Jinyang Zhang, Lingling Hou, Zhenqiang Zuo, Peifeng Ji, Xiaorong Zhang, Yuanchao Xue & Fangqing Zhao
Publicado: 11 de março de 2021
Resumo: A reconstrução da sequência de RNAs circulares (circRNAs) a partir de leituras de sequenciamento de RNA curtas tem-se revelado desafiadora, dada a semelhança entre os circRNAs e os seus correspondentes RNAs mensageiros lineares. Métodos de sequenciamento anteriores não conseguiram alcançar a deteção em alta capacidade de circRNAs de comprimento total. Aqui descrevemos um protocolo para enriquecimento e sequenciamento de comprimento total de isoformas de circRNA utilizando tecnologia de nanoporo. A transcrição reversa circular e a seleção de tamanho conseguem um enriquecimento 20 vezes maior de circRNAs a partir de RNA total em comparação com métodos anteriores. Desenvolvemos um algoritmo, chamado identificador de circRNA utilizando dados de sequenciamento de leitura longa (CIRI-long), para reconstruir a sequência de circRNAs. O fluxo de trabalho foi validado com dados simulados e por comparação com sequenciamento Illumina, bem como RT–PCR quantitativa em tempo real. Usámos o CIRI-long para analisar amostras de cérebro de camundongos adultos e perfilar sistematicamente circRNAs, incluindo circRNAs derivados de mitocôndrias e circRNAs de leitura contínua transcricional. Identificámos um novo tipo de circRNA intrónico auto-ligado que exibe padrões especiais de splicing e expressão. O nosso método tira partido de leituras longas de nanoporo e permite a reconstrução imparcial de sequências de circRNA de comprimento total.
Mais informações em: https://www.nature.com/articles/s41587-021-00842-6
CIRI-long código fonte: https://github.com/bioinfo-biols/CIRI-long
Apenas para fins de investigação, não se destina a diagnóstico clínico, tratamento ou avaliações de saúde individuais.
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