Sequenciação Genómica Superficial

A CD Genomics oferece um serviço de sequenciação genómica superficial de todo o genoma, preciso e rentável, utilizando as plataformas Illumina ou BGI DNBseq para alcançar variações genéticas em todo o genoma de plantas, animais e humanos.

O que é Sequenciamento Genómico Superficial?

O Sequenciamento Genómico Superficial (shallow WGS, também conhecido como sequenciamento genómico de baixo custo) é uma nova tecnologia de alto rendimento para alcançar variações genéticas em todo o genoma de forma precisa e económica, abrangendo uma ampla gama de espécies: gado, porco, frango, cão, gato, rato, camundongo, milho, arroz, soja, ervilha e humanos. Baseado em sequenciação em shotgunO WGS superficial pode ser utilizado para obter sequências de genoma completo com uma cobertura muito baixa (mais frequentemente entre 0,4x e 1x) com chamadas de variantes precisas em mais de 99%. O WGS superficial fornece mais dados, maior poder estatístico e novas capacidades de descoberta de variantes raras do que o tradicional. genotipagem arrays e GBS método. WGS superficial pode ser utilizado em estudo de associação genómica (GWAS)análise evolutiva, farmacogenómica, melhoramento molecular, etc. Além disso, o WGS superficial pode ser utilizado para construir um painel de referência personalizado para uma população específica.

Vantagens da Sequenciação Genómica Total Superficial

• Mais rentável do que arrays de genotipagem e regulares. sequenciação do genoma completo
• Mais dados, maior poder estatístico e novas capacidades de descoberta de variantes raras do que os métodos tradicionais. genotipagem arrays
• Chamadas de variantes com mais de 99% de precisão em todo o genoma.
• Configuração flexível de novas espécies ou populações personalizadas

Fluxo de Trabalho de Sequenciação Genómica Superficial

A CD Genomics fornece sequenciação genómica completa superficial precisa e económica, bem como análise bioinformática para plantas, animais e humanos. A nossa equipa de especialistas profissionais executa a gestão de qualidade, seguindo cada procedimento para garantir resultados confiáveis e imparciais. O fluxo de trabalho geral para a sequenciação genómica completa superficial está delineado abaixo.

Especificações do Serviço

	Requisitos de Amostra Tipos de amostras para DNA genómico: saliva, sangue, tecido fresco congelado, células cultivadas e amostras FFPE. Amostras Regulares: DNA genómico intacto ≥ 1 μg, Concentração ≥ 12,5 ng/μl; Amostras de baixo input: DNA genómico intacto ≥ 200 ng, Concentração ≥ 2,5 ng/μl PCR Livre Verdadeiro: DNA genómico intacto ≥ 1,5 μg, Concentração ≥ 12,5 ng/μl Volume mínimo da amostra: 15 μl Nota: Os montantes de amostra são apresentados apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.
Clique	Estratégias de Sequenciação Plataformas Illumina ou BGI DNBseq Tanto a biblioteca PCR como a biblioteca sem PCR podem ser construídas na etapa de preparação da biblioteca. Sequenciação em pares de 100bp e 150bp disponível. Mais de 80% das bases com um score de qualidade ≥Q30
	Análise de Dados Fornecemos análises de bioinformática personalizadas, incluindo: Alinhamento de leitura Chamadas de variantes por imputação (painel de referência: 1000 Genomas Fase 3) Descoberta de variantes novas Análise de ascendência Microbioma Nota: Os dados de saída e os conteúdos de análise recomendados apresentados são apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.

Pipeline de Análise

A CD Genomics oferece um pacote completo de serviços de sequenciamento genómico superficial, incluindo extração de ADN, construção de bibliotecas, sequenciamento, controlo de qualidade dos dados brutos e análise bioinformática. Podemos personalizar este fluxo de trabalho de acordo com o seu interesse de investigação. Podemos fornecer ficheiros de dados BAM e VCF para si. Se tiver requisitos adicionais ou perguntas, não hesite em contactar-nos. contacte-nos.

Entregáveis

• Os dados de sequenciação originais
• Resultados experimentais
• Relatório de análise de dados
• Detalhes na Sequenciação Genómica Completa Superficial para a sua escrita (personalização)

Resultados da Demonstração

Perguntas Frequentes sobre Sequenciação Genómica Total Superficial

1. Quanto tempo leva a receber os meus resultados?

Normalmente, 30-40 dias úteis desde a aceitação da amostra qualificada até à disponibilidade do relatório de análise de dados.

2. Quais máquinas de sequenciação utiliza para sequenciação do genoma completo a baixo custo?

As plataformas Illumina ou BGI DNBseq podem ser utilizadas para sequenciação.

3. Quais são as vantagens do sequenciamento de genoma completo de baixa passagem em relação aos arrays de genotipagem tradicionais?

O sequenciamento de genoma completo de baixa cobertura pode ser utilizado para obter a sequência do genoma completo com uma cobertura muito baixa (mais frequentemente entre 0,4x e 1x) com chamadas de variantes precisas em mais de 99%. Mais de 10x mais dados do que genotipagem os arrays a um custo semelhante ou inferior. Além disso, o sequenciamento de genoma completo de baixo custo permite descobrir novas variantes raras. Tudo isto sugere que o sequenciamento de genoma completo de baixo custo supera os arrays de genotipagem.

Estudos de Caso de Sequenciação Genómica Superficial

Sequenciação Genómica Completa Superficial a partir de Plasma Identifica Cancros da Mama com Amplificação de FGFR1 e Prediz a Sobrevivência Global

Revista: Cancros

Fator de impacto: 6,575

Publicado: 6 de junho de 2020

Fundo

A família FGFR apresenta diversas alterações genómicas, com a amplificação do FGFR1 associada a um mau prognóstico e resistência à terapia no câncer de mama. Os ensaios clínicos enfrentam desafios na obtenção de biópsias de tecido fresco para análise molecular, levando à dependência de tecido arquivado com representação limitada da heterogeneidade tumoral. A amplificação de genes evolui durante a progressão do câncer, enfatizando a necessidade de perfis moleculares em tempo real. O sequenciamento de genoma completo superficial (sWGS) surge como um método rentável para detetar ADN tumoral circulante (ctDNA), ajudando na monitorização do tratamento e na prognosticação. Este estudo utiliza sWGS para explorar o ctDNA como um substituto para a amplificação do FGFR1 no câncer da mama metastático, correlacionando os níveis de ctDNA com a sobrevivência dos pacientes.

Métodos

Resultados

Vinte casos, incluindo dez amplificados para FGFR1 e dez casos de controlo, foram analisados para ctDNA utilizando mFAST-SeqS, seguido de sWGS independentemente dos resultados de mFAST-SeqS. Embora o mFAST-SeqS não consiga detetar a amplificação de FGFR1, o sWGS identificou amplificações até 1%. Uma boa correlação foi observada entre os z-scores do mFAST-SeqS e as estimativas do ichorCNA. Casos com frações alélicas de ctDNA (AF) acima de 3% identificaram com precisão a amplificação de FGFR1, mas casos com baixas AFs de ctDNA ainda detetaram amplificação, destacando os desafios na definição de limiares de deteção. Foi observada uma correlação entre log2ratio e fração tumoral para casos amplificados, com números de cópias hipotéticos a correlacionar com Oncoscan, mas não com os resultados de FISH. A deteção da amplificação de FGFR1 no plasma depende tanto do número de cópias do gene como da fração tumoral, tornando difícil estabelecer um limiar generalizado.

Fig 1. Mapa de calor de amostras de plasma selecionadas com diferentes valores de z-scores genômicos.

Fig 2. Estado do número de cópias do cromossoma 8 de amostras de DNA livre de células (cfDNA) estabelecidas com sequenciação genómica completa superficial (sWGS).

Este estudo avaliou a fração tumoral utilizando ichorCNA com ULP-WGS em câncer de mama metastático. A estratificação com base no z-score genómico médio (>2,2) e na fração tumoral (>4,6) revelou uma redução significativamente maior na sobrevivência global (SG). Por outro lado, a quantidade total de cfDNA não mostrou relevância discernível na discriminação da SG.

Fig. 3. Curvas de análise de Kaplan–Meier para a sobrevivência global de pacientes com câncer de mama metastático.

Conclusão

Em resumo, este estudo destaca a utilidade do sequenciamento de genoma completo superficial (sWGS) para detectar alterações no número de cópias somáticas (SCNA) clinicamente relevantes, como a amplificação do FGFR1, no plasma de pacientes com câncer de mama metastático. O sWGS oferece uma ferramenta de triagem valiosa quando biópsias frescas não estão disponíveis, permitindo a reavaliação do estado de amplificação utilizando amostras arquivadas. Além disso, tanto o mFAST-SeqS quanto o sWGS mostram potencial para estimar a fração tumoral e monitorizar a dinâmica tumoral em pacientes com câncer avançado.

Referência:

1. Bourrier C, Pierga J-Y, Xuereb L et al. Sequenciação Genómica Completa Superficial a Partir de Plasma Identifica Cancros da Mama com Amplificação de FGFR1 e Prediz a Sobrevivência Global. Cânceres. 2020; 12(6):1481.