Question 1

Existem espécies para as quais a sequenciação de degradoma é aplicável?

Accepted Answer

Ao contrário dos animais, os miARNs das plantas geralmente sofrem emparelhamento completo ou quase completo com os genes-alvo, causando a fragmentação dos genes-alvo e, assim, regulando a expressão gênica, portanto, haverá menos falsos positivos e resultados de identificação mais precisos. Comparado aos animais, as plantas são mais adequadas para estudar os genes-alvo de miARNs usando sequenciação de degradoma. Em contraste, organismos modelo ou espécies com informações transcriptómicas detalhadas são mais adequados para genes-alvo de miARNs usando sequenciação de degradoma do que espécies com informações transcriptómicas incompletas.

Question 2

Qual é o volume mínimo de partida para amostras de sequenciação de degradoma?

Accepted Answer

O volume de partida recomendado para sequenciação de degradoma é > 20 μg de RNA total. Para tecidos vegetais, recomenda-se 1 g ou mais de tecido fresco (existem algumas diferenças entre diferentes locais de tecido).

Question 3

Qual é o volume de dados que deve ser sequenciado para a sequenciação de degradoma?

Accepted Answer

Geralmente, 10M de leituras são suficientes para espécies convencionais. Para espécies com genomas grandes e complexos, a quantidade de dados de sequenciação pode ser duplicada.

Question 4

Quantos replicados biológicos são necessários para a sequenciação de degradoma?

Accepted Answer

Recomenda-se que os replicados biológicos sejam consistentes com o número de miARNs (≥3), e casos especiais podem ser considerados misturando as amostras dentro do grupo e aumentando o volume de dados.

Question 5

O que mais pode fazer a sequenciação de degradoma além de detectar os genes-alvo dos miARNs?

Accepted Answer

Antes de mais, precisamos entender que um dos maiores papéis da sequenciação de degradoma é encontrar os genes-alvo dos miARNs, mas, claro, à medida que os pesquisadores analisam os dados de degradoma em profundidade, descobrem que também pode ser usado para estudar a autorregulação de miARNs, ta-siRNA, phasiRNA, processamento de sequências precursoras e para detectar novos miARNs.

Question 6

Quais são as plataformas de sequenciação e os comprimentos de leitura usados para a sequenciação de degradoma?

Accepted Answer

Tanto a Illumina quanto a MGI estão atualmente disponíveis como plataformas de sequenciação de segunda geração mainstream. Devido aos fragmentos-alvo curtos, utiliza-se a estratégia de sequenciação SE50.

Question 7

Qual é a diferença entre a sequenciação de degradoma e a validação RACE?

Accepted Answer

Embora a previsão de sinal bruto possa prever os genes-alvo dos miARNs com alta taxa de transferência, existem muitos falsos positivos e os resultados não são confiáveis. A validação RACE é demorada e intensiva em mão de obra, e não tem a mesma alta taxa de transferência que a previsão de sinal bruto. Portanto, a vantagem da sequenciação de degradoma é que não apenas os genes-alvo dos miARNs podem ser detectados em alta taxa de transferência, mas também os resultados são obtidos por experimentos biológicos, o que melhora significativamente a credibilidade dos resultados experimentais.

Question 8

Qual é o significado exato do Score de Alinhamento no resultado?

Accepted Answer

O Score de Alinhamento é uma pontuação para a previsão de genes-alvo aplicando o targetfinder à biblioteca de cDNA e à biblioteca de pequenos RNAs da espécie sequenciada. O miARN e o mARN são comparados e pontuados como emparelhamentos complementares (1 ponto para uma incompatibilidade ou deleção, 0,5 ponto para um emparelhamento G:U, pontuação dupla para incompatibilidade e emparelhamento G:U na região central, começando do 2º nt até o 13º nt do microRNA). O score de alinhamento é definido como o grau de correspondência entre o gene-alvo e o miARN, quanto mais baixo o score, mais completa é a correspondência e mais confiável é.

Question 9

Qual é o significado específico da Categoria no resultado?

Accepted Answer

A importância da tipagem de Categoria é visualizar o número de fragmentos degradados produzidos pelo corte de mARN pelo miARN, e o nível de confiança é Categoria 0>1>2>3>4.

Perguntas e Respostas sobre Sequenciação de Degradoma

Questões Gerais