Diretrizes para Submissão de Amostras
A Importância da Análise Integrada de ATAC-seq e RNA-seq
No domínio da biologia molecular, a integração do Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing (ATAC-seq) e da tecnologia de sequenciamento de RNA (RNA-seq) proporciona uma compreensão profunda dos mecanismos subtilmente complexos envolvidos na regulação genómica. A técnica ATAC-seq utiliza a transposase Tn5 para identificar regiões acessíveis da cromatina, isolar fragmentos de DNA destacados e realizar a amplificação por reação em cadeia da polimerase (PCR) antes do sequenciamento. A análise das leituras de sequenciamento resultantes permite previsões sobre regiões de DNA vizinhas, juntamente com o reconhecimento de locais de ligação de fatores de transcrição e a determinação da posição dos nucleossomas dentro de loci específicos. Esta estratégia holística não só expande o nosso conhecimento sobre a paisagem genómica regulatória, mas também sublinha a capacidade de métodos concebidos e executados por humanos em decifrar as complexidades do controle da expressão génica.
O sequenciamento do transcriptoma é uma ferramenta ubíqua para investigar a dinâmica da expressão génica. Está bem estabelecido que a expressão génica requer a ligação do Complexo de Pré-Iniciação da Transcrição (PIC) ao DNA, completando assim o processo de transcrição. As regiões que estão a passar por atividade transcricional são inerentemente abertas, elucidando a razão pela qual a atividade génica prevalece em regiões eucromáticas, em contraste com o silenciamento génico em regiões heterocromáticas dos cromossomas.
Análise Integrada de ATAC-seq e RNA-seq
A abordagem experimental combinada que emprega ATAC-seq e RNA-seq serve a um duplo propósito na elucidação da expressão diferencial de genes atribuída a alterações na cromatina aberta. Por um lado, explica os genes que estão a sofrer alterações significativas na expressão devido a estas modificações na cromatina aberta. Por outro lado, ao discernir regiões distintas de cromatina aberta, facilita uma previsão mais precisa dos fatores de transcrição que exercem controle regulatório sobre genes-alvo. Esta abordagem nuançada oferece insights valiosos sobre os mecanismos regulatórios que governam os genes-alvo. As complexidades da regulação da vida que surgem do diversificado repertório de fatores de transcrição contribuem para a complexidade da paisagem regulatória. À luz dos diversos fatores de transcrição que influenciam a regulação da vida, a relação entre a acessibilidade da cromatina e a regulação génica emergiu como um ponto focal de interesse entre os investigadores científicos.
A CD Genomics oferece serviços abrangentes na análise de sequenciamento de bibliotecas, acelerando os prazos de entrega. O nosso repertório inclui uma variedade diversificada de análises personalizadas, que somam dezenas, acompanhadas de suporte técnico individualizado.
Epigenómica
ATAC-Seq
Transcriptómica
Análise de Dados Transcriptómicos
Serviço de Análise de Dados Epigenómicos
Saiba mais a partir do recurso
ATAC-Seq – Um Método para Estudar a Cromatina Aberta
Como Planear o Seu Próximo Experimento de Sequenciamento de RNA
Aplicações do RNA-Seq
Aplicação da Análise Integrada de ATAC-seq e RNA-seq
| Área de Aplicação | Foco |
| Pesquisa em Plantas | Perfil de Acessibilidade da Cromatina |
| Identificação de Elementos Cis-Regulatórios | |
| Desenvolvimento de Plantas (Floração, Desenvolvimento Radicular, Transformação Reprodutiva, Vernalização, etc.) | |
| Síntese de Metabolitos | |
| Respostas a Estresses Abióticos (Salino-alcalino, Alta Temperatura, Baixa Temperatura, Danos por Geada, Seca, Inundações, etc.) | |
| Respostas a Estresses Bióticos (Infestações por Doenças e Pragas, Infeções Virais, etc.) | |
| Pesquisa em Animais | Identificação de Elementos Cis-Regulatórios |
| Especificidade de Tecidos ou Órgãos | |
| Desenvolvimento Celular (Desenvolvimento Embrionário, Diferenciação de Células-Tronco, etc.) | |
| Mecanismos de Ocorrência de Doenças (Formação de Tumores, Estudo Funcional de Genes Patogénicos, etc.) | |
| Mecanismos de Medicamentos (Responsividade a Medicamentos, Mecanismos de Resistência a Medicamentos, etc.) | |
| Mecanismos de Infeção Viral (Respostas do Hospedeiro, etc.) | |
Estudo de Caso da Análise Integrada de ATAC-seq e RNA-seq
Análise Integrativa de ATAC-seq e RNA-seq do Músculo Longissimus de Porcos Luchuan e Duroc
Publicado: 2021
Revista: Frontiers in Nutrition (Fator de Impacto: 6.57)
No domínio do desenvolvimento do músculo esquelético, existem disparidades significativas entre as raças de porcos Luchuan e Duroc. Neste estudo, realizado em setembro de 2021 e publicado na Frontiers in Nutrition com um Fator de Impacto de 6.57, os autores focaram na amostragem do músculo Longissimus de porcos Luchuan e Duroc durante o mesmo período de desenvolvimento. Subsequentemente, foram realizadas análises de ATAC-seq e RNA-seq.
O estudo envolveu a correlação de regiões de cromatina diferencialmente acessíveis identificadas em ATAC-seq com genes diferencialmente expressos identificados em RNA-seq. Após a identificação de genes sobrepostos, os autores realizaram análises de anotação e enriquecimento. Esta abordagem abrangente levou à identificação de genes-chave associados ao desenvolvimento do músculo esquelético. Para validar estas descobertas, foi empregue RT-qPCR.
Resultados da análise dos resultados integrados de ATAC-seq e RNA-seq.
Acessibilidade da Cromatina Está Associada à Regulação da Biossíntese de Artemisinina em Artemisia annua
Publicado: 2021
Revista: Molecules (Fator de Impacto: 4.4)
Para desvendar os intrincados mecanismos regulatórios subjacentes à biossíntese de artemisinina, o autor realizou análises de ATAC-seq e RNA-seq em distintas regiões anatómicas. A sua análise integrada resultou numa coleção de genes candidatos, posteriormente sujeitos a anotações funcionais e de vias metabólicas. Notavelmente, destacaram os genes pivô envolvidos na síntese de artemisinina.
