Diretrizes para Submissão de Amostras
NovaSeq 6000
Em 2017, a Illumina anunciou novos sequenciadores, o NovaSeq 6000, que poderiam potencialmente reduzir o custo do sequenciamento do genoma humano para 100 dólares no futuro. O NovaSeq é montado com um novo conjunto de células de fluxo: S1, S2, S3 e S4. Ambos os sistemas podem funcionar com uma ou duas células de fluxo. Além disso, o NovaSeq 6000 pode realizar leituras de 2×50 bp, 2×100 bp e 2×150 bp utilizando as células de fluxo S1 e S2, bastante semelhante às máquinas Illumina existentes.
O Sistema NovaSeq 6000 inaugura uma nova era em sequenciação com inovações revolucionárias, proporcionando aos utilizadores a capacidade de produção, velocidade e flexibilidade para concluir projetos mais rapidamente e de forma mais económica do que nunca, sendo construído desde o início, oferecendo escalabilidade e flexibilidade para qualquer tipo de sequenciação, seja em grande escala ou sequenciação direcionada.
A série NovaSeq permite levar a sua investigação mais longe com uma ampla gama de tamanhos de projetos para diversas aplicações—tudo num único sistema. Esta plataforma redefine sequenciação de alto rendimento com um rendimento incomparável, facilidade de uso, baixos custos por amostra e flexibilidade sem igual. Quer esteja interessado em aplicações de maior rendimento para projetos de maior escala ou em aplicações de menor rendimento para projetos de menor escala, a Série NovaSeq irá capacitá-lo com novas possibilidades. Assista genoma completo e sequenciação do exoma completo demonstrações e aprenda como a Série NovaSeq pode atender às necessidades em evolução do seu laboratório.
Destaques do NovaSeq 6000:
- Throughput Escalável. O Sistema NovaSeq 6000 oferece sequenciação de alto rendimento num amplo leque de aplicações. Satisfaça as suas necessidades de investigação com um rendimento sem precedentes ao menor custo por amostra.
- Altamente flexível. Ajuste a saída de dados às necessidades do projeto. Com a capacidade de escolher entre 4 tipos diferentes de células de fluxo, a saída pode ser configurada para corresponder à sua aplicação e projeto. Uma ou duas células de fluxo operadas de forma independente podem ser facilmente colocadas no lugar para se adequar às suas necessidades em evolução.
- Tecnologia madura: A série NovaSeq epitomiza a poderosa, simplificada e escalável Illumina. sequenciação de alto rendimento plataforma, tendo como pedra angular a comprovada tecnologia SBS da Illumina. Este método, baseado em terminadores reversíveis, permite o sequenciamento paralelo massivo de bilhões de fragmentos de ADN, detectando-os à medida que as bases individuais são incorporadas em cadeias de ADN em crescimento. Ao reduzir os erros causados por repetições de nucleotídeos (homopolímeros) e falhas de deteção, esta abordagem garante resultados de sequenciamento robustos e precisos.
- Uma ampla gama de aplicações. O sequenciamento de alta qualidade e alta cobertura oferece uma visão abrangente do genoma para detectar variantes com precisão, caracterizar isoformas e muito mais. O Sistema NovaSeq 6000 permite que você adapte a corrida para atender às necessidades específicas do seu estudo. Quer esteja a explorar o genoma, epigenoma ou transcriptoma, as possibilidades para a sua pesquisa são infinitas.
Especificações do NovaSeq 6000 em Resumo
- Células de fluxo: SP / S1 / S2 / S4
- Modo de leitura: Sequenciação em pares (PE150 comumente utilizada)
- Saída máxima: Até ~3 Tb por execução (dependente da configuração)
- Tempo de execução: ~13–44 horas (dependente da configuração)
Parâmetros de Desempenho do NovaSeq 6000
| Tipo de célula de fluxo | SP | S1 | S2 | S4 |
|---|---|---|---|---|
| Faixas por célula de fluxo | 2 | 2 | 2 | 2 |
| Saída por célula de fluxo | ||||
| 2×50 pb | 65-80 Gb | 134-167 Gb | 333-417 Gb | N/A |
| 2×100 pb | N/A | 266-333 Gb | 667-833 Gb | 1600-2000 Gb |
| 2×150 pb | 200-250 Gb | 400-500 Gb | 1000-1250 Gb | 2400-3000 Gb |
| Leituras únicas | 0,65-0,8 B | 1,3-1,6 B | 3,3-4,1 B | 8-10 B |
| Leituras de extremidade pareada | 1,3-1,6 B | 2,6-3,2 B | 6,6-8,2 B | 16-20 B |
| Pontuações de qualidade | ||||
| 2×50 pb | ≥ 85% | |||
| 2×100 pb | ≥ 80% | |||
| 2×150 pb | ≥ 75% | |||
| Tempo de execução | ||||
| 2×50 pb | ~13 h | ~13 h | ~16 h | N/A |
| 2×100 pb | N/A | ~19 h | ~25 h | ~36 h |
| 2×150 pb | ~25 h | ~25 h | ~36 h | ~44 h |
Fluxo de trabalho do NovaSeq 6000:
O procedimento operacional padrão no sistema NovaSeq 6000 abrange várias etapas imperativas:
- Preparação da Biblioteca: Começando com espécimes de DNA ou RNA, esta fase envolve a fragmentação do material genético, a ligação de adaptadores e a realização de amplificação.
- Geração de Clusters: As bibliotecas são introduzidas na célula de fluxo, catalisando o surgimento de conglomerados de fragmentos de DNA clonais através de técnicas de amplificação em ponte.
- Sequenciação: A célula de fluxo está integrada no sistema NovaSeq 6000, onde ópticas de ponta e quimioterapias de sequenciação aceleradas capturam a informação genómica.
- Análise de Dados: A saída de sequenciação é sujeita a análise utilizando o conjunto de recursos de bioinformática da Illumina, facilitando operações simplificadas como alinhamento, identificação de variantes e subsequente interpretação de dados.
Aplicações do NovaSeq 6000:
A adaptabilidade do sistema NovaSeq 6000 permite uma ampla gama de aplicações, abrangendo:
- Sequenciação do Genoma CompletoExame abrangente de genomas inteiros crucial para genética populacionalbiologia evolutiva e investigação em genómica biomédica.
- Sequenciação do ExomaSequenciação focada de exões de genes para identificar variantes codificantes associadas a fenótipos e características.
- Sequenciação do Transcriptoma (RNA-Seq): Obtendo insights sobre a expressão génica, descobrindo novos transcritos e investigando a regulação e função dos genes.
- EpigenómicaAprofundando-se em alterações epigenéticas como a metilação do DNA e modificações das histonas para decifrar os mecanismos regulatórios dos genes.
- MetagenómicaInvestigação da diversidade microbiana e funções no ambiente e amostras associadas ao hospedeiro.
NovaSeq 6000 vs NovaSeq X Series (Comparação Rápida)
Compare o rendimento, a escalabilidade e os tipos de projetos mais adequados para escolher a plataforma certa para o seu estudo de sequenciação.
| Fator de decisão | NovaSeq 6000 | NovaSeq X Series |
|---|---|---|
| Melhor ajuste | Sequenciação de leitura curta de alto rendimento comprovada para muitos estudos rotineiros e de grande escala. | Próxima geração de ultra-alta capacidade para projetos de muito grande escala e máxima produção de execução. |
| Executar saída | Até ~3 Tb por execução (dependente da configuração) | Maior rendimento máximo por execução do que o NovaSeq 6000 (dependente do modelo/configuração) |
| Escalonamento | Vários formatos de células de fluxo (SP/S1/S2/S4) para tamanhos de estudo flexíveis | Projetado para escalabilidade de maior rendimento para grandes coortes e processamento extensivo de múltiplas amostras. |
| Tratamento de dados | Grandes conjuntos de dados; fluxos de trabalho típicos de análise de alto rendimento | Conjuntos de dados muito grandes; planeie para aumento de armazenamento/cálculo e escalonamento de pipelines. |
| Quando escolher | Quando deseja um desempenho forte com opções de célula de fluxo flexíveis. | Quando precisa de um máximo de rendimento e deseja minimizar o número de execuções para projetos muito grandes. |
Análise Comparativa do NovaSeq 6000 e de Outros Sistemas de Sequenciação
| Recurso | NovaSeq 6000 | HiSeq 2500 | MiSeq | NextSeq 500 |
|---|---|---|---|---|
| Rendimento | Ultra-alto (até 3 Tb) | Alto (até 1 Tb) | Baixo (até 15 Gb) | Médio-alto (até 120 Gb) |
| Comprimento de Leitura | 50pb a 300pb | 50pb a 250pb | 50pb a 600pb | 75pb a 150pb |
| Tempo de Execução | Curto (<48 horas) | Longo (36 horas a 11 dias) | Curto (4 a 55 horas) | Médio (~29 horas) |
| Aplicações | Genómica, transcriptómicapesquisa sobre o câncer | Genómica, transcriptómica, investigação do câncer | Genomas pequenos, sequenciação de 16S rRNA, sequenciação direcionada | Genómica, transcriptómica, sequenciação direcionada |
| Vazão de Amostra | Alto (múltiplas amostras por corrida) | Médio (múltiplas amostras por corrida) | Baixo (adequado para algumas amostras) | Médio-alto (múltiplas amostras por corrida) |
| Custo do Instrumento | Alto | Alto | Baixo | Médio-alto |
| Custo de Funcionamento | Alto | Alto | Baixo | Médio |
| Qualidade dos Dados | Alto (alta precisão e consistência) | Alto (alta precisão e consistência) | Alto (alta precisão) | Alto (alta precisão e consistência) |
Notas:
Rendimento: A quantidade de dados gerados por corrida de sequenciação.
Comprimento da Leitura: O número de pares de bases lidos por cada leitura de sequenciação.
Tempo de Execução: O tempo necessário para completar uma corrida de sequenciação.
Aplicações: Os campos e usos para os quais o sistema é adequado.
Vazão de Amostras: O número de amostras que podem ser processadas por execução.
Custo do Instrumento: O custo de aquisição e manutenção do instrumento de sequenciação.
Custo de Execução: O custo por corrida de sequenciação, incluindo reagentes e consumíveis.
