Diretrizes para Submissão de Amostras
Perguntas e Respostas sobre Sequenciação de Amplicons
Perguntas Gerais
- Como posso construir uma biblioteca de amplicões?
- Sequenciação de amplicons método de construção de biblioteca que utiliza principalmente métodos de PCR para amplificar fragmentos moleculares específicos e introduz regiões de primers de junção e sequenciamento durante o processo de amplificação.
- Qual é o seu processo de construção da biblioteca de amplicons?
- Atualmente, existem 2 opções principais de processo. A construção de biblioteca em uma etapa significa que a amplificação e a ligadura são realizadas simultaneamente através de uma ronda de reações de PCR. A construção de biblioteca em duas etapas envolve duas rondas de reações de PCR com amplificação e ligadura separadas.
- Quais são os principais problemas que podem ser resolvidos pela sequenciação de amplicons?
- Atualmente, é o mais amplamente utilizado na área da microbiologia, que é utilizado para detectar a composição da comunidade microbiana. Inclui principalmente Sequenciação de rDNA 16Ssequenciação de rDNA 18S, sequenciação de ITS e sequenciação de amplicões de região alvoAs sequências de uma região altamente variável de 16S/18S/ITS determinadas pela plataforma de sequenciamento de alto rendimento de segunda geração são utilizadas para responder às diferenças entre espécies na taxonomia de bactérias, fungos e arqueias em amostras ambientais, o que é um guia importante para estudar a composição microbiana em ambientes marinhos, de solo e de fezes intestinais.
- A sequenciação de amplicon pode obter todas as sequências do genoma?
- A sequenciação de amplicons só pode detectar um ou alguns fragmentos específicos de genes numa amostra, mas não todos os genes. O processo de construção da biblioteca passa por um enriquecimento e triagem por PCR, que amplifica os fragmentos de interesse para o investigador dezenas de milhares e centenas de milhares de vezes.
- Quais são os fatores que afetam a construção de bibliotecas de amplicons?
- O processo de construção da biblioteca de amplicons é afetado por muitos fatores, como o método de amplificação, a enzima e o número de ciclos de amplificação. Quanto maior a concentração inicial da amostra, maior o número de ciclos, e mais os resultados se desviam da situação real.
- A sequenciação de amplicons pode ser utilizada para a análise da composição de espécies?
- Existem várias formas de resultados de sequenciação de amplicons que podem ser utilizadas para mostrar a composição de comunidades bacterianas numa amostra. Diagramas de Venn, mapas de componentes da estrutura da comunidade, mapas de clusters, mapas de calor, árvores filogenéticas, etc., são todos bons para mostrar a composição das espécies.
- Em que áreas pode ser aplicada a sequenciação de amplicons?
- A sequenciação de amplicons é um tipo de sequenciação de captura de região alvo (outra técnica de captura de região alvo é a captura por sonda de hibridação). A sequenciação de amplicons consiste na sequenciação de um fragmento de produto de PCR de comprimento específico para analisar a variação na sequência. Sequenciação de amplicons é capaz de sequenciar regiões-alvo com alta cobertura e também de detetar mutações de baixa frequência, dependendo de diferentes necessidades. Os tipos atuais de sequenciação de amplicões incluem a sequenciação de genes funcionais, a sequenciação de fragmentos de captura alvo e a sequenciação de fragmentos metilados.
- Qual é o nosso serviço de análise de dados de sequenciação de amplicões?
- • QC, design experimental, fusão de sequências de duas extremidades
• Extração de código de barras, QC e divisão de amostras, excisão de primers de amplificação
• Conversão de formato, remoção de redundância, agrupamento
• Remoção de quimeras, sequências não bacterianas, geração de sequências representativas e tabelas de OTU
• Anotação de espécies, manipulação de tabela OTU
• Árvore evolutiva, diversidade Alpha e Beta
• Estatísticas de classificação de espécies, filtragem de árvores evolutivas e outros
- • QC, design experimental, fusão de sequências de duas extremidades
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Preparação de Amostras
- Preciso padronizar o material de partida para a minha sequenciação de amplicões?
- Vamos ajustar a concentração das suas amostras para se adequar ao seu projeto. No entanto, você precisará seguir o nosso Diretrizes para Submissão de Amostras ou contacte-nos antes da submissão.
- Por que é que tenho concentrações elevadas de ADN antes de submeter e concentrações baixas depois de enviar para a empresa para teste?
- O NanoDrop não consegue distinguir entre dsDNA e ssDNA (oligonucleotídeos e dNTP), o que pode levar a uma superestimação da quantidade de dsDNA na sua amostra. Na nossa empresa, combinamos Qubit, Nanodrop e eletroforese em agarose para testar a qualidade das amostras de DNA.
- Como posso purificar amplicões?
- As amostras purificadas podem ser purificadas por esferas/colunas de ligação ao DNA, limpeza enzimática e purificação por gel.
- Quais são as diretrizes de submissão de amostras para sequenciação de amplicões?
- • Para sequenciação de amplicões
Tipo de Amostra: Amplicão Purificado
Quantidade recomendada: ≥ 1 µg
Quantidade mínima: 500 ng
Concentração mínima: 20 ng/µL
• Para Sequenciação de 16S/18S/ITS
Tipo de Amostra: DNA Genómico
Quantidade recomendada: ≥ 100 ng
Quantidade mínima: 500 ng
Concentração mínima: 1 g/µL
Verifique o nosso Diretrizes para Submissão de Amostras para mais detalhes.
- • Para sequenciação de amplicões
Apenas para fins de investigação, não se destina a diagnóstico clínico, tratamento ou avaliações de saúde individuais.
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