A Sequenciação de RNA de Alto Rendimento Mais Rápida e Mais Barata

19 de abril de 2019

ilustração do método BRB-seq. [B. Deplancke/EPFL]

As análises de expressão génica em todo o genoma por sequenciação de RNA (RNA-seq) tornaram-se rapidamente um padrão na biologia molecular devido à ampla disponibilidade de tecnologias de sequenciação de alto débito. No entanto, a sequenciação de RNA continua a ser cara e demorada, pois requer primeiro a preparação dispendiosa de uma biblioteca genómica inteira—o pool de ADN gerado a partir do RNA das células—enquanto os dados em si também são difíceis de analisar. Tudo isto torna a sequenciação de RNA difícil de realizar, tornando a sua adoção não tão generalizada quanto poderia ser.

Investigadores do laboratório de Bart Deplancke, PhD, no Instituto de Bioengenharia da École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL) afirmam ter desenvolvido um novo método chamado Barcoding e sequenciação de RNA em massa (BRB-seq), que utiliza o que é conhecido como "barcoding de amostras" ou "multiplexação". Eles mostram que o BRB-seq é cerca de 25 vezes menos caro do que a tecnologia convencional de sequenciação de RNA comercial, permitindo a geração de bibliotecas prontas para sequenciação para até 192 amostras em um dia, com apenas 2 horas de trabalho prático.

Entre as suas muitas vantagens, o BRB-seq é rápido e preserva a especificidade da fita, notaram os cientistas. Assim, o BRB-seq oferece uma abordagem de baixo custo para realizar transcriptómica em centenas de amostras de RNA, o que pode aumentar o número de réplicas biológicas (e, portanto, a precisão experimental) em uma única corrida, explicou Deplancke, cujo trabalho da equipa (“BRB-seq: transcriptómica de alto rendimento ultra-acessível possibilitada pela marcação e sequenciação de RNA em massa”) aparece na Genome Biology.

Em termos de desempenho, os cientistas descobriram que o BRB-seq pode detetar o mesmo número de genes que a tecnologia comercial à mesma profundidade de sequenciação e que a técnica produz dados fiáveis mesmo com amostras de RNA de baixa qualidade (até um valor de RIN = 2). Além disso, gera dados transcriptómicos em todo o genoma a um custo comparável ao de perfilar quatro genes usando RT-qPCR, que é atualmente um método padrão, mas de baixo rendimento, para medir a expressão génica, segundo Deplancke. Portanto, eles antecipam que o BRB-seq ou uma abordagem comparável se tornará a longo prazo o padrão em qualquer laboratório de biologia molecular e substituirá o RT-qPCR como a primeira opção de perfilagem da expressão génica.

Mas os investigadores também disseram que ainda há dificuldades em adaptar e validar protocolos para a caracterização fiável e económica de amostras de RNA em massa—que é o que enfrentam ao tentar analisar o transcriptoma de células ou tecidos.