Uma Avaliação Sistemática de Pipelines de Análise de RNA-seq de Célula Única

11 de outubro de 2019

Beate Vieth, Swati Parekh, Christoph Ziegenhain, Wolfgang Enard e Ines Hellmann

Comunicações da Natureza volume 10, Número do artigo: 4667 (2019)

Resumo

A recente disseminação rápida de métodos de sequenciação de RNA de célula única (scRNA-seq) criou uma grande variedade de pipelines experimentais e computacionais para os quais as melhores práticas ainda não foram estabelecidas. Aqui, usamos simulações baseadas em cinco protocolos de biblioteca de scRNA-seq em combinação com nove configurações realistas de expressão diferencial (DE) para avaliar sistematicamente três abordagens de mapeamento, quatro de imputação, sete de normalização e quatro de teste de expressão diferencial, resultando em ~3000 pipelines, permitindo-nos também avaliar interações entre as etapas do pipeline. Descobrimos que as escolhas de normalização e protocolos de preparação de biblioteca têm o maior impacto nas análises de scRNA-seq. Especificamente, descobrimos que a preparação da biblioteca determina a capacidade de detectar diferenças de expressão simétricas, enquanto a normalização domina o desempenho do pipeline em configurações de DE assimétricas. Finalmente, ilustramos a importância de escolhas informadas ao mostrar que um bom pipeline de scRNA-seq pode ter o mesmo impacto na deteção de um sinal biológico que quadruplicar o tamanho da amostra.

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