Serviço de Sequenciação do Genoma Completo De Novo

O que é De Novo Sequenciação do Genoma Completo

genoma completo de novo sequenciação, também conhecida como de novo sequenciação, permite a sequenciação de uma espécie sem depender de qualquer informação de sequência genética pré-existente. Através de métodos bioinformáticos, as sequências obtidas são montadas e alinhadas, resultando num mapa genómico detalhado da espécie em estudo. Esta abordagem facilita a aquisição de sequências genómicas completas para uma vasta gama de organismos, incluindo animais, plantas, bactérias e fungos, impulsionando assim a nossa compreensão e investigação destas espécies.

Ao finalizar o sequenciação do genoma completo processo, uma base de dados genómica abrangente pode ser estabelecida para a espécie em questão. Esta base de dados serve como uma plataforma robusta para estudos pós-genómicos subsequentes, aumentando a capacidade de realizar mineração de genes e trabalho de validação funcional de forma eficaz. O advento e a aplicação da próxima geração sequenciação de alto rendimento As tecnologias tornaram viável a obtenção das sequências genómicas de vários organismos de uma forma que é tanto económica como eficiente. Consequentemente, estes avanços estão a impulsionar significativamente a investigação e a expandir a nossa base de conhecimento nas ciências biológicas, abrangendo animais, plantas, bactérias e fungos.

No geral, a utilização de genoma completo de novo As técnicas de sequenciamento permitem a aquisição de sequências genómicas completas de vários organismos, como plantas e animais, estimulando assim esforços de investigação subsequentes relacionados com estas espécies. Após a conclusão do sequenciamento do genoma completo, pode ser estabelecido um banco de dados genómico abrangente para a espécie em questão. Este banco de dados serve como uma plataforma eficiente para estudos pós-genómicos, facilitando a descoberta de genes e a verificação funcional ao fornecer informações críticas sobre sequências de DNA.

Nosso De Novo Serviço de Sequenciação do Genoma Completo

A CD Genomic oferece uma solução completa para de novo serviços de sequenciação de genoma, abrangendo design experimental, preparação de amostras, sequenciação e análise bioinformática, com o objetivo de fornecer soluções genómicas para a sua investigação. O nosso de novo os serviços de sequenciação do genoma incluem:

• De novo sequenciação de genomas de animais e plantas.
• De novo sequenciação de genomas bacterianos.
• De novo sequenciação de genomas fúngicos.
• De novo sequenciação de metagenomas.

Vantagens do Nosso De Novo Serviço de Sequenciamento do Genoma Completo

• Vantagens da Plataforma: Obtenção de mapas genómicos de alta qualidade
• Sequenciação de alta profundidade, Alta precisão
• Conteúdo de análise de dados ricos: Análise padrão, análise avançada, análise personalizada.
• Experiência extensa em sequenciação e análise do genoma: Concluiu com sucesso numerosos projetos de sequenciação do genoma em larga escala.
• Soluções de sequenciação genómica personalizadas: Soluções de sequenciação genómica personalizadas podem ser adaptadas de acordo com requisitos específicos.

Aplicação de De Novo Sequenciação do Genoma Completo

• Obter a sequência de referência de uma espécie
• Estudar a origem e a história evolutiva de uma espécie
• Mineração de genes funcionais
• Estabelecimento de uma base de dados de espécies
• Pesquisa sobre o genoma de uma nova espécie
• Análise de estruturas genómicas complexas
• Genética populacional e diversidade genómica
• Genómica de doenças
• Genómica funcional e elementos regulatórios

Fluxo de trabalho de De Novo Sequenciação do Genoma Completo

Nosso De Novo O serviço de sequenciação do genoma completo começa com a extração de DNA, seguido de sequenciação de última geração e uma rigorosa análise bioinformática. Fornecemos uma montagem e anotação genómica precisas para descobrir insights genéticos de forma eficaz.

Especificações do Serviço

	Requisitos de Amostra Sequenciação do Genoma Completo: DNA genómico ≥ 500 ng Quantidade Mínima: 200 ng Concentração ≥ 10 ng/µL Sequenciação do Genoma Completo (sem PCR): DNA genómico ≥ 1 µg Quantidade Mínima: 500 ng Concentração ≥ 20 ng/µL Sequenciação do Genoma Completo (PacBio) DNA genómico ≥ 1 µg Concentração ≥ 80 ng/µL Sequenciação do Genoma Completo (Nanopore) DNA genómico ≥ 5 µg Concentração ≥ 20 ng/µL OD260/280=1,8~2,0 Todas as amostras de ADN são validadas quanto à pureza e quantidade. Nota: Os montantes de amostra são listados apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.
Clique	Estratégia de Sequenciamento Illumina HiSeq X Ten, PacBio SMRT ou Oxford Nanopore. Profundidade de cobertura ≥ 100x. Mais de 80% das bases com uma pontuação de qualidade ≥Q30. Tanto a biblioteca de extremidades emparelhadas como a biblioteca de pares de mate podem ser construídas na etapa de preparação da biblioteca.
	Análise Bioinformática Inquérito genómico Estimativa do tamanho do genoma Estimativa de heterozigosidade Estimativa de sequência repetida Pré-montagem do genoma Avaliação da qualidade da montagem Anotação do genoma Agrupamento de famílias de genes Análise evolutiva Estudos estruturais e funcionais Nota: Os dados recomendados e os conteúdos de análise apresentados são apenas para referência. Para informações detalhadas, por favor contacte-nos com os seus pedidos personalizados.

Pipeline de Análise

I. Análise de dados para animais e plantas de novo sequenciação do genoma

II. Análise de dados para bactérias e fungos de novo sequenciação do genoma

Entregáveis

• Os dados de sequenciação originais
• Resultados experimentais
• Relatório de análise de dados
• Detalhes em De Novo Sequenciação do Genoma Completo para a sua escrita (personalização)

Os resultados parciais estão mostrados abaixo:

1. Qual é a diferença entre de novo e montagem de referência?

De novo A montagem envolve a construção de uma sequência genómica do zero, sem depender de um genoma de referência pré-existente, o que é particularmente útil para espécies sem uma sequência genómica conhecida. A montagem de referência, por outro lado, utiliza uma sequência genómica existente como modelo para alinhar e mapear leituras de sequenciação, permitindo a identificação de variações genéticas no genoma estudado em relação ao referencial.

2. Como avaliar a qualidade do genoma de novo assembleia?

A qualidade do genoma de novo A montagem é frequentemente avaliada utilizando métricas como N50 de contigs e N50 de scaffolds. O valor N50 é determinado organizando os contigs ou scaffolds montados do maior para o menor e identificando o comprimento do contig ou scaffold no ponto em que o comprimento cumulativo ultrapassa 50% do comprimento total da montagem. Este valor fornece uma visão significativa sobre a continuidade e a completude das sequências montadas. Medidas adicionais como N70 e N90 são calculadas de forma semelhante, com os limiares percentuais ajustados para 70% e 90%, respetivamente. Estas métricas servem coletivamente para avaliar de forma abrangente a integridade e a fiabilidade da montagem do genoma.

3. É o ADN utilizado no sequenciamento de inquérito e no genoma completo. de novo a sequência precisa ser a mesma?

Em princípio, o DNA utilizado tanto para sequenciação de inquérito como para de novo a sequencia deve originar-se do mesmo indivíduo. Se a quantidade de DNA for insuficiente para o conjunto inteiro de novo no projeto de sequenciação, recomenda-se que o DNA para a biblioteca de leituras curtas venha do mesmo indivíduo. Para bibliotecas de leituras longas ou até ultra-longas de terceira geração, pode ser utilizado DNA de outro indivíduo dentro da mesma população.

Comparação de Arachis monticola com Genomas Diploides e Tetraploides Cultivados Revela Evolução Assimétrica do Subgenoma e Melhoria do Amendoim

Revista: Ciência Avançada

Fator de impacto: 15,804

Publicado: 28 de novembro de 2019

Fundo

O amendoim é uma leguminosa oleaginosa vital a nível global, originária da América do Sul e cultivada predominantemente na Ásia e em África. A sua evolução de espécies diploides selvagens para formas tetraploides cultivadas oferece insights sobre a evolução do genoma poliploide e a domesticação de culturas, fundamentais para melhorar a segurança alimentar e de óleo a nível global. Os autores utilizaram sequenciação do genoma e uma análise genómica abrangente para estudar a evolução e a domesticação do amendoim.

Materiais e Métodos

Resultados

O estudo re-sequenciou genomas de 17 diploides selvagens e 30 tetraploides selvagens/cultivados, realizando análises filogenéticas e de PCA para classificá-los em grupos selvagens e cultivados. Mostrou que os tetraploides cultivados evoluíram a partir de tetraploides selvagens. Uma duplicação do genoma completo ocorreu há cerca de 58 milhões de anos, acelerando a divergência de sequências em amendoins tetraploides. O estudo reconstruiu a evolução dos amendoins alótetraploides, destacando eventos de hibridação e domesticação há cerca de 4500 anos, impactando características agronómicas e de resistência.

Fig 1. Origens de subgenomas e análise filogenética de linhas de amendoim selvagem e cultivado.

Em amendoins tetraploides, a evolução assimétrica entre subgenomas foi evidente. As trocas de sequências favoreceram os subgenomas A em relação ao B, influenciando os tamanhos das famílias de genes e vias como a biossíntese de flavonoides. O viés de expressão durante o desenvolvimento das vagens indicou papéis divergentes dos subgenomas A e B. As pressões de seleção diferiram entre as formas selvagens e cultivadas, destacando os impactos assimétricos na evolução e expressão dos genes em amendoins.

Fig. 2. Evolução assimétrica do subgenoma de amendoins alotetraploides.

As SVs (deleções e inserções) influenciam a expressão gênica e os traços nos amendoins. A análise de pares homoeólogos revela diferentes pressões de seleção sobre os genes SV entre subgenomas durante a domesticação do amendoim, indicando padrões distintos de acumulação de SV e impactos evolutivos.

Fig 3. Acumulação assimétrica de SV de amendoins diploides selvagens para amendoins alotetraploides.

Conclusão

A sequência de alta qualidade do amendoim tetraploide selvagem preenche a lacuna genómica entre as espécies diploides e cultivadas, revelando uma evolução assimétrica nos subgenomas e fornecendo recursos valiosos para o estudo da evolução poliploide e da melhoria do amendoim.

Referência

1. Yin D, Ji C, Song Q, Zhang W, Zhang X, Zhao K, Chen CY, Wang C, He G, Liang Z, Ma X. Comparação de Arachis monticola com genomas diploides e tetraploides cultivados revela evolução assimétrica do subgenoma e melhoria do amendoim. Ciência Avançada. 2020, 7(4):1901672.