A CD Genomics realiza sequenciação de leitura curta de alta capacidade Illumina em NovaSeq X e NovaSeq X Plus para projetos de investigação que necessitam de dados PE150 fiáveis em grande escala (RUO). Em termos simples, o NovaSeq X é o cavalo de batalha de célula única para alta produção numa configuração de corrida simples, enquanto o NovaSeq X Plus adiciona uma configuração de célula dupla—mais valiosa quando se deseja a maior capacidade de corrida única com uma célula de fluxo de alta densidade de 25B.
Resumo rápido
Construído para trabalho intensivo em dados: grande WGS coortes, profundo RNA-seq, exomas em grande escala, e mais
Opções de célula de fluxo para corresponder ao tamanho do projeto: 1,5B / 10B / 25B
Configuração comum: PE150 (2×150 pb) (outros comprimentos de leitura podem ser planeados conforme necessário)
A análise secundária opcional (por exemplo, DRAGEN, mediante solicitação) pode ajudar a encurtar o caminho desde a conclusão da execução até os resultados prontos para análise.
Citar a Minha Execução NovaSeq
Índice
01 Para Quem Esta Plataforma É (e O Que Ela Resolve)
Se estás aqui, provavelmente não precisas de um lembrete do que é o sequenciamento Illumina—precisas de uma resposta a uma questão mais prática: esta plataforma tornará o meu projeto mais fácil de terminar??
As plataformas da série NovaSeq X são uma boa opção quando você está lidando com uma (ou mais) destas realidades:
O seu estudo é em escala de coorte.
À medida que o número de amostras cresce, a dor muitas vezes muda de "geração de dados" para "agrupamento, consistência e agendamento." Você quer menos limites de execução, menos dores de cabeça com "este lote parece diferente" e um plano que não colapse quando adicionar mais 200 amostras.
O seu ensaio consome muitos recursos de leitura.
Os designs de RNA-seq profundo, genomas de alta cobertura, sequenciação por bisulfito e corridas de produção de bibliotecas mistas exercem pressão sobre o total de leituras por semana—não apenas uma única pista aqui ou ali.
Você se preocupa com a QC previsível em alta produção.
Em altas taxas de transferência, a pergunta certa não é "é o Q30 bom?", mas sim "a QC é consistente entre lotes e os métricas subsequentes comportam-se da maneira que esperamos para este tipo de biblioteca?"
Se ainda está a mapear o seu projeto para uma estratégia Illumina, comece por uma visão geral ampla do sequenciamento de alto rendimento e das suas aplicações aqui: Sequenciação de Próxima Geração.
02 NovaSeq X vs NovaSeq X Plus: Qual Se Adequa à Sua Escala?
A maioria das equipas não escolhe entre X e X Plus devido ao comprimento da leitura. Elas escolhem com base em como querem agrupar o estudo.
NovaSeq X (célula de fluxo única)
O NovaSeq X é a configuração mais simples: uma célula de fluxo por corrida. É uma escolha forte quando você deseja alta produção, mas o planeamento do seu projeto não requer capacidade de célula de fluxo dupla. Se você está a realizar lotes consistentes e repetíveis — e quer que o planeamento das corridas permaneça organizado — o NovaSeq X muitas vezes atinge o ponto ideal.
NovaSeq X Plus (células de fluxo duplas)
O NovaSeq X Plus suporta duas células de fluxo por corrida. Isso é importante quando você está a aumentar a produção: grandes coortes, lotes repetidos semanalmente ou situações em que "mais uma corrida" se torna a diferença entre alcançar um marco ou não. Com o 25B flow cell, o X Plus é a configuração que a maioria das pessoas se refere quando falam sobre "máxima produção por corrida."
Uma maneira rápida de decidir:
Se o seu plano de estudo continua a transformar-se em "vamos dividir em várias execuções", o X Plus costuma valer a pena considerar seriamente. Se o seu plano já se encaixa confortavelmente numa cadência de execução constante, o NovaSeq X pode ser a opção mais simples e limpa.
03 Escolhendo uma Célula de Fluxo (1.5B vs 10B vs 25B)
A escolha da célula de fluxo é onde a capacidade da plataforma se transforma num plano de execução real. Não está a escolher "melhor vs pior"—está a escolher escala e flexibilidade.
Um seletor prático
Célula de fluxo
Melhor para
Por que é escolhido em projetos reais
1,5 mil milhões
Execuções piloto, lotes menores, desenvolvimento de métodos
Planeamento flexível quando não precisa de máxima produção.
10B
Estudos de médio a grande porte
Opção equilibrada: elevado rendimento com agrupamento adaptável.
25B
Produção em escala de coorte e sequenciação profunda
Maior densidade/saída; ideal quando o total de dados é a restrição.
Quando 25B é a escolha óbvia.
Sentirás os benefícios do 25B quando o teu estudo estiver limitado pelo número total de leituras ou pela quantidade de corridas que consegues agendar de forma razoável. É especialmente comum para:
Grandes coortes de WGS (por exemplo, planeamento a 30×)
Desenhos de transcriptoma profundo onde a profundidade de leitura por amostra é inegociável.
Execuções de produção em biblioteca mista onde se deseja menos limites de execução entre grupos de amostras.
A maioria dos desenhos de estudo de alto rendimento padroniza-se em torno de PE150 (2×150 pb) porque é amplamente compatível com tipos de bibliotecas comuns e pipelines a jusante.
Aqui está a estrutura de especificações que é realmente útil ao planejar:
Modo de leituraPE150 é a configuração mais comum para WGS, RNA-seq, WES e muitas execuções de produção.
Saída: escala com o tipo de célula de fluxo (1.5B/10B/25B) e se você utiliza células de fluxo únicas ou duplas.
Tempo de execução: depende da configuração e do comprimento de leitura; para planeamento, pense numa ampla janela em vez de um único número fixo.
Planeamento de corridaNovaSeq X Plus (células de fluxo duplo) foi concebido para tornar saídas muito grandes mais "previsíveis em uma única corrida" quando o projeto é grande o suficiente.
Se estiver a comparar plataformas, é útil separar os "máximos da ficha técnica" do "que irá planear". Os máximos da ficha técnica definem o teto; a complexidade da sua biblioteca, a estratégia de pooling e a profundidade alvo decidem o que realmente irá agendar.
05 O que o NovaSeq X Plus 25B Permite (em Termos Simples)
A célula de fluxo 25B existe por uma razão: mais saída utilizável por corrida, com uma configuração que se destina a manter-se estável em trabalho de produção de alto volume.
Na prática, a melhoria que você nota com mais frequência não é uma única métrica—é como a plataforma altera o seu planeamento:
Pode frequentemente concluir uma coorte em menos execuções, o que reduz a variabilidade de execução para execução e a sobrecarga administrativa.
A agregação e o agrupamento tornam-se mais fáceis de padronizar porque está a trabalhar com um orçamento maior de leituras por execução.
Para tipos de biblioteca mista, pode reservar espaço suficiente para evitar decisões do tipo "esta execução está apertada; tivemos de comprometer".
Ainda irá avaliar o QC da mesma forma que faria em qualquer plataforma Illumina—Q30 é útil, mas não é toda a história. A questão é que 25B dá-lhe mais espaço para desenhar uma corrida que não pareça frágil.
06 Configurações de Estudo Recomendadas (WGS 30× / 90×, Deep RNA-seq)
É aqui que as páginas da plataforma devem ser honestas: a configuração "certa" depende da sua biologia, do tamanho do seu grupo e do que considera um resultado final bem-sucedido. Abaixo estão padrões que se traduzem bem para o planeamento da série NovaSeq X.
WGS 30× (planeamento pronto para coorte)
O WGS 30× geralmente diz respeito menos a "conseguimos obter os dados?" e mais sobre quão limpidamente podemos escalá-loSe tiver uma coorte com muitas amostras, deseja um plano que mantenha os efeitos de lote sob controlo e minimize a fragmentação das execuções.
A série NovaSeq X é uma boa opção quando:
a contagem de amostras é alta,
você quer PE150 com QC consistente entre lotes,
e preferias passar tempo a interpretar resultados do que a reequilibrar constantemente os planos de corrida.
A sequenciação genómica de alta profundidade desloca o gargalo para leituras totais por amostraO planeamento torna-se um compromisso entre o tamanho da coorte, a profundidade e o número de execuções que está disposto a gerir. É aqui que uma maior capacidade por execução (frequentemente com X Plus + 25B) pode simplificar a programação—porque é menos provável que acabe com um plano que se espalha por muitas execuções parciais.
Quando as equipas escolhem designs de alta profundidade, muitas vezes é porque estão a priorizar a sensibilidade para questões de investigação específicas (RUO). A melhor abordagem é começar com o seu objetivo de profundidade e, em seguida, mapeá-lo para um plano de execução que evite a fragmentação desnecessária das execuções.
RNA-seq profundo (designs de transcriptoma que consomem muitos reads)
O RNA-seq profundo não é uma única coisa. Alguns estudos precisam de poder em muitas amostras; outros precisam de profundidade para suportar sinais de baixa abundância, designs complexos ou tipos de amostras desafiadores. A série NovaSeq X pode suportar ambos os padrões, mas o seu plano de execução deve ser explícito sobre o que está a otimizar: número de amostras ou profundidade por amostra.
07 Fluxo de trabalho de sequenciação NovaSeq X / NovaSeq X Plus na CD Genomics
08 NovaSeq X Series vs NovaSeq 6000 (Parâmetros Rápidos + Comparação de Planeamento)
Resumo orientado para o planeamento (não uma ficha técnica). Para detalhes exatos sobre tetos e configurações, consulte o Especificações principais / referência.
Especificações chave e pontos de decisão
NovaSeq X Plus
NovaSeq X
NovaSeq 6000
Especificação chave: formato de execução
Capaz de célula de fluxo duplo (construído para maximizar o lote)
Simplicidade de célula de fluxo único
Vários formatos de células de fluxo (dimensionamento flexível de corridas)
Especificação chave: opções de "tamanho" da célula de fluxo (de relance)
25B (e outras opções da série X, conforme disponíveis)
25B / 10B / 1.5B (conforme disponível)
SP / S1 / S2 / S4
Especificação chave: configuração de leitura típica
Leituras curtas em pares (PE150 comumente utilizadas; dependente da configuração)
Leituras curtas de extremidade pareada (PE150 comumente utilizadas; dependente da configuração)
Leituras curtas em pares (PE150 comumente usadas; dependente da configuração)
Especificação chave: nível de throughput (relativo)
Camada de maior rendimento (melhor para consolidar execuções)
Camada de muito alto rendimento
Alto rendimento com ampla adoção
Ponto de decisão: tamanho de estudo mais adequado
Cohortes muito grandes / execuções em escala de produção onde se deseja menos execuções.
Grandes projetos que necessitam de alta produção com operações mais simples.
Projetos pequenos a grandes que necessitam de configurações flexíveis
Ponto de decisão: estratégia de agrupamento
Maximizar a consolidação para reduzir a fragmentação de execução e a variabilidade entre lotes.
Mantenha os principais conjuntos de amostras juntos, mantendo a simplicidade operacional.
Ajustar o tamanho das corridas escolhendo o tipo de célula de fluxo para corresponder à escala do projeto.
Ponto de decisão: quando considerar a mudança
Demasiadas corridas parciais, longos ciclos de produção ou forte fragmentação de corridas.
Precisa de uma maior produção por execução sem a sobrecarga da célula de fluxo duplo.
Você prioriza familiaridade/flexibilidade e não requer o mais recente nível de rendimento.
Ponto de decisão: prontidão a jusante
Espere conjuntos de dados muito grandes—planeie armazenamento/cálculo e pipelines padronizados.
Grandes conjuntos de dados—planear a capacidade do pipeline e relatórios a nível de coorte
Manipulação de dados grande, mas muitas vezes mais "padronizada" em pipelines existentes.
Ponto de decisão: o que confirmar no início do projeto
Plano de agrupamento/lote, limiares de QC e limites de execução para o seu ensaio.
Plano de agrupamento, expectativa de leituras utilizáveis e cadência de execução
Escolha da célula de fluxo, metas de profundidade e agendamento para cobertura consistente
NotaUtilize esta tabela para escolher uma estratégia de plataforma; utilize as secções de Parâmetros de Desempenho/Especificações Principais para detalhes numéricos (RUO).
Se quiser a página da plataforma NovaSeq 6000 para contexto, veja NovaSeq 6000.
09 NovaSeq vs HiSeq X
O NovaSeq é geralmente a melhor escolha quando precisa de maior capacidade de produção e um planeamento de execução mais flexível, enquanto o HiSeq X é principalmente relevante para pipelines de WGS legados que já estão estabelecidos em torno dessa plataforma.
Rendimento por execuçãoO NovaSeq normalmente suporta uma maior produção por corrida, o que ajuda grandes coortes a concluírem em menos corridas; o HiSeq X tem um teto por corrida mais baixo pelos padrões atuais.
Planeamento e agrupamento de execuçõesA NovaSeq oferece mais flexibilidade para agrupamento e escalabilidade (útil quando o número de amostras varia); os fluxos de trabalho do HiSeq X são geralmente mais rígidos, mas estáveis uma vez padronizados.
Caso de uso mais adequadoO NovaSeq é adequado para projetos modernos e intensivos em dados (grandes coortes de WGS, sequenciação profunda, corridas de alto volume misturadas); o HiSeq X é utilizado principalmente quando um laboratório mantém um fluxo de trabalho de WGS de alto rendimento existente e validado.
Eficiência operacionalAs plataformas NovaSeq geralmente integram opções de automação de fluxo de trabalho e análise mais recentes que podem simplificar o processamento de ponta a ponta; o HiSeq X normalmente depende mais de pipelines externos e estabelecidos.
Gatilho de decisão de atualizaçãoSe o seu plano exigir a divisão de coortes em várias execuções ou se estiver a aumentar o volume da amostra, o NovaSeq é geralmente o caminho mais escalável; se o seu fluxo de trabalho atual do HiSeq X já satisfaz as suas necessidades, a mudança pode não ser necessária.
10 Qualidade dos Dados: Como Ler Q30, Cobertura e Duplicados
Em plataformas de alto rendimento, as pessoas adoram discutir sobre um número. O problema é que a qualidade é multidimensional.
A Q30 é útil—mas não é suficiente.
% bases ≥ Q30 é um instantâneo sólido do nível de execução. Diz-lhe se a qualidade da execução é, de forma geral, saudável. Não diz, por si só, se os dados se comportarão da maneira que deseja na análise posterior.
A distribuição da cobertura e a duplicação muitas vezes importam mais do que esperas.
Para WGS, normalmente querrá olhar para:
uniformidade de cobertura (não apenas profundidade média)
taxa de duplicação (especialmente em bibliotecas de baixo input ou sobre-amplificadas)
consistência entre lotes (se o estudo abranger várias execuções)
Para RNA-seq, a qualidade muitas vezes aparece como:
fragmentos utilizáveis após filtragem,
comportamento de mapeamento/atribuição,
e se a profundidade está equilibrada entre os grupos amostrais (especialmente em designs diferenciais)
E quanto ao desempenho da biblioteca "do mundo real" em diferentes ensaios?
Na prática, o comportamento a montante é geralmente impulsionado mais pela qualidade da biblioteca, precisão de pooling e manuseio de lotes do que pela etiqueta da plataforma em si. Quando as mesmas bibliotecas são preparadas de forma consistente e o controlo de qualidade é saudável, as métricas a montante costumam acompanhar de perto os resultados de corridas de leitura curta de alto rendimento. Trate os máximos especificados como tetos—planeie em torno de leituras utilizáveis, cobertura/duplicação e consistência de lote para lote para o seu ensaio.
11 Apoio ao Projeto no NovaSeq X/X Plus
Nos projetos NovaSeq X/X Plus, a CD Genomics foca em tornar o plano de execução previsível antes do início da corrida. Ajudamos a traduzir o seu alvo de estudo (número de amostras mais profundidade/leitura) numa escolha clara entre NovaSeq X e X Plus e células de fluxo de 1.5B/10B/25B, e depois validamos a compatibilidade da biblioteca/índice e a lógica de pooling para que os lotes se mantenham consistentes. Os dados são entregues como arquivos FASTQ demultiplexados com um resumo de QC conciso, e podemos alinhar a entrega ao seu fluxo de trabalho subsequente—seja porque você deseja uma análise secundária habilitada para DRAGEN ou prefere executar o seu próprio pipeline.
Diretrizes para Submissão de Amostras
