Perguntas Frequentes

Para RNA-seq, o Trizol é mais comumente utilizado, podendo apenas usar o método de Clorofórmio/Fenol para purificação conforme indicado no kit de Trizol. Outro método mais fácil é utilizar o kit comercial (por exemplo, Qiagen RNeasy Mini Kit). Além disso, para isolar RNA total de amostras de plantas, recomendamos o Qiagen RNeasy Plant Mini Kit.
Para sequenciação de miRNA, pode isolar a sua amostra de RNA com um Kit de Isolamento de miRNA mirVana™ ou o kit da Qiagen. No entanto, preferimos receber uma amostra de RNA Total para que possamos realizar o controlo de qualidade no Bioanalyzer para verificar a qualidade do RNA antes de iniciar a construção da biblioteca.
Para outros serviços, geralmente não existem kits preferenciais de isolamento de DNA/RNA, desde que os requisitos mínimos para controlo de qualidade sejam cumpridos.

Ao utilizar abordagens de transporte adequadas, o transporte não afetará a condição da amostra. Para amostras de DNA, a maioria do DNA é estável no gelo durante alguns dias, não sendo necessário o uso de gelo seco. Para amostras de RNA, o RNA é muito menos estável do que o DNA, podendo ser enviado com gelo seco, com precipitado de etanol ou utilizando o reagente RNAstable. Para amostras de tecido, pode enviar em reagentes RNAlater e transportar à temperatura ambiente.
Por favor, sele cada tubo de frasco para prevenir absolutamente fugas, quebras e evaporação, e recomenda-se um recipiente secundário.

Forneceremos aos clientes o relatório de QC em cada uma das etapas principais, ou seja, QC da amostra inicial de entrada, QC da preparação da biblioteca e QC dos dados brutos para detetar a qualidade de sequenciação. No entanto, certifique-se de realizar o seu próprio controlo de qualidade antes de enviar as amostras, a fim de evitar atrasos ou outros problemas no processamento.
Para monitorizar o controlo de qualidade do sequenciamento, será utilizado o Controlo PhiX. O Controlo PhiX da Illumina pode ser utilizado como um controlo positivo no processo de clustering. Se ocorrer um problema na preparação da amostra, o PhiX ainda gera clusters. Estes clusters ajudam a discernir se a falta de clusters se deve a uma falha na preparação da amostra ou a uma falha no processo de geração de clusters. E repetiremos a etapa de sequenciamento se a falha se dever à corrida de sequenciamento.

Normalmente, realizaríamos o controlo de qualidade das amostras utilizando o Qubit, NanoDrop e Gel de Agarose para detetar a quantidade da amostra e utilizando o Agilent Bioanalyzer (padrão da indústria) para determinar o Número de Integridade do RNA (RIN).
O controlo de qualidade da biblioteca também será realizado utilizando o Agilent Bioanalyzer para determinar o tamanho e a pureza da biblioteca. Além disso, antes de carregar as bibliotecas no sequenciador, realizamos a quantificação por qPCR. O custo para isto está incluído no serviço de sequenciação.
Para o controlo de qualidade (QC) dos dados finais gerados pelo nosso serviço de sequenciação, o software integrado geralmente faz o trabalho e fornece informações de QC adequadas; no entanto, também podemos fornecer dados adicionais de QC, como o FASTQC, mediante solicitação.

Para aumentar a confiança e reduzir o erro experimental, é fortemente sugerido que submeta pelo menos 3 réplicas para cada tratamento/grupo. Por favor, note que isto serve apenas como uma diretriz e o número final de réplicas e amostras deve ser determinado pelo utilizador final com base nas suas condições experimentais finais. Não fazemos bibliotecas de réplicas técnicas a partir da mesma amostra, uma vez que a tecnologia de sequenciação de próxima geração é altamente reprodutível.

Prestamos serviços de genotipagem de SNP em escala de genoma completo e em loci específicos.
Para genotipagem de SNPs em genoma completo, fornecemos sequenciação de genoma completo utilizando tecnologia de sequenciação de nova geração, e também fornecemos microarranjos de SNPs utilizando arranjos comerciais.
Para genotipagem de loci alvo, podemos utilizar várias tecnologias, incluindo genotipagem SNP MassARRAY, SNaPshot e tecnologia KASP através de sequenciação de nova geração. Podemos oferecer consultoria gratuita para desenhar abordagens adequadas para o seu projeto solicitado.

Em primeiro lugar, fazemos controlo de qualidade em cada etapa principal para garantir o sucesso do projeto. No entanto, a sequenciação pode falhar por várias razões, incluindo falhas da nossa parte, como mau funcionamento do instrumento, erro do técnico, e falhas por parte do cliente, como amostra impura ou experimento mal concebido. Faremos, na medida do possível, uma avaliação para determinar se uma análise falhada se deve a uma falha da nossa parte, e, nesses casos, poderemos repetir uma análise às nossas custas. Não seremos responsabilizados por falhas de sequenciação resultantes de erros ou problemas no laboratório do Cliente.