Como Usar DAP-Seq para Estudos de Fatores de Transcrição em Organismos Não Modelo?

O que é a Análise de Fatores de Transcrição?

a análise dos tipos, papéis funcionais, forças de influência e locais de ligação (TFBS) dos fatores de transcrição é a chave para a investigação sobre fatores de transcrição. No estudo dos fatores de transcrição com base nos TFBS, ChIP-seq geralmente utilizado para minerar TFBS e genes-alvo relacionados, mas devido à limitação de anticorpos, o ChIP-seq não funciona bem em organismos não-modelo. Neste momento, outro ensaio torna-se a primeira escolha para a pesquisa de TFBS em organismos não-modelo, que é DAP-seqNa investigação real, um ensaio de transcriptoma é geralmente adicionado juntamente com DAP-seq para formar um esquema de associação multi-óptica de transcriptoma + DAP-seq.

O que é DAP-seq?

DAP-seq pode ser considerado como uma espécie de expansão e profundidade da "análise de fatores de transcrição" na análise do transcriptoma; DAP-seq estuda a sequência de ligação ao DNA e os potenciais genes-alvo de um determinado fator de transcrição, enquanto o RNA-seq estuda os genes diferenciais entre amostras. DAP-seq estuda as sequências de ligação ao DNA e os potenciais genes-alvo de um fator de transcrição, enquanto RNA-seq estuda os genes diferenciais entre amostras. Além disso, o DAP-seq é uma ferramenta de genómica baseada em experimentos que identifica genes-alvo regulatórios de forma mais precisa. Transcritosómica e DAP-seq complementam-se na análise da relação entre a rede regulatória de fatores de transcrição e genes-alvo, e conseguem identificar com precisão os genes centrais com contribuição significativa para o fenótipo.

Fluxo de trabalho de Bioinformática do DAP-Seq – CD Genomics

Por favor, consulte o nosso serviço. Serviço DAP-Seq (sequenciação por purificação de afinidade de DNA).

Se quiser saber mais sobre DAP-seq, por favor leia o nosso artigo. O que é DAP-Seq.

Estudo de Caso: Mecanismo Regulatório do Fator de Transcrição Cswrky33 para Resistência a Doenças Causadas pelo Mofo Verde dos Cítricos

Os autores realizaram um ensaio de transcriptoma para identificar fatores de transcrição que respondem significativamente à infecção por mofo verde em citrinos, e finalmente identificaram o CsWRKY33 como um fator de transcrição chave no mecanismo de resistência à doença dos citrinos.

Assim, para identificar o local de ligação ao DNA do CsWRKY33 no genoma e, em seguida, identificar os genes-alvo correspondentes, os autores utilizaram a técnica DAP-seq para identificar os genes-alvo relacionados ao CsWRKY33. A técnica DAP-seq foi utilizada para identificar os genes-alvo relacionados ao CsWRKY33, ou seja, o fator de transcrição CsWRKY33 foi expresso in vitro, e a reação de reconhecimento-ligação-precipitação da sequência foi realizada com o genoma extraído de citrinos como substrato da reação. As sequências precipitadas são então convertidas e os genes-alvo relevantes que se ligam ao CsWRKY33 são assim identificados.

Transcritos e análise DAP-seq. (Wang et al., 2023)

No DAP-seq, é possível obter informações sobre a sequência, tipo e distribuição dos locais de ligação relacionados ao CsWRKY33, bem como a análise das sequências de motivos significativamente enriquecidas. A partir dos resultados acima, foi encontrado que o CsWRKY33 é um fator de transcrição típico que se liga a promotores de DNA e regula a atividade gênica, sendo o seu principal local de ligação a W-box (uma região altamente conservada). Um total de 40.365 genes de pico foram identificados, com um comprimento médio de 294 pb, representando 3,63% do genoma.

Referência:

1. Wang, Wenjun, et al. "Um fator de transcrição auto-regulado CsWRKY33 aumenta a resistência dos frutos cítricos ao Penicillium digitatum." Biologia e Tecnologia Pós-Colheita 198 (2023): 112267.