Serviço de Genotipagem de SNP por PCR-LDR

Com o avanço das técnicas de genómica e biologia molecular, tecnologias de marcadores moleculares de alto rendimento, como os chips SNP e Genotipagem por Sequenciação (GBS) baseado em sequenciação de segunda geração têm sido desenvolvidas. Estas tecnologias apresentam uma promessa considerável em uma variedade de áreas de pesquisa, incluindo a identificação de loci SNP entre diversos materiais genéticos, a seleção de fundos genéticos na melhoramento de culturas, e estudos de associação em todo o genomaNo entanto, a sua aplicação na seleção assistida por marcadores moleculares para culturas é dificultada pelos custos relativamente elevados e pela complexidade dos procedimentos experimentais envolvidos.

Na implementação prática da seleção assistida por marcadores moleculares para culturas, numerosos loci polimórficos funcionais associados a características agronómicas chave são frequentemente utilizados. Para tal, são concebidos marcadores moleculares baseados na tecnologia PCR para estes loci, facilitando assim a seleção assistida de linhagens genéticas.

O que é a Tecnologia de Reação de Detecção de Ligase (LDR)?

A tecnologia de Reação de Detecção por Ligase (LDR) é uma técnica molecular altamente precisa utilizada para a identificação de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) no DNA. Esta técnica baseia-se na utilização da ligase de DNA Taq, uma enzima que facilita a ligação de sondas oligonucleotídicas. A ligação ocorre exclusivamente quando estas sondas são perfeitamente complementares à sequência de DNA alvo, garantindo continuidade sem lacunas. Na presença de incompatibilidades, como substituições de bases ou inserções/deleções, a ligação não prossegue.

O processo LDR envolve dois passos principais: a hibridação de sondas ao DNA alvo e a subsequente ligação dessas sondas ao alcançar uma correspondência perfeita. Após a ligação, são utilizados a varredura por fluorescência e a eletroforese em gel para analisar os tamanhos dos fragmentos e detectar variações na sequência de DNA. Esta técnica proporciona alta resolução e especificidade na deteção de SNPs ao examinar diferenças de bases nos terminais das sondas.

Introdução do Serviço de Genotipagem de SNP por PCR-LDR

A CD Genomics oferece um serviço avançado de genotipagem de SNP por PCR-LDR, projetado para fornecer uma análise genética de alta precisão. Este serviço combina a reação em cadeia da polimerase (PCR) com a tecnologia LDR para identificar com precisão SNPs em múltiplos loci simultaneamente. A integração desses métodos garante um desempenho robusto em Genotipagem de SNPs, particularmente no contexto de amostras genéticas diversas e complexas.

O nosso serviço de PCR-LDR aproveita a alta especificidade do LDR para detectar variações genéticas minúsculas, juntamente com a capacidade de amplificação do PCR. Esta abordagem é bem adequada para uma ampla gama de aplicações, que vão desde a investigação básica até estudos genéticos aplicados, e garante resultados fiáveis e precisos.

Métodos de Genotipagem de SNPs

Sequenom MassArray

O Método Sequenom MassArray emprega espectrometria de massa para detectar SNPs medindo a massa dos produtos de PCR. Embora seja altamente precisa, o método pode ser dispendioso e é tipicamente reservado para análises de alto rendimento.

Genotipagem de SNPs SNaPshot Multiplex

Esta técnica utiliza didesoxinucleotídeos marcados com fluorescência para determinar os genótipos de SNP. Facilita a análise multiplex de múltiplos SNPs numa única reação. No entanto, a interpretação dos dados resultantes pode ser complexa, exigindo habilidades analíticas avançadas.

LDR (PCR-LDR)

A tecnologia LDR, tal como implementada no nosso serviço PCR-LDR, envolve a utilização de uma enzima ligase de alta temperatura para reconhecer SNPs através da ligação de sondas que correspondem perfeitamente. Este método garante uma precisão excecional e pode ser adaptado a vários loci de SNP, tornando-o adequado para análises de baixo e médio rendimento.

Sequenciação Direta

A sequenciação direta fornece informações detalhadas ao sequenciar o DNA diretamente. Embora este método seja altamente preciso, tende a ser mais intensivo em recursos em comparação com outros. genotipagem técnicas, muitas vezes limitando a sua aplicação a contextos específicos onde tal detalhe é essencial.

Vantagens do Serviço de Genotipagem de SNP por PCR-LDR

• Universalidade: Aplicável para a genotipagem de qualquer locus polimórfico e vários loci SNP, sem a necessidade de introdução de locais de enzimas de restrição.
• Digitação Precisa com Altas Taxas de Detecção: A precisão pode ultrapassar 99,2%.
• Deteção Rápida: A vantagem mais significativa da tecnologia LDR é o seu curto tempo experimental. Comparado com RFLP, SSCP e DHPLC, a tecnologia LDR permite um controlo mais fácil das condições de deteção, resultando numa duração experimental total de apenas algumas semanas.
• Experimentação Flexível, Altas Taxas de Detecção e Ciclos Experimentais Curtos.
• Dupla garantia baseada em hibridização e reações de ligação, assegurando resultados precisos.
• Controlo de qualidade rigoroso durante o processo experimental e um controlo de replicados de 10%, garantindo a precisão dos resultados.
• Adequado para escalas de tipagem de SNP de média a baixa, recomendado para uso com até 30 loci de SNP e tamanhos de amostra inferiores a mil.

Aplicações da Genotipagem de SNP por PCR-LDR

Esta tecnologia de deteção é bem adequada para várias escalas de testes SNP de médio a baixo rendimento, incluindo estudos de localização de loci de características quantitativas (QTL), análise de associação de genes ou loci candidatos, melhoramento molecular e outras aplicações relacionadas.

• Pesquisa Genética: A genotipagem de SNP por PCR-LDR é essencial na investigação genética para identificar variações genéticas associadas a características ou doenças. Apoia estudos em genética de populações, biologia evolutiva e genómica funcional.
• Criação Molecular: Na agricultura, o nosso serviço PCR-LDR facilita a reprodução molecular ao identificar SNPs associados a características desejáveis. Esta aplicação ajuda no desenvolvimento de novas variedades de plantas com características melhoradas.
• Genética Clínica: O serviço é valioso para a investigação clínica e diagnósticos, ajudando a identificar marcadores genéticos relacionados a várias doenças e condições. Apoia a medicina personalizada ao fornecer informações sobre predisposições genéticas e alvos terapêuticos.
• Análise Forense: A tecnologia PCR-LDR é útil na ciência forense para analisar amostras de DNA degradadas, como as encontradas em cenas de crime. A sua sensibilidade e precisão tornam-na uma ferramenta eficaz para investigações forenses.

Fluxo de Trabalho da Tecnologia de Genotipagem de SNP por PCR-LDR

• Amplificação de PCR Multiplex: Obtenção do fragmento onde o locus alvo está localizado.
• Multiplex LDR: Produção de produtos de deteção de comprimentos variados.
• Sequenciação: Diferentes picos são obtidos com base na eletroforese de sequenciação.
• Interpretação de resultados de SNP e análise de dados.

Especificações do Serviço

	Requisitos de Amostra DNA genómico: Volume > 20 μL, concentração ≥ 200 ng/µL Sangue > 500 μL Célula ou tecido: célula ≥ 105tecido ≥ 100 mg, tamanho de soja. As amostras de ADN requerem um OD260/280 o mais próximo possível de 1,8~2,0. Todo o DNA deve ser tratado com RNase e não deve apresentar degradação ou contaminação. Nota: Os montantes de amostra são indicados apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.
Clique	Estratégia de Sequenciamento ABI3730xl Taxa de deteção: >95% Taxa de precisão: >98%
	Análise Bioinformática Fornecemos múltiplas análises de bioinformática personalizadas: Análise de Picos de Sequenciamento Chamada de Genótipo Controlo de Qualidade Análise Estatística Nota: Os dados recomendados e os conteúdos de análise apresentados são apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.

Pipeline de Análise

Entregáveis

• Resultados experimentais
• Relatório de análise de dados
• Detalhes na Genotipagem de SNP por PCR-LDR para a sua escrita (personalização)

A CD Genomics oferece um serviço completo de genotipagem de SNPs por PCR-LDR, gerindo tudo, desde a preparação de amostras e amplificação por PCR até à deteção e análise precisa de SNPs. Fornecemos design de sondas personalizado e soluções adaptadas às suas necessidades de investigação. Para mais detalhes ou para discutir o seu projeto, por favor, contacte a nossa equipa.

Resultados da Demonstração

Os resultados parciais estão apresentados abaixo:

FAQs sobre o Serviço de Genotipagem de SNP por PCR-LDR

1. Que tipos de amostras podem ser analisadas utilizando o serviço de genotipagem de SNP por PCR-LDR?

O serviço de genotipagem de SNP por PCR-LDR é experiente na análise de uma ampla variedade de tipos de amostras, incluindo sangue, tecido e saliva. A sua eficácia estende-se a amostras de DNA degradado, demonstrando a robustez da tecnologia PCR-LDR em várias condições de amostra.

2. Quantos SNPs podem ser analisados em um único experimento?

O nosso serviço está equipado para analisar até 30 SNPs em um único experimento. Esta capacidade torna-o altamente adequado para projetos de média escala e estudos genéticos extensos que exigem uma análise precisa de SNPs.

3. Qual é o tempo de resposta para os resultados?

Geralmente, os resultados são fornecidos dentro de algumas semanas. Este tempo de resposta acelerado deve-se ao fluxo de trabalho eficiente e às capacidades de processamento rápido inerentes ao nosso serviço de PCR-LDR, garantindo a entrega atempada de dados genéticos.

4. Como é garantida a precisão dos resultados?

Para garantir a precisão, são implementadas medidas rigorosas de controlo de qualidade, incluindo a reanálise de 10% das amostras. Além disso, a alta precisão da tecnologia LDR reforça significativamente a fiabilidade dos resultados.

Estudos de Caso do Serviço de Genotipagem de SNP por PCR-LDR

A associação entre o polimorfismo pre-miR-27a rs895819 e o risco de enfarte do miocárdio numa população Han chinesa

Jornal: Lipídios na saúde e na doença

Fator de impacto: 4.5

Publicado: 06 de Janeiro de 2018

Fundo

O infarto do miocárdio (IM) é um desafio significativo de saúde na China, envolvendo fatores ambientais e genéticos. Este estudo utilizou PCR-LDR para realizar genotipagem de SNP em 287 pacientes com IM e 646 controles. Identificou que o SNP pre-miR-27a rs895819 está associado à suscetibilidade ao IM na população Han chinesa, afetando provavelmente os níveis de HDL-C.

Materiais e Métodos

Resultados

Distribuição de Genótipos: As distribuições de genótipos seguiram o equilíbrio de Hardy-Weinberg nos controlos, indicando que não há estratificação populacional.

Tabela 1 Associações multivariadas do pre-miR-27a rs895819 com o risco de IM

Associação com o risco de IAM: Os genótipos AG e AA do pré-miR-27a rs895819 estavam associados a um risco reduzido de IAM em comparação com o genótipo GG. Outros polimorfismos de miRNA não mostraram associação significativa.

Tabela 2 Associações multivariadas do pre-miR-27a rs895819 com o risco de IM por estratificação adicional por idade, género, tabagismo e consumo de álcool

Análise Estratificada: O risco reduzido de MI associado aos genótipos AG+AA foi mais evidente em indivíduos mais jovens, homens e fumadores.

Tabela 3 Análise ANOVA da associação entre o pre-miR-27a rs895819 e os níveis de TG, TC, LDL-C e HDL-C

Perfil Lipídico: Os genótipos AG e AA do pré-miR-27a rs895819 estavam associados a níveis mais elevados de HDL-C em comparação com o genótipo GG.

Conclusão

Em conclusão, os genótipos AG e AA do pré-miR-27a rs895819 estão associados a um risco reduzido de infarto do miocárdio na população Han chinesa, especialmente entre indivíduos mais jovens, homens e fumadores. Esta associação pode estar relacionada a níveis mais elevados de HDL-C. São necessárias mais pesquisas para validar estas descobertas e compreender os mecanismos subjacentes.

Referência:

1. Cai MY, Cheng J, Zhou MY, Liang LL, Lian SM, Xie XS, Xu S, Liu X, Xiong XD. A associação entre o polimorfismo rs895819 do pré-miR-27a e o risco de infarto do miocárdio numa população Han chinesa. Lípidos na saúde e na doença. 2018, 17:1-8.