Sequenciação de eccDNA Explicada: O Que Mede e Por Que os Investigadores a Utilizam (RUO)

Pesquisadores biomédicos iniciantes estão a enfrentar a mesma mudança que muitos laboratórios de genómica sentiram na última década: o genoma não é apenas um conjunto de cromossomas longos e arrumados. As células também contêm ADN circular extracromossómico diverso—eccDNAs—que acrescentam camadas inesperadas de variação e regulação. Se já pesquisou "eccdna natureza" para entender por que os círculos continuam a aparecer em artigos de destaque, este guia fornecerá um ponto de partida claro e prático.

EccDNA (DNA circular extrachromossómico) refere-se a moléculas de DNA circular encontradas fora do DNA cromossómico no núcleo (e ocasionalmente em frações citoplasmáticas). Elas são distintas de plasmídeos (geralmente círculos exógenos, baseados em vetores em sistemas de laboratório) e do DNA mitocondrial (mtDNA, um genoma circular endógeno confinado às mitocôndrias). Dentro do âmbito do eccDNA, os investigadores costumam reservar "ecDNA" para círculos grandes e altamente amplificados comuns no câncer que frequentemente transportam oncogenes intactos. As revisões convergem nesta formulação: pequenos eccDNAs são amplamente distribuídos por tecidos, enquanto o ecDNA (frequentemente >~1 Mb) é predominantemente associado a tumores e ligado à amplificação e heterogeneidade, conforme delineado por Wang (2024) numa revisão de acesso aberto e corroborado por resumos recentes das características do ecDNA no câncer. Veja as distinções detalhadas na síntese de acesso aberto de Wang em Desvendando os mistérios do DNA circular extrachromossómico (2024) e a discussão de Zhou sobre as características do ecDNA na Frontiers in Genetics (2024).

• De acordo com a visão geral de acesso aberto por Wang (2024)Os eccDNAs abrangem categorias desde microDNA (~200 bp–3 kb) até elementos maiores, enquanto o ecDNA normalmente denota círculos muito maiores que frequentemente contêm genes inteiros.
• Zhou (2024) na Frontiers in Genetics enfatiza que o ecDNA está amplamente presente em tumores, em contraste com os eccDNAs de tamanho kilobase encontrados em diversos contextos.

Glossário rápido (para iniciantes)

• eccDNATermo abrangente para DNA circular extracromossómico de tamanhos e origens variados; comum em tecidos e condições.
• ecDNADNA circular grande (>~100 kb a escala de Mb) no câncer, frequentemente transportando amplificações de oncogenes e aumentando a expressão génica.
• microDNAEccDNA pequeno (centenas a alguns milhares de pares de bases) frequentemente enriquecido perto de regiões ricas em genes ou de repetições.
• ERCs (círculos de rDNA episomais)Círculos derivados do DNA ribossómico, estudados classicamente no envelhecimento de leveduras.
• RotundaO ponto de fusão onde um fragmento de DNA linear se reconecta para formar um círculo; detetado por leituras divididas/descordantes na sequenciação.

Figura 1: Comparação simples das formas de DNA — DNA cromossómico linear (azul #0099d8), DNA circular extracromossómico (eccDNA; verde #82bc24) e DNA mitocondrial (laranja). Legenda de tamanho (não à escala): Cromossómico ≫ eccDNA (~100s bp–kb) ≈ mtDNA (~14–20 kb).

Texto alternativo: Esquema de três ícones: fita azul para DNA cromossómico linear, pequenos círculos verdes para eccDNA com uma seta de junção rotulada, e um círculo laranja dentro de uma mitocôndria para mtDNA.

O que a sequenciação de eccDNA mede

Sequenciação orientada para EccDNA foca em evidências que padrão sequenciação do genoma completo (WGS) não se limpa de forma clara: a presença e as propriedades de círculos que existem além dos cromossomas. Praticamente, medes três coisas principais.

1. Estrutura da junção (como o círculo é formado) Pense numa junção circular como o ponto de fixação onde um fragmento se dobra e se reconecta a si mesmo. Em dados de leitura curta, verá leituras divididas que se mapeiam através da fusão e leituras emparelhadas cuja orientação sugere junções voltadas para fora. Em dados de leitura longa, por vezes consegue percorrer todo o círculo. ATAC-seq—que perfis de cromatina aberta—também podem detectar junções sem enriquecimento específico de círculo, aproveitando estas assinaturas de mapeamento. Kumar e colegas mostraram em 2020 que as assinaturas de ATAC-seq preveem junções de eccDNA que podem ser validadas através de PCR inversa e FISH em modelos de câncer. Veja o contexto metodológico em Kumar et al. (2020) na Science Advances e os materiais explicativos de acesso aberto em os recursos correspondentes de pré-impressão/PMC.
2. Conteúdo genético (quais genes e elementos são transportados) Círculos podem transportar genes inteiros, fragmentos de genes, potenciadores, promotores e repetições. O conteúdo genético é importante porque sugere a função: o ecDNA comumente inclui oncogenes intactos (por exemplo, EGFR, MYC, MYCN) e sequências regulatórias que aumentam a transcrição. Pequenos eccDNAs podem refletir plasticidade genómica local, biologia de repetições ou respostas ao stress. Para uma síntese acessível dos papéis e associações com doenças, veja Zhao (2022) na eLife e a visão geral da paisagem por Zeng (2022) na Genome Research (acesso aberto).
3. Número de cópias e abundância (quanto conteúdo derivado de círculos existe) As estimativas do número de cópias capturam a amplificação independentemente da localização cromossómica. No câncer, os amplicões de ecDNA podem atingir altos números de cópias, segregar de forma desigual durante a divisão celular e impulsionar a heterogeneidade e a resistência à terapia. Para um contexto em linguagem simples, o programa de Genómica do Câncer do NCI descreve o ecDNA como laços flutuantes que supercarregam oncogenes e contribuem para a variabilidade entre células. Veja Visão geral do ecDNA do NCI CCG (blogue de 2022) para um resumo legível.

Se quiser uma visão mais aprofundada sobre como as amostras são isoladas e enriquecidas antes da sequenciação, consulte o nosso guia passo a passo: Fluxo de trabalho experimental para sequenciação de eccDNA.

Aplicações de pesquisa fundamentais

Por que os investigadores usam sequenciação de eccDNADuas áreas de aplicação dominam o interesse e o comportamento de pesquisa: biologia do câncer e envelhecimento/stresse.

Biologia do cancro: amplificação de oncogenes e heterogeneidade

Círculos grandes de ecDNA frequentemente transportam oncogenes como EGFR, MYC, MYCN e CCND2. Por estarem separados dos cromossomas, podem atingir altos números de cópias e segregar de forma desigual, criando diferenças entre células que complicam a terapia. Trabalhos mecanicistas mostram que a transcrição a partir de ecDNA pode exceder a dos homólogos cromossómicos, auxiliada por sequestro de potenciadores e contactos cromatínicos expansivos. Uma ampla revisão de 2022 de Yi e colegas resume os loci de oncogenes recorrentes em ecDNA em múltiplos tipos de tumores, enquanto sobrevoos acessíveis do NCI destacam a heterogeneidade e a resistência.

Vignetas do mundo real ajudam a consolidar os conceitos:

• Glioblastoma (GBM): A amplificação do EGFR é um exemplo clássico de ecDNA no GBM, onde a segregação desigual produz padrões de expressão e resposta mosaicos; o ATAC-seq pode revelar assinaturas de junção precoces antes que a amplificação completa seja aparente. O estudo de Kumar fornece a lógica de mapeamento fundamental: Science Advances (2020).
• Câncer de pulmão de pequenas células (CPSC): As unidades ecDNA MYC/MYCN demonstram como amplicões ricos em potenciadores elevam a transcrição além de comparadores cromossómicos, contribuindo para fenótipos agressivos, conforme resumido em revisões como Yi (2022).

Descubra como estes círculos impulsionam a heterogeneidade tumoral no nosso artigo em série: eccDNA no câncer.

Envelhecimento e stress: contextos de acumulação e senescência celular

EccDNA tem uma longa história no envelhecimento de leveduras: ERCs acumulam-se nas células-mãe, contribuindo para a senescência através de efeitos de replicação e transcrição. A evidência em mamíferos é mais complexa—eccDNAs estão presentes em tecidos normais e cancerígenos, e alguns contextos mostram perfis diferenciais com o envelhecimento ou stress. A revisão de Wang de 2024 consolida subtipos e funções potenciais, enquanto o panorama de Zeng de 2022 destaca distribuições entre tecidos. No plasma, eccDNA apresenta uma periodicidade de tamanho distinta em comparação com cfDNA linear, consistente com os efeitos de embalagem nucleossomal, conforme relatado por Sin e colegas.

• ERCs de levedura: Modelos clássicos mostram acumulação de ERC e fenótipos associados à idade em células-mãe; veja resumos modernos em Círculos de ADN promovem o envelhecimento em leveduras (eLife, 2022) e Formação de eccDNA induzida por transcrição em levedura (PLoS Biology, 2019).
• Plasma/cfDNA: Picos de tamanho de eccDNA distintos (~202 bp, ~338 bp) em comparação com o cfDNA linear modal de 166 bp, refletindo o contexto da cromatina; veja Sin (2020) na PNAS.

Explore o papel do DNA circular na senescência celular e na biologia somática no nosso artigo em série: eccDNA em células somáticas e envelhecimento.

Visão geral dos métodos: como sequenciamos círculos?

Não existe um único "kit de eccDNA" que se adapte a todas as questões. A maioria dos laboratórios escolhe entre três abordagens de alto nível, muitas vezes combinando-as para validação.

• Digestão de exonuclease + Amplificação em Círculo Rolante (RCA): exonucleases dependentes de ATP (por exemplo, Plasmid-Safe) removem DNA linear; a polimerase phi29 amplifica templates circulares. Esta estrutura baseia-se em muitos fluxos de trabalho de Circle-Seq. É eficiente para círculos pequenos, mas pode apresentar viés contra os maiores e pode criar artefatos de concatâmeros se as condições não forem ajustadas. Insights práticos e estruturas de protocolos aparecem em Møller (2020) descrevendo o Circle-Seq e peças de síntese como Yu (2023) sobre variantes Circle-Seq.
• Abordagens baseadas em Tn5/tagmentação: Circulome-seq e ATAC-seq aproveitam a transposição do Tn5 para marcar o DNA acessível, capturando assinaturas de junção sem RCA. Elas reduzem alguns vieses de amplificação, mas podem exigir uma maior profundidade de sequenciação e um cuidadoso filtragem bioinformática. Veja Kumar (2020) na Science Advances e os materiais de acesso aberto vinculados a eles.
• Enriquecimento não-RCA para pequenos círculos nativos: Alguns fluxos de trabalho enriquecem pequenos círculos através da limpeza com exonuclease sem RCA, preservando distribuições de tamanho nativo e reduzindo quimeras. Discussões sobre o desempenho comparativo aparecem em sínteses de métodos recentes como Gao (2024) sobre os compromissos entre reconstrução e enriquecimento de leituras longas..

Considerações chave de planeamento (amigável para iniciantes)

• Preparação de amostras: A qualidade da isolação dos núcleos influencia a eficiência de depleção de DNA linear; manuseio suave reduz a fragmentação que pode confundir as chamadas de junção.
• Controlo: Incluir plasmídeos spike-in para rastrear as proporções circular:linear; quantificar a contaminação de mtDNA; adicionar controlos de digestão fictícia para detetar limpeza incompleta por exonuclease.
• Construção de biblioteca: Para material derivado de RCA, limitar os ciclos de amplificação para reduzir concatémeros; para ATAC-seq, otimizar a transposição para equilibrar sensibilidade e especificidade.
• Estratégia de sequenciação: A sequenciação de leitura curta da Illumina é comum para Circle-Seq; adicione leitura longa da ONT/PacBio quando esperar círculos grandes ou rearranjos complexos.

Para diferenças de estratégia e controles a incluir, compare opções no nosso artigo em série: Escolhendo métodos de enriquecimento de eccDNA.

• Para laboratórios que preferem uma opção RUO externalizada, os prestadores de serviços podem realizar a digestão com exonuclease mais RCA e devolver relatórios de junção e conteúdo genético; veja CD Genomics. Soluções de pesquisa em oncologia para planeamento de estudos e suporte à sequenciação RUO.

Divulgação: A CD Genomics é o nosso produto. Exemplo neutro de execução de serviço: prestadores como CD Genomics pode realizar fluxos de trabalho de eccDNA RUO (por exemplo, digestão com exonuclease mais RCA) e fornecer relatórios de conteúdo de junção e gene com a QC apropriada, quando os projetos requerem apoio externo. Mencionado aqui apenas para contexto.

Figura 1: Esquema conceptual. O DNA cromossómico é longo e linear; os eccDNAs são pequenos círculos diversos frequentemente derivados de fragmentos cromossómicos; o mtDNA é um genoma circular separado nas mitocôndrias.

Figura 2: Desenho estilizado inspirado em EM/AFM. Pequenos eccDNAs aparecem como laços finos; um laço maior representa ecDNA associado ao câncer. Este é um esboço ilustrativo, não uma micrografia.

Planeamento prático para iniciantes (RUO)

Para tornar os conceitos concretos, aqui estão dois mini-projetos e uma lista de verificação de resolução de problemas que os iniciantes podem adaptar apenas para fins de pesquisa.

Mini-projeto 1: Perfilagem de pilhas numa linha celular de cancro

• Objetivo: Detectar ecDNA que transporta um oncogene (por exemplo, EGFR) numa linha de glioblastoma.
• Rota: Preparar núcleos, realizar digestão com exonuclease para remover DNA linear, depois RCA para amplificar círculos; construir uma biblioteca Illumina.
• Saída esperada: Círculo de chamadas com coordenadas de junção; cobertura elevada sobre o EGFR; suporte de leitura dividida entre junções.
• Validação: PCR orientada para fora na junção e sequenciação Sanger; FISH opcional para localização.
• Notas: As condições de RCA podem enviesar para círculos pequenos; considere a deteção complementar baseada em Tn5 de junções e, se os recursos permitirem, a validação de leituras longas para estruturas maiores.

Figura 3. Fluxo de trabalho piloto para perfilagem de ecDNA em uma linha celular cancerígena.

Mini-projeto 2: Detetar uma junção circular a partir de leituras divididas (ATAC-seq)

• Objetivo: Identificar junções de pré-amplificação na mesma linha utilizando assinaturas de ATAC-seq.
• Rota: Realizar ATAC-seq; analisar para leituras divididas e pares voltados para fora que mapeiam de forma não linear; sinalizar candidatos próximos ao EGFR.
• Candidatos a junções corroborados por PCR inversa; potenciais pontos quentes onde o ecDNA surge posteriormente.
• Notas: O ATAC-seq captura a cromatina acessível; a profundidade e os filtros bioinformáticos são importantes. Veja o contexto metodológico em Kumar (2020).

Caixa de resolução de problemas: armadilhas comuns e controlos

• Carregamento de mtDNA: Como o mtDNA é circular, uma limpeza incompleta pode aumentar os sinais de "círculo". Inclua quantificação específica de mtDNA como um verificador de fundo.
• Digestão exonuclease incompleta: O DNA linear residual pode imitar assinaturas de junção. Utilize controlos de plasmídeo adicionados para quantificar as proporções circular:linear e otimizar a digestão.
• Artefatos de concatenação RCA: A sobre-amplificação pode criar quimeras artificiais. Titule phi29, limite o tempo de reação e inclua limpeza pós-RCA. Considere o enriquecimento não-RCA para pequenos círculos quando os artefatos dominam.
• Viés de restrição/tagamento: Enzimas como a MspI impõem preferências de motivos. Se o seu estudo envolve conteúdo diferencial de motivos, considere métodos complementares.
• Profundidade/comprimento de sequenciação insuficiente: Profundidade rasa não captura junções; adicione leituras longas ou PCR inversa para alvos chave.

Princípios de bioinformática: de leituras a círculos

Os iniciantes costumam perguntar: "Como serão os resultados?" Aqui está um mapa conciso dos resultados esperados e das ferramentas comuns.

Lógica de deteção (leitura curta)

• Leituras divididas: leituras únicas que se alinham a dois segmentos genómicos adjacentes que não são contíguos na referência, cruzando a junção circular.
• Pares discordantes: orientações e distâncias de pares de mate que sugerem uma fusão em laço.
• Suporte de junção: contagem de ferramentas que suportam leituras e estimativa de confiança; PCR para fora fornece validação ortogonal.

Ferramentas que encontrarás

• O Circle-Map e ferramentas relacionadas de leitura curta reportam círculos candidatos com coordenadas, comprimentos e métricas de suporte de leitura. Veja uma discussão integrada em Fang (2024) sobre eccDNA-pipe e comparações de ferramentas.
• AmpliconArchitect (AA) reconstrói estruturas amplificadas, comumente utilizadas para amplicons de ecDNA no câncer.
• Os fluxos de trabalho de leitura longa (por exemplo, CReSIL) ajudam a percorrer grandes círculos e mapear rearranjos internos. Veja notas comparativas em Gao (2024).

Campos de relatório esperados (modelo mínimo)

• ID do círculo e coordenadas genómicas (por exemplo, hg38 chr7:54.000.000–54.250.000).
• Suporte de leitura de junção (leituras divididas, pares discordantes) e pontuação de confiança.
• Composição de comprimento e sequência (repetições, potenciadores, sobreposição de genes).
• Metadados de amostra (linha celular, tratamento) e condição.
• Estimativa do número de cópias ou métricas de abundância baseadas na cobertura.

Relatório e padrões de qualidade (lista de verificação para iniciantes)

• Eficiência de enriquecimento: Documentar as proporções circulares:lineares utilizando plasmídeos spike-in ou referências endógenas (mtDNA), visando altas proporções pós-enriquecimento para garantir especificidade.
• Taxas de fundo/quiméricas: Acompanhar potenciais artefatos de concatenação de RCA e chamadas de junção com baixo suporte; considerar validação ortogonal.
• Reproduzibilidade: Relatar a concordância de réplicas e as contagens de eccDNA por amostra normalizadas à profundidade de sequenciação.
• Validação: Incluir confirmação PCR/Sanger externa para junções representativas; FISH opcional para localização de ecDNA grande.

Figura 4: Exemplo de estilo Circos de cor da marca. A faixa verde indica contagens hipotéticas de eccDNA; as marcas azuis indicam sobreposições de genes. Os pontos quentes perto de oncogenes conhecidos e regiões ricas em repetições estão rotulados para orientação.

Leitura opcional seguinte na série: uma exploração mais profunda sobre pipelines, filtragem de artefatos e padrões de relatório em Bioinformática para eccDNA: deteção, filtragem e reporte.

Se planeia subcontratar a análise, peça um pacote de resultados que inclua coordenadas de junção, métricas de suporte de leitura e anotações de genes — muitas equipas recorrem à CD Genomics para Análise bioinformática de NGS para produzir relatórios prontos para publicação.

Considerações sobre o desenho do estudo: tipos de amostras, profundidade e controlos (RUO)

Planejar um estudo que gere dados de eccDNA interpretáveis resume-se a três decisões práticas: quais amostras irá analisar, quão profundamente irá sequenciar e quais controlos irá incluir.

Tipos de amostras e recolha

• Células cultivadas: Fornecem núcleos limpos para fluxos de trabalho baseados em exonucleases; fáceis de escalar e replicar.
• Tecido tumoral: A heterogeneidade complica a interpretação; considere microdissecação ou adaptações de célula única se viável.
• Plasma/cfDNA: Amostragem não invasiva; espera-se picos de tamanho de círculo distintos e um fundo mais elevado; a limpeza enzimática é crítica.

Opções de profundidade e plataforma

• Leitura curta (Illumina): Comum para Circle-Seq; alvo de profundidade suficiente para detetar círculos de baixa abundância e suportar chamadas de junção robustas.
• Leitura longa (ONT/PacBio): Aumenta a confiança em círculos grandes e estruturas complexas; planeie ter uma cobertura superior a 10X nos alvos de interesse sempre que possível.
• ATAC-seq adjunto: Útil para sinalizar junções e regiões acessíveis que podem preceder a amplificação de ecDNA.

Controlo e QC

• Spike-ins: Spike-ins de plasmídeos para estimar a eficiência de enriquecimento circular e monitorizar perdas.
• Controles negativos: Amostras de digestão fictícia para revelar a remoção incompleta de DNA linear; controles sem template para detectar artefatos de amplificação.
• Validação ortogonal: PCR externa e Sanger; FISH ou eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) opcionais para verificações de pureza.

Para métricas de QC em projetos de eccDNA—eficiência de enriquecimento, fundo, reprodutibilidade—consulte o guia da série em Métricas de qualidade para sequenciação de eccDNA.

FAQ para leitores de eccDNA pela primeira vez

• Os eccDNAs e ecDNA significam a mesma coisa? Não. "eccDNA" é o termo geral que abrange diversas moléculas de DNA circular. "ecDNA" refere-se geralmente a grandes círculos que contêm amplificações, comuns no câncer, que frequentemente transportam oncogenes inteiros. Para distinções de tamanho/função, veja Wang (2024) e Zhou (2024).
• Os pequenos eccDNAs são apenas artefatos da preparação da biblioteca? Não, de forma geral. Múltiplos ensaios — incluindo enriquecimentos não-RCA e deteção de junções ATAC-seq — suportam a existência de pequenos eccDNAs em diversos contextos. A escolha do método e os controlos são importantes para evitar concatémeros RCA ou limpeza incompleta de DNA linear. Veja as discussões metodológicas em Yu (2023) e Kumar (2020).
• Que amostras podem ser perfiladas? Muitas: células cultivadas, tecidos e até plasma/cfDNA. Estudos de plasma utilizando exonuclease V (ExoV) mais enzimas de restrição (por exemplo, MspI) relataram picos de tamanho distintos para eccDNA em comparação com cfDNA linear, refletindo a periodicidade nucleossomal. Veja Sin (2020) na PNAS.
• Como posso validar chamadas de círculos? Use PCR voltada para fora em cruzamentos e sequenciação Sanger; FISH pode localizar grandes ecDNA; sequenciação de longas leituras ou PCR inverso podem fornecer confirmação adicional.
• Existe uma base de dados de círculos conhecidos? Agregadores como o CircleBase V2 e o eccDNABase compilam coordenadas, anotações e metadados de amostras entre espécies. Veja CircleBase V2 (2025) e eccDNABase (2024).

Conclusão e próximos passos (RUO)

A sequenciação de eccDNA expande a forma como vemos a estrutura e a variabilidade do genoma. Ao medir junções, conteúdo genético e amplificação além dos cromossomos, os investigadores podem acompanhar como os círculos moldam a heterogeneidade do câncer e explorar os seus papéis na biologia somática e no envelhecimento. O impulso do campo—visível nas publicações "eccdna nature"—vem da conexão de evidências claras (junções, conteúdo genético, número de cópias) a questões biológicas significativas.

Se está a planear um projeto RUO e precisa de apoio externo, fornecedores como a CD Genomics oferecem serviços relevantes. Explore soluções de Investigação em Oncologia. na CD Genomics e abrangente Serviços de bioinformática discutir o desenho do estudo e as necessidades de reporte.

Para um aprendizado mais profundo nesta série:

• Métodos e controlos: Escolhendo métodos de enriquecimento de eccDNA
• Guia de laboratório de ponta a ponta: Fluxo de trabalho experimental para sequenciação de eccDNA
• Aplicações do câncer: eccDNA no câncer
• Envelhecimento e biologia somática: eccDNA em células somáticas e envelhecimento
• Bioinformática e relatórios: Bioinformática para eccDNA: deteção, filtragem e reporte
• QC e reprodutibilidade: Métricas de qualidade para sequenciação de eccDNA

Para apoio ao projeto RUO—design do estudo, sequenciação e relatórios subsequentes—contacte a CD Genomics. Soluções de pesquisa em oncologia e Soluções de análise de dados genómicos discutir o âmbito experimental e os entregáveis.

Referências:

1. Wang, X. et al., "Desvendando os mistérios do DNA circular extracromossómico" (revisão, 2024) — revisão autoritativa de acesso aberto que resume as classes, tamanhos e funções do eccDNA; veja Revisão de Wang 2024 (PMC).
2. Zhou, Y., "Características do ecDNA e distribuição tumoral" (Frontiers in Genetics, 2024) — discussão sobre definições de ecDNA e prevalência tumoral; veja Zhou 2024, Fronteiras em Genética.
3. Zeng, W. et al., "Paisagem do eccDNA na hematopoiese normal e na evolução da leucemia" (Genome Research, 2022) — artigo de acesso aberto sobre a distribuição de eccDNA nos tecidos; veja Zeng 2022, Pesquisa Genómica (PMC).
4. Zhao, X. et al., "Papéis do DNA circular extracromossómico e associação com tumores" (eLife, 2022) — revisão da biologia do eccDNA e ligações com doenças; veja Zhao 2022, eLife.
5. Kumar, P. et al., "ATAC-seq identifica junções de DNA circular extracromossómico" (Science Advances, 2020) — demonstra assinaturas de ATAC-seq para deteção e validação de junções de eccDNA; veja Kumar 2020, Science Advances e o registo de acesso aberto Kumar et al. (PMC).
6. Yu, L. et al., "Variações e insights práticos do Circle-Seq" (revisão de métodos, 2023) — notas práticas sobre a síntese e validação do Circle-Seq; veja Yu 2023 (PMC).
7. Møller, H.D., "Protocolo Circle-Seq" (Nature Protocols / PubMed, 2020) — protocolo original Circle-Seq e orientação passo a passo; veja Protocolo Møller 2020 (PubMed).
8. Fang, Z. et al., "eccDNA-pipe e comparações de ferramentas" (Briefings in Bioinformatics, 2024) — fluxo de trabalho integrado e avaliação de ferramentas para deteção de eccDNA; veja Fang 2024, Briefings em Bioinformática.
9. Gao, Y. et al., "Compromissos de reconstrução e enriquecimento de leituras longas (CReSIL)" (comparação de métodos, 2024) — discussão sobre o desempenho de reconstrução e enriquecimento de leituras longas; veja Gao 2024 (PMC).
10. Sin, H.S. et al., "Enriquecimento de eccDNA plasmático utilizando ExoV e enzimas de restrição" (PNAS, 2020) — métodos e observações do perfil de tamanho para eccDNA plasmático; veja Sin 2020, PNAS.
11. Instituto Nacional do Câncer, Programa de Genómica do Câncer — "visão geral do ecDNA e implicações" (blogue NCI CCG, 2022) — resumo acessível da biologia do ecDNA no câncer; veja Visão geral do ecDNA do NCI CCG (2022).
12. CircleBase V2 — base de dados eccDNA curada (artigo de 2025/PMC) — coordenadas e anotações agregadas de vários estudos; veja CircleBase V2 (PMC).
13. eccDNABase — descrição e recurso abrangente da base de dados de eccDNA (MBE/OUP) — veja eccDNABase (2024/2025, MBE).

Autor

Yang H. — Cientista Sénior, CD Genomics; Universidade da Florida.

Yang é um investigador em genómica com mais de 10 anos de experiência em investigação em genética, biologia molecular e celular, fluxos de trabalho de sequenciação e análise bioinformática. Habilidoso tanto em técnicas de laboratório como na interpretação de dados, Yang apoia o design de estudos RUO e projetos baseados em NGS.