataforma de sequenciação, tornando-as adequadas para sequenciadores de alto rendimento.

Se quiser saber mais sobre sequenciação de bibliotecas pré-fabricadas, pode consultar o nosso artigo "A Introdução e Fluxo de Trabalho do Sequenciamento de Bibliotecas Pré-fabricadas."

Vantagens da Sequenciação de Bibliotecas Pré-fabricadas

• Alto Débito: Capaz de gerar uma grande quantidade de dados de sequência num curto espaço de tempo.
• Versatilidade: Aplicável a vários tipos de amostras de ácidos nucleicos (DNA, RNA, etc.).
• Flexibilidade: Permite a pesquisa em diferentes níveis, como genómica, transcriptómica, epigenómica, etc.
• Precisão: Sequenciação de alto rendimento a tecnologia apresenta alta precisão e cobertura.
• Especialização Fiável: A experiência da equipa competente orienta-o em cada etapa do processamento de amostras.
• Tempo de Resposta Rápido: Proporciona o tempo de resposta mais rápido para o processamento de amostras, permitindo uma progressão mais rápida do controlo de qualidade à disseminação de dados e acelerando os prazos dos projetos.

Aplicação de Sequenciação de Bibliotecas Pré-Fabricadas

• Genómica Pesquisa
• Transcritosómica Pesquisa
• Pesquisa em Epigenética
• Pesquisa em Microbiomas
• Pesquisa em Oncologia
• Investigação em Doenças Raras
• Investigação Agrícola e de Reprodução
• … e mais

Fluxo de Trabalho de Sequenciamento de Biblioteca Pré-Fabricada

O método de inspeção de qualidade dos tamanhos e concentrações da biblioteca é Qubit, Agilent bioanalyzer.

Especificações do Serviço

Requisitos de Amostra

Nota: Os montantes de amostra são listados apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.

Estratégia de Sequenciamento

Sequenciação Illumina:

Sequenciação Pacbio

Análise Bioinformática

• Controlo de Qualidade de Dados
• Pré-processamento de Dados
• Alinhamento
• Assembleia
• Deteção de Variantes
• Análise da Expressão Génica
• Anotação Funcional
• … e mais

Nota: Os dados de saída recomendados e os conteúdos de análise exibidos são apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.

Pipeline de Análise

Entregáveis

• Os dados de sequenciação originais
• Resultados experimentais
• Relatório de análise de dados
• Detalhes na Sequenciação da Biblioteca Pré-feita para a sua escrita (personalização)

Resultados da Demonstração

FAQs da Biblioteca Pré-Fabricada Seq

1. Que tipos de amostras podem ser utilizadas para sequenciação de bibliotecas pré-fabricadas?

Para sequenciação de bibliotecas pré-fabricadas, são utilizados vários tipos de amostras, abrangendo:

• DNA genómico: Utilizado para sequenciação do genoma completo (WGS) ou sequenciação direcionada aplicações.
• RNA: Empregado na sequenciação do transcriptomaRNA-seq), abrangendo RNA total, mRNA e RNA pequeno.
• cDNA: Utilizado para sequenciar RNA transcrito reversamente em contextos específicos.

2. Como é avaliada a qualidade da biblioteca pré-feita?

A qualidade da biblioteca pré-fabricada é avaliada através de:

• Distribuição de Tamanhos: Analisando a distribuição de tamanhos dos fragmentos utilizando um instrumento como o Agilent Bioanalyzer ou TapeStation.
• Medição de Concentração: Quantificação da concentração da biblioteca utilizando um fluorómetro Qubit ou PCR quantitativa (qPCR).
• Métricas de Controlo de Qualidade: Verificação de dímeros de adaptadores, contaminação e qualidade geral utilizando ferramentas como o FastQC para dados de sequenciação bruta.

3. A que se refere a uniformidade da produção da biblioteca?

Durante o sequenciamento, o volume de dados de saída das bibliotecas no mesmo lane permanece uniforme em relação à quantidade de entrada da biblioteca. Por exemplo, ao misturar 5 bibliotecas e obter um total de 50G de dados, não deve haver um cenário em que uma biblioteca produza 30G de dados enquanto outra apenas 5G; cada biblioteca deve idealmente contribuir igualmente com 10G.

4. Pode a sequenciação de bibliotecas pré-fabricadas ser utilizada para análise de células individuais?

Certamente, a sequenciação de bibliotecas pré-fabricadas pode ser reaproveitada para análise de células únicas. Técnicas como a sequenciação de RNA de célula única (scRNA-seq) envolvem a isolação de células individuais, a transcrição reversa do RNA em cDNA e a criação de bibliotecas de sequenciação a partir do cDNA de célula única resultante. Esta metodologia permite a investigação da expressão gênica ao nível de célula única, desvendando insights sobre a heterogeneidade celular e a função.

Estudos de Caso da Biblioteca Pré-Fabricada Seq

Paisagem das mutações somáticas em 560 sequências do genoma completo de cancro da mama

Revista: Nature

Fator de impacto: 64.8001

Publicado: 2 de maio de 2016

Fundo

A teoria mutacional do cancro postula que alterações específicas na sequência de ADN, denominadas "mutações condutoras", conferem vantagens proliferativas às células, promovendo o surgimento de populações celulares malignas. Estas mutações podem resultar de diversos mecanismos, incluindo a exposição a mutagénios, erros nos mecanismos de reparação do ADN e imprecisões durante a replicação do ADN. O progresso tecnológico, que vai desde a análise de cariótipo até à análise em larga escala, Sequenciação de ADN, melhorou substancialmente a delimitação de mutações associadas ao câncer. No entanto, a atenção predominante tem sido direcionada para regiões codificadoras de proteínas, deixando questões cruciais sem resposta sobre mutações em regiões não codificadoras e os processos mutagénicos intrínsecos subjacentes ao câncer de mama. Para preencher essas lacunas de conhecimento, realizámos uma análise aprofundada de sequências de genoma completo de 560 casos de cancro da mama, esforçando-se por uma elucidação abrangente das mutações somáticas neste contexto.

Métodos

Resultados

Foram sequenciados genomas completos de 560 cancros da mama e tecidos não neoplásicos correspondentes, detectando numerosas mutações somáticas. Ao combinar dados de várias fontes, novos genes do cancro foram identificados e mutações condutoras foram definidas. Rearranjos genómicos e alterações no número de cópias contribuíram ainda mais para a identificação de mutações condutoras, com TP53, PIK3CA e MYC a serem alguns dos genes mais frequentemente mutados.

Fig 1. Coorte e catálogo de mutações somáticas em 560 cancros da mama.

Explorámos mutações somáticas não codificantes e identificámos mutações recorrentes no promotor do PLEKHS1 ligadas às assinaturas mutacionais 2 e 13. Mutações análogas foram observadas nos promotores de TBC1D12 e WDR74, sugerindo uma potencial hipermutabilidade. Adicionalmente, foram detetadas mutações em RNAs longos não codificantes MALAT1 e NEAT1, embora a sua importância como mutações impulsionadoras permaneça incerta.

Fig 2. Análises não codificantes dos genomas do câncer de mama.

Conclusão

O progresso em direção a uma compreensão abrangente da genética do câncer da mama está em andamento, revelando múltiplas assinaturas mutacionais e implicando numerosos genes do câncer. No entanto, a raridade de genes de fusão com ação dominante e mutações driver não codificantes sugere complexidades adicionais. No entanto, muitas questões permanecem, incluindo a identificação de genes do câncer adicionais e os papéis de vírus ou micróbios. É necessária uma exploração mais aprofundada de sequências do genoma completo de pacientes com câncer da mama para elucidar completamente a paisagem mutacional somática da doença.

Referência:

1. Nik-Zainal S, Davies H, Staaf J, et al. Paisagem de mutações somáticas em 560 sequências do genoma completo de câncer de mama. Natureza, 2016, 534(7605): 47-54.